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- PDB-8wqc: cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wqc
タイトルcryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CDK5R1
要素
  • Cullin-2CUL2
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • NEDD8
  • Protein fem-1 homolog B
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E3 ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / Pro/C-degron
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ubiquitin-protein transferase activity / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / branching involved in prostate gland morphogenesis / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / cellular response to chemical stress / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / regulation of DNA damage checkpoint / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway ...regulation of ubiquitin-protein transferase activity / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / branching involved in prostate gland morphogenesis / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / cellular response to chemical stress / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / regulation of DNA damage checkpoint / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / regulation of proteolysis / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / death receptor binding / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / NEDD8 ligase activity / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SCF複合体 / negative regulation of type I interferon production / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cullin family protein binding / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / anatomical structure morphogenesis / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / positive regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Regulation of BACH1 activity / T細胞 / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / transcription corepressor binding / Degradation of DVL / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / cellular response to amino acid stimulus / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Degradation of GLI1 by the proteasome / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Iron uptake and transport / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / G1/S transition of mitotic cell cycle / DNA Damage Recognition in GG-NER / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / protein modification process / modification-dependent protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein localization / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / protein tag activity / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / Orc1 removal from chromatin / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Regulation of RAS by GAPs / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process / Regulation of RUNX2 expression and activity / UCH proteinases / cellular response to UV / ubiquitin protein ligase activity
類似検索 - 分子機能
Nedd8-like ubiquitin / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Elongin B / Cullin / Elongin-C / Cullin repeat-like-containing domain superfamily ...Nedd8-like ubiquitin / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Elongin B / Cullin / Elongin-C / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ubiquitin conserved site / Ankyrin repeat profile. / Ubiquitin domain / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-2 / Elongin-C / Elongin-B / NEDD8 / Protein fem-1 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Chen, X. / Zhang, K. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Mechanism of Ψ-Pro/C-degron recognition by the CRL2 ubiquitin ligase.
著者: Xinyan Chen / Anat Raiff / Shanshan Li / Qiong Guo / Jiahai Zhang / Hualin Zhou / Richard T Timms / Xuebiao Yao / Stephen J Elledge / Itay Koren / Kaiming Zhang / Chao Xu /
要旨: The E3 ligase-degron interaction determines the specificity of the ubiquitin‒proteasome system. We recently discovered that FEM1B, a substrate receptor of Cullin 2-RING ligase (CRL2), recognizes C- ...The E3 ligase-degron interaction determines the specificity of the ubiquitin‒proteasome system. We recently discovered that FEM1B, a substrate receptor of Cullin 2-RING ligase (CRL2), recognizes C-degrons containing a C-terminal proline. By solving several cryo-EM structures of CRL2 bound to different C-degrons, we elucidate the dimeric assembly of the complex. Furthermore, we reveal distinct dimerization states of unmodified and neddylated CRL2 to uncover the NEDD8-mediated activation mechanism of CRL2. Our research also indicates that, FEM1B utilizes a bipartite mechanism to recognize both the C-terminal proline and an upstream aromatic residue within the substrate. These structural findings, complemented by in vitro ubiquitination and in vivo cell-based assays, demonstrate that CRL2-mediated polyubiquitination and subsequent protein turnover depend on both FEM1B-degron interactions and the dimerization state of the E3 ligase complex. Overall, this study deepens our molecular understanding of how Cullin-RING E3 ligase substrate selection mediates protein turnover.
履歴
登録2023年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Elongin-B
F: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
B: Elongin-C
C: Cullin-2
J: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
E: Cullin-2
N: NEDD8
H: Elongin-C
I: Elongin-B
K: NEDD8
A: Protein fem-1 homolog B
G: Protein fem-1 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)402,85618
ポリマ－402,46412
非ポリマー3926
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 12分子 DIFJBHCENKAG

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed / E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / N-terminally processed


分子量: 11196.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62877
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Cullin-2 / CUL2 / CUL-2


分子量: 87114.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13617
#5: タンパク質 NEDD8 / / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 8573.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15843
#6: タンパク質 Protein fem-1 homolog B


分子量: 70355.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEM1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UK73

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非ポリマー , 1種, 6分子

#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CDK5R1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 57.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 4232
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2cryoSPARC画像取得
9PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 447970 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00327347
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57236983
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7653678
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0414179
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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