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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ven | ||||||
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タイトル | Crystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae cephalosporin-resistant strain H041 in complex with cefoperazone | ||||||
要素 | Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / penicillin-binding protein (ペニシリン結合タンパク質) / transpeptidase / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic ...peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neisseria gonorrhoeae (淋菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Stratton, C. / Bala, S. / Davies, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2024 タイトル: Ureidopenicillins Are Potent Inhibitors of Penicillin-Binding Protein 2 from Multidrug-Resistant Neisseria gonorrhoeae H041. 著者: Turner, J.M. / Stratton, C.M. / Bala, S. / Cardenas Alvarez, M. / Nicholas, R.A. / Davies, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ven.cif.gz | 82.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ven.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8ven.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8ven ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8ven | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8vbzC 8vepC 8veqC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35361.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cefoperazone / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: H041 / 遺伝子: penA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 参照: UniProt: F2Z7K9, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-A1ADP / ( 分子量: 533.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N5O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % / 解説: Plates |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 32-40% PEG 600, 0.1 M CHES / PH範囲: 9.3-10.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→46.03 Å / Num. obs: 32541 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 9 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.858 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1577 / CC1/2: 0.916 / CC star: 0.978 / Rpim(I) all: 0.157 / Rrim(I) all: 0.432 / Χ2: 0.418 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→46.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.166 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→46.03 Å
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拘束条件 |
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