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- PDB-8sv8: Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sv8
タイトルCryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex from a composite map
要素
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
  • Ubiquitin-like protein ISG15
  • Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / ubiquitin (ユビキチン) / ligase (リガーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to type I interferon / ユビキチン結合酵素 ...ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to type I interferon / ユビキチン結合酵素 / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / ubiquitin ligase complex / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / ubiquitin binding / integrin-mediated signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / protein modification process / response to virus / modification-dependent protein catabolic process / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / protein tag activity / ISG15 antiviral mechanism / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / integrin binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / protein ubiquitination / defense response to bacterium / Amyloid fiber formation / 自然免疫系 / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular region / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle ...Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / : / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / ユビキチン活性化酵素 / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / Ubiquitin-like protein ISG15 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Afsar, M. / Jia, L. / Ruben, E.A. / Olsen, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of Uba7 reveal the molecular basis for ISG15 activation and E1-E2 thioester transfer.
著者: Mohammad Afsar / GuanQun Liu / Lijia Jia / Eliza A Ruben / Digant Nayak / Zuberwasim Sayyad / Priscila Dos Santos Bury / Kristin E Cano / Anindita Nayak / Xiang Ru Zhao / Ankita Shukla / ...著者: Mohammad Afsar / GuanQun Liu / Lijia Jia / Eliza A Ruben / Digant Nayak / Zuberwasim Sayyad / Priscila Dos Santos Bury / Kristin E Cano / Anindita Nayak / Xiang Ru Zhao / Ankita Shukla / Patrick Sung / Elizabeth V Wasmuth / Michaela U Gack / Shaun K Olsen /
要旨: ISG15 plays a crucial role in the innate immune response and has been well-studied due to its antiviral activity and regulation of signal transduction, apoptosis, and autophagy. ISG15 is a ubiquitin- ...ISG15 plays a crucial role in the innate immune response and has been well-studied due to its antiviral activity and regulation of signal transduction, apoptosis, and autophagy. ISG15 is a ubiquitin-like protein that is activated by an E1 enzyme (Uba7) and transferred to a cognate E2 enzyme (UBE2L6) to form a UBE2L6-ISG15 intermediate that functions with E3 ligases that catalyze conjugation of ISG15 to target proteins. Despite its biological importance, the molecular basis by which Uba7 catalyzes ISG15 activation and transfer to UBE2L6 is unknown as there is no available structure of Uba7. Here, we present cryo-EM structures of human Uba7 in complex with UBE2L6, ISG15 adenylate, and ISG15 thioester intermediate that are poised for catalysis of Uba7-UBE2L6-ISG15 thioester transfer. Our structures reveal a unique overall architecture of the complex compared to structures from the ubiquitin conjugation pathway, particularly with respect to the location of ISG15 thioester intermediate. Our structures also illuminate the molecular basis for Uba7 activities and for its exquisite specificity for ISG15 and UBE2L6. Altogether, our structural, biochemical, and human cell-based data provide significant insights into the functions of Uba7, UBE2L6, and ISG15 in cells.
履歴
登録2023年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
B: Ubiquitin-like protein ISG15
C: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
D: Ubiquitin-like protein ISG15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,1085
ポリマ－163,7614
非ポリマー3471
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7 / Ubiquitin-activating enzyme 7 / D8 / Ubiquitin-activating enzyme E1 homolog


分子量: 111822.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA7, UBE1L, UBE2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41226
#2: タンパク質 Ubiquitin-like protein ISG15 / Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross- ...Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross-reactive protein / hUCRP


分子量: 17147.637 Da / 分子数: 2 / Mutation: C78S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ISG15, G1P2, UCRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05161
#3: タンパク質 Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme L6 / Retinoic acid-induced gene B protein / RIG-B / UbcH8 / ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme L6 / Retinoic acid-induced gene B protein / RIG-B / UbcH8 / Ubiquitin carrier protein L6 / Ubiquitin-protein ligase L6


分子量: 17643.377 Da / 分子数: 1 / Mutation: C98S/C102S/L121K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2L6, UBCH8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14933, ユビキチン結合酵素
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.160 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2888 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225140 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01210460
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.79214242
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6231409
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041591
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061867

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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