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万見
- SASDFC2: Urokinase plasminogen activator surface receptor, uPAR K50C-V70C,... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFC2
試料Urokinase plasminogen activator surface receptor, uPAR K50C-V70C, complex with urokinase-type plasminogen activator (Amino Terminal Fragment, ATF).Urokinase receptor
  • Urokinase plasminogen activator surface receptorUrokinase receptor (protein), uPARUrokinase receptor, Homo sapiens
  • Urokinase-type plasminogen activator (Amino Terminal Fragment) (protein), ATF, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ウロキナーゼ / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ウロキナーゼ / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / regulation of proteolysis / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / extrinsic component of membrane / plasminogen activation / tertiary granule membrane / regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of DNA binding / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / specific granule membrane / regulation of cell adhesion / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / cell projection / 走化性 / 凝固・線溶系 / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / 小胞体 / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / 細胞膜 / シグナル伝達 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
ウロキナーゼ / Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019
タイトル: Did evolution create a flexible ligand-binding cavity in the urokinase receptor through deletion of a plesiotypic disulfide bond?
著者: Julie M Leth / Haydyn D T Mertens / Katrine Zinck Leth-Espensen / Thomas J D Jørgensen / Michael Ploug /
要旨: The urokinase receptor (uPAR) is a founding member of a small protein family with multiple Ly6/uPAR (LU) domains. The motif defining these LU domains contains five plesiotypic disulfide bonds ...The urokinase receptor (uPAR) is a founding member of a small protein family with multiple Ly6/uPAR (LU) domains. The motif defining these LU domains contains five plesiotypic disulfide bonds stabilizing its prototypical three-fingered fold having three protruding loops. Notwithstanding the detailed knowledge on structure-function relationships in uPAR, one puzzling enigma remains unexplored. Why does the first LU domain in uPAR (DI) lack one of its consensus disulfide bonds, when the absence of this particular disulfide bond impairs the correct folding of other single LU domain-containing proteins? Here, using a variety of contemporary biophysical methods, we found that reintroducing the two missing half-cystines in uPAR DI caused the spontaneous formation of the corresponding consensus 7-8 LU domain disulfide bond. Importantly, constraints due to this cross-link impaired (i) the binding of uPAR to its primary ligand urokinase and (ii) the flexible interdomain assembly of the three LU domains in uPAR. We conclude that the evolutionary deletion of this particular disulfide bond in uPAR DI may have enabled the assembly of a high-affinity urokinase-binding cavity involving all three LU domains in uPAR. Of note, an analogous neofunctionalization occurred in snake venom α-neurotoxins upon loss of another pair of the plesiotypic LU domain half-cystines. In summary, elimination of the 7-8 consensus disulfide bond in the first LU domain of uPAR have significant functional and structural consequences.
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2811
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.00 A
コメント: Refined DAMMIN model from average volume (10 DAMMIF iterations)
カイ2乗値: 1.433
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試料

試料名称: Urokinase plasminogen activator surface receptor, uPAR K50C-V70C, complex with urokinase-type plasminogen activator (Amino Terminal Fragment, ATF).Urokinase receptor
試料濃度: 0.30-2.50 / Entity id: 66 / 1481
バッファ名称: 20 mM PBS, 5 %(v/v) glycerol / pH: 7.4
要素 #66名称: uPARUrokinase receptor / タイプ: protein
記述: Urokinase plasminogen activator surface receptorUrokinase receptor
分子量: 36.98 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q03405
配列: MGHPPLLPLL LLLHTCVPAS WGLRCMQCKT NGDCRVEECA LGQDLCRTTI VRLWEEGEEL ELVEKSCTHS EKTNRTLSYR TGLKITSLTE VVCGLDLCNQ GNSGRAVTYS RSRYLECISC GSSDMSCERG RHQSLQCRSP EEQCLDVVTH WIQEGEEGRP KDDRHLRGCG ...配列:
MGHPPLLPLL LLLHTCVPAS WGLRCMQCKT NGDCRVEECA LGQDLCRTTI VRLWEEGEEL ELVEKSCTHS EKTNRTLSYR TGLKITSLTE VVCGLDLCNQ GNSGRAVTYS RSRYLECISC GSSDMSCERG RHQSLQCRSP EEQCLDVVTH WIQEGEEGRP KDDRHLRGCG YLPGCPGSNG FHNNDTFHFL KCCNTTKCNE GPILELENLP QNGRQCYSCK GNSTHGCSSE ETFLIDCRGP MNQCLVATGT HEPKNQSYMV RGCATASMCQ HAHLGDAFSM NHIDVSCCTK SGCNHPDLDV QYRSGAAPQP GPAHLSLTIT LLMTARLWGG TLLWT
要素 #1481名称: ATF / タイプ: protein
記述: Urokinase-type plasminogen activator (Amino Terminal Fragment)
分子量: 16.099 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P00749
配列:
MRALLARLLL CVLVVSDSKG SNELHQVPSN CDCLNGGTCV SNKYFSNIHW CNCPKKFGGQ HCEIDKSKTC YEGNGHFYRG KASTDTMGRP CLPWNSATVL QQTYHAHRSD ALQLGLGKHN YCRNPDNRRR PWCYVQVGLK PLV

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Urokinase plasminogen activator surface receptor, uPAR K50C-V70C, complex with urokinase-type plasminogen activator (Amino Terminal Fragment, ATF).
測定日: 2017年5月5日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0226 5.0354
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1074 /
MinMax
Q0.0913838 3.04188
P(R) point1 1074
R0 9
結果
カーブのタイプ: extrapolated
コメント: Introduced disulfide in the first LU domain, DI, of uPAR (K50C-V70C).
実験値StandardPorod
分子量51.9 kDa51.9 kDa38.6 kDa
体積--65.6 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.04019 0.001 0.04024 0.001
慣性半径, Rg 2.659 nm0.01 2.64 nm0.01

MinMaxError
D-9 0.5
Guinier point1 146 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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