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万見- EMDB-1269: Structure of bacteriophage SPP1 tail reveals trigger for DNA ejection. -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1269 | |||||||||
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タイトル | Structure of bacteriophage SPP1 tail reveals trigger for DNA ejection. | |||||||||
マップデータ | ccp4 map of the tip of the bacteriophage spp1 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bacillus phage SPP1 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Plisson C / White HE / Auzat I / Sao-jose C / Lhuillier S / Tavares P / Orlova EV | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2007 タイトル: Structure of bacteriophage SPP1 tail reveals trigger for DNA ejection. 著者: Celia Plisson / Helen E White / Isabelle Auzat / Amineh Zafarani / Carlos São-José / Sophie Lhuillier / Paulo Tavares / Elena V Orlova / 要旨: The majority of known bacteriophages have long noncontractile tails (Siphoviridae) that serve as a pipeline for genome delivery into the host cytoplasm. The tail extremity distal from the phage head ...The majority of known bacteriophages have long noncontractile tails (Siphoviridae) that serve as a pipeline for genome delivery into the host cytoplasm. The tail extremity distal from the phage head is an adsorption device that recognises the bacterial receptor at the host cell surface. This interaction generates a signal transmitted to the head that leads to DNA release. We have determined structures of the bacteriophage SPP1 tail before and after DNA ejection. The results reveal extensive structural rearrangements in the internal wall of the tail tube. We propose that the adsorption device-receptor interaction triggers a conformational switch that is propagated as a domino-like cascade along the 1600 A-long helical tail structure to reach the head-to-tail connector. This leads to opening of the connector culminating in DNA exit from the head into the host cell through the tail tube. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1269.map.gz | 124.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1269-v30.xml emd-1269.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1269.gif | 18.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1269 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1269 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1269_validation.pdf.gz | 160.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1269_full_validation.pdf.gz | 159.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1269_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1269 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1269 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ccp4 map of the tip of the bacteriophage spp1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1
全体 | 名称: Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1
超分子 | 名称: Tip of the Tail of the bacteriophage SPP1 / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The total number of proteins that compose the tail Tip is still under investigation. Number unique components: 2 |
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-分子 #1: interface tail-tip
分子 | 名称: interface tail-tip / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: gp19.1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 別称: Bacteriophage SPP1 |
分子量 | 実験値: 28.5 KDa |
-分子 #2: tip fiber
分子 | 名称: tip fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: gp21 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 別称: Bacteriophage SPP1 |
分子量 | 実験値: 123 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Tris-Cl, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: 3.5 microliter of sample was applied onto carbon-coated copper grids, which were glow-discharged for 30 seconds. The sample was left for 1-2 minutes on the grids before blotting and staining ...詳細: 3.5 microliter of sample was applied onto carbon-coated copper grids, which were glow-discharged for 30 seconds. The sample was left for 1-2 minutes on the grids before blotting and staining with a solution of 2% uranyl acetate. |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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温度 | 平均: 298 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification |
詳細 | Low Dose Imaging |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 20 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 2.5 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 43475 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 42000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan single tilt negative stain holder / 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC 詳細: The 3D reconstruction has been caried out using a C3 symmetry and the exact-filter back projection method. 使用した粒子像数: 364 |
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