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万見
- SASDDR3: Yeast tRNA Nm34 methyltransferase Trm7-Trm734 complex from Sachar... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDR3
試料Yeast tRNA Nm34 methyltransferase Trm7-Trm734 complex from Sacharomyces cerevisiae
  • Trm7: tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2'-O)-methyltransferase (protein), Trm7_yeast, Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
  • Trm734: Regulator of Ty1 transposition protein 10 (protein), Trm734 (WDR6_yeast), Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (cytidine32/guanosine34-2'-O)-methyltransferase / wobble position ribose methylation / tRNA 2'-O-methyltransferase activity / tRNA (cytidine(32)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (guanine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (guanine) methyltransferase activity / RND1 GTPase cycle / tRNA nucleoside ribose methylation / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle ...tRNA (cytidine32/guanosine34-2'-O)-methyltransferase / wobble position ribose methylation / tRNA 2'-O-methyltransferase activity / tRNA (cytidine(32)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (guanine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (guanine) methyltransferase activity / RND1 GTPase cycle / tRNA nucleoside ribose methylation / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / tRNA methyltransferase activity / tRNA methylation / S-adenosyl-L-methionine binding / endocytic recycling / enzyme regulator activity / cytoplasmic translation / tRNA binding / エンドソーム / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2-O)-methyltransferase TRM7 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2-O)-methyltransferase TRM7 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2'-O)-methyltransferase / tRNA (34-2'-O)-methyltransferase regulator RTT10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019
タイトル: Structure of tRNA methyltransferase complex of Trm7 and Trm734 reveals a novel binding interface for tRNA recognition.
著者: Akira Hirata / Keisuke Okada / Kazuaki Yoshii / Hiroyuki Shiraishi / Shinya Saijo / Kento Yonezawa / Nobutaka Shimizu / Hiroyuki Hori /
要旨: The complex between Trm7 and Trm734 (Trm7-Trm734) from Saccharomyces cerevisiae catalyzes 2'-O-methylation at position 34 in tRNA. We report biochemical and structural studies of the Trm7-Trm734 ...The complex between Trm7 and Trm734 (Trm7-Trm734) from Saccharomyces cerevisiae catalyzes 2'-O-methylation at position 34 in tRNA. We report biochemical and structural studies of the Trm7-Trm734 complex. Purified recombinant Trm7-Trm734 preferentially methylates tRNAPhe transcript variants possessing two of three factors (Cm32, m1G37 and pyrimidine34). Therefore, tRNAPhe, tRNATrp and tRNALeu are specifically methylated by Trm7-Trm734. We have solved the crystal structures of the apo and S-adenosyl-L-methionine bound forms of Trm7-Trm734. Small angle X-ray scattering reveals that Trm7-Trm734 exists as a hetero-dimer in solution. Trm7 possesses a Rossmann-fold catalytic domain, while Trm734 consists of three WD40 β-propeller domains (termed BPA, BPB and BPC). BPA and BPC form a unique V-shaped cleft, which docks to Trm7. The C-terminal region of Trm7 is required for binding to Trm734. The D-arm of substrate tRNA is required for methylation by Trm7-Trm734. If the D-arm in tRNAPhe is docked onto the positively charged area of BPB in Trm734, the anticodon-loop is located near the catalytic pocket of Trm7. This model suggests that Trm734 is required for correct positioning of tRNA for methylation. Additionally, a point-mutation in Trm7, which is observed in FTSJ1 (human Trm7 ortholog) of nosyndromic X-linked intellectual disability patients, decreases the methylation activity.
登録者
  • Kento Yonezawa (KEK, High Energy Accelerater Research Organization (KEK), Tsukuba, Japan)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1789
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 4.25 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.917 / P-value: 0.034809
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モデル #1790
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 2.18 / P-value: 0.000008
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Yeast tRNA Nm34 methyltransferase Trm7-Trm734 complex from Sacharomyces cerevisiae
試料濃度: 0.47-3.10 / Entity id: 978 / 979
バッファ名称: 50 mM HEPES, 200 mM KCl, 5% v/v Glycerol, 10mM β-mercaptoethanol
pH: 8
要素 #978名称: Trm7_yeast / タイプ: protein
記述: Trm7: tRNA (cytidine(32)/guanosine(34)-2'-O)-methyltransferase
分子量: 36.494 / 分子数: 1
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: P38238
配列: MGKSSKDKRD LYYRKAKEQG YRARSAFKLL QLNDQFHFLD DPNLKRVVDL CAAPGSWSQV LSRKLFDESP SSDKEDRKIV SVDLQPMSPI PHVTTLQADI THPKTLARIL KLFGNEKADF VCSDGAPDVT GLHDLDEYVQ QQLIMSALQL TACILKKGGT FVAKIFRGRD ...配列:
MGKSSKDKRD LYYRKAKEQG YRARSAFKLL QLNDQFHFLD DPNLKRVVDL CAAPGSWSQV LSRKLFDESP SSDKEDRKIV SVDLQPMSPI PHVTTLQADI THPKTLARIL KLFGNEKADF VCSDGAPDVT GLHDLDEYVQ QQLIMSALQL TACILKKGGT FVAKIFRGRD IDMLYSQLGY LFDKIVCAKP RSSRGTSLEA FIVCLGYNPP SNWTPKLDVN TSVDEFFQGC FLNKLCISDK LSHWNEEERN IAEFMACGSL QSFDSDATYH DLPSSVAGTS SSLDPVQSPT NPPYKKALEL KRSGKLTRSV LEVLFQGPSH HHHHH
要素 #979名称: Trm734 (WDR6_yeast) / タイプ: protein / 記述: Trm734: Regulator of Ty1 transposition protein 10 / 分子量: 116.254 / 分子数: 1
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: Q08924
配列: MKDLSHYGPA LCVKFYNDYV LAGYGPFIHV YDYHSATLIN KCRLFHYNKV HGLSLSSEGK ILAYGARSVT IVELEDVLKK ESLVDFERIN SDWITGATFS FDNLQIYLLT CYNKVLICDL NCEVLFRKSL GGERSILYSG IIKVFGPDKV YVNAGTVMGG VIIWDLFSET ...配列:
MKDLSHYGPA LCVKFYNDYV LAGYGPFIHV YDYHSATLIN KCRLFHYNKV HGLSLSSEGK ILAYGARSVT IVELEDVLKK ESLVDFERIN SDWITGATFS FDNLQIYLLT CYNKVLICDL NCEVLFRKSL GGERSILYSG IIKVFGPDKV YVNAGTVMGG VIIWDLFSET KIHNLLGHEG SIFYVNLSNN GRYVASCSDD RSIRLWDLET GKQLSVGWSH TARIWNLMFF DNDSKLISVS EDCTCRVWNI IESRENVAEL SISNVYEVHL IKSIWGVDVK DDEMIAVTSG NDGRLKLIDL LQLKRHGDEE TSFSLDDIAK QCGDIFEKNE SIKGFQWFSF GVIAITSLGK ILKYSDVTKQ WKLLLTNEKF NSYPITNGIQ TQNIAVFSNN KSDILLIKFS KDSADIIETE EFHLDELSKT NNCLVTEYDD DSFLLTLQSP NPREKFVCLE ISLQNLKIKS KHCFNKPENF SSSCLTSFRN HILVGSRFST LVIYNLLDES EEPFIIRRLS PGDTTTSIEF VEDKDNSAVF SVTNRDGYYV FIELTKNSLE EGPYRLSYKV LHSNKMMKGF LEGAFFNSKG EYITYGFKSS LFYLYNETNC YELASEVCGG SHRLWNLAKI TDGHVLMYIK ASRFHLRKIY NSIVPETLEN GVHGREIRDI SICPVSNTNT NDNFKDGHIF CTASEDTTIK LGYFNNRTGK VQNFWTQRKH VSGLQRCQFI NHKLMISSSA REELFLWELN DKYNKRPYMT IRQALPVSTN NSDLRIMDFD VKFISQSGDF LLVTVYSDST IKIWHYRENQ NKFDLIMQGR YKTCCLFNVV FIALKEELLV VISPTDGHLV VYNITEYVPF SVDPISGDLV DHKLDATISN LPAPVAQLPV HQSGVKSLDY VANATRTSAT ILTGGDDNGL GLSNLKLDDS NKVTLKTSDF IAAAASSTIT SGMLINGGKE VITTSVDQVI RAWEITAGKL SLVDKKRTTV ADTGSLEIIS NDEDADSEKT LLIGGVGLSI WKKLEVLFQG PSHHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: Photon Factory (PF), High Energy Accelerator Research Organization (KEK) BL-10C
地域: Tsukuba / 国: Japan / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.05 mm
検出器名称: Pilatus3 2M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Yeast tRNA Nm34 methyltransferase Trm7-Trm734 complex from Sacharomyces cerevisiae
測定日: 2015年12月16日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 20 sec. / フレーム数: 40 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0063 0.4099
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 592 /
MinMax
Q0.0126498 0.323829
P(R) point1 592
R0 129.9
結果
カーブのタイプ: extrapolated /
実験値Porod
分子量158.819 kDa136.25 kDa
体積-218 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.1921 0.0001 0.192981 0.0001
慣性半径, Rg 3.77 nm0.003 3.79 nm0.003

MinMax
D-12.99
Guinier point7 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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