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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q1r | ||||||||||||||||||
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タイトル | mouse Keap1 in complex with stapled peptide | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Keap1 / cyclic peptide (環状ペプチド) / E3 ligase adaptor / antioxidant response | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 ...cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / 接着結合 / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / focal adhesion / regulation of DNA-templated transcription / 小胞体 / protein-containing complex / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kack, H. / Wissler, L. | ||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 英国, チェコ, 5件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023 タイトル: A cell-active cyclic peptide targeting the Nrf2/Keap1 protein-protein interaction. 著者: Iegre, J. / Krajcovicova, S. / Gunnarsson, A. / Wissler, L. / Kack, H. / Luchniak, A. / Tangefjord, S. / Narjes, F. / Spring, D.R. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q1r.cif.gz | 142.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q1r.ent.gz | 107.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q1r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8q1qC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AE
#1: タンパク質 | 分子量: 33305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 990.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 280分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-IZS / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9 詳細: 0.7-0.9M Lithium Sulfate, 0.5-0.7M Ammonium sulfate and 0.1M Sodium Citrate pH5.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976254 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→89.234 Å / Num. obs: 523089 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.762 / Num. unique obs: 2656 / CC1/2: 0.571 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.33→19.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU R Cruickshank DPI: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.061
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.78 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→19.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.33→1.34 Å
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精密化 TLS | Origin x: -90.1115 Å / Origin y: 100.689 Å / Origin z: -3.084 Å
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精密化 TLSグループ |
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