PDB-8rtz: The structure of E. coli penicillin binding protein 3 (PBP3) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rtz

タイトル

The structure of E. coli penicillin binding protein 3 (PBP3) in complex with a bicyclic peptide inhibitor

要素

Bicyclic peptide inhibitor
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Inhibitor /

Complex / PBP3 (penicillin binding protein 3) / bicyclic peptide / transpeptidase /

peptidoglycan (ペプチドグリカン)

機能・相同性

機能・相同性情報

divisome complex /

peptidoglycan glycosyltransferase activity /

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis /

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / cell division site /

penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Newman, H. / Rowland, C.E. / Dods, R. / Lewis, N. / Stanway, S.J. / Bellini, D. / Beswick, P.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery and chemical optimisation of a Potent, Bi-cyclic (Bicycle) Antimicrobial Inhibitor of Escherichia coli PBP3
著者: Rowland, C.E. / Newman, H. / Martin, T.T. / Dods, R. / Bournakas, N. / Wagstaff, J.M. / Lewis, N. / Stanway, S.J. / Blamforth, M. / Kessler, C. / van Rietschoten, K. / Bellini, D. / Roper, D. ...

履歴

登録	2024年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rtz.cif.gz	90.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rtz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rtz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI

A: Bicyclic peptide inhibitor

ヘテロ分子

38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.890, 152.181, 43.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-749- HOH
2	1	AAA-853- HOH

#1: タンパク質	Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Essential cell division protein FtsI / Murein transpeptidase / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3 ...Essential cell division protein FtsI / Murein transpeptidase / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3 / Peptidoglycan synthase FtsI 分子量: 37129.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ftsI, pbpB, b0084, JW0082 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0AD68, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: タンパク質・ペプチド	Bicyclic peptide inhibitor 分子量: 1496.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Bicyclic peptide with a scaffold covalently linking three cysteine residues. C-terminus is capped with an amine. 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-29N / 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)tripropan-1-one / 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)triprop-2-en-1-one, bound form / 1,3,5-トリプロパノイルヘキサヒドロ-s-トリアジン分子量: 255.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M Tris pH 9.0 and 20% (w/v) PEG 6K supplemented with an additive, 30% (w/v) dextran sulphate sodium salt, Mr 5K Temp details: Crystallised on ice

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→45.04 Å / Num. obs: 50525 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 1 / Χ²: 1.01 / Net I/av σ(I): 23.8 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 7.1 % / Num. unique obs: 2315 / CC_1/2: 0.749 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→45.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 2.015 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	2525	4.999 %
R_work	0.1819	47985	-
all	0.184	-	-
obs	-	50510	99.58 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.04 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.971 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.069 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→45.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2525	0	18	263	2806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.738	1.651	3584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.438	1.574	5949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.815	5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.319	20.403	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.146	15	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	17.939	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.285	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	594
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.348	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.262	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.174	2.301	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.169	2.3	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.241	3.439	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.241	3.44	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.848	2.7	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.847	2.7	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.376	3.906	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.375	3.907	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.377	28.839	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.376	28.842	2972

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.56	0.333	176	0.319	3345	X-RAY DIFFRACTION	94.5489
1.56-1.602	0.277	180	0.269	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
1.602-1.649	0.315	176	0.266	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
1.649-1.699	0.257	171	0.246	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.699-1.755	0.273	165	0.218	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
1.755-1.817	0.237	161	0.198	3055	X-RAY DIFFRACTION	99.9689
1.817-1.885	0.22	154	0.19	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.885-1.962	0.208	149	0.184	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.962-2.049	0.233	144	0.188	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.049-2.149	0.207	136	0.187	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.265	0.207	131	0.174	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.265-2.403	0.218	124	0.159	2359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.403-2.569	0.217	118	0.156	2243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.569-2.774	0.198	108	0.16	2045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.774-3.039	0.275	101	0.172	1923	X-RAY DIFFRACTION	100
3.039-3.397	0.201	92	0.176	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.921	0.173	81	0.165	1554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.921-4.799	0.165	71	0.148	1334	X-RAY DIFFRACTION	99.9289
4.799-6.776	0.195	54	0.173	1035	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)