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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tg3 | ||||||||||||||||||
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タイトル | tRNA 2'-phosphotransferase (Tpt1) from Aeropyrum pernix in complex with ADP-ribose-1" -phosphate | ||||||||||||||||||
要素 | Probable RNA 2'-phosphotransferase | ||||||||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / tRNA 2'-PHOSPHOTRANSFERASE / TPT1 / tRNA SPLICING / ADP-ribose-1"-phosphate / Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Structural basis for Tpt1-catalyzed 2'-PO 4 transfer from RNA and NADP(H) to NAD. 著者: Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tg3.cif.gz | 116 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tg3.ent.gz | 72.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tg3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tg3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23382.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス) 遺伝子: kptA, APE_0204.1 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus 参照: UniProt: Q9YFP5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
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-非ポリマー , 6種, 187分子
#2: 化合物 | ChemComp-HQG / [[( | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 化合物 | ChemComp-K / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.59 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M KNO3, pH 6.9, 20% PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→55.88 Å / Num. obs: 29455 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 18.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1392 / CC1/2: 0.809 / Rpim(I) all: 0.348 / % possible all: 90.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WFX 解像度: 1.47→42.02 Å / SU ML: 0.1814 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3896 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47→42.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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