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万見
- PDB-8q1q: mouse Keap1 in complex with stapled peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q1q
タイトルmouse Keap1 in complex with stapled peptide
要素
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • Stapled peptide
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Keap1 / cyclic peptide (環状ペプチド) / E3 ligase adaptor / antioxidant response
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 ...cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / 接着結合 / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / focal adhesion / regulation of DNA-templated transcription / 小胞体 / protein-containing complex / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IZS / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.378 Å
データ登録者Kack, H. / Wissler, L.
資金援助 スウェーデン, 英国, チェコ, 5件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-07152 スウェーデン
UK Research and Innovation (UKRI) 英国
Other government2019-02496 スウェーデン
Other government22-07138O チェコ
Other private22.39 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: A cell-active cyclic peptide targeting the Nrf2/Keap1 protein-protein interaction.
著者: Iegre, J. / Krajcovicova, S. / Gunnarsson, A. / Wissler, L. / Kack, H. / Luchniak, A. / Tangefjord, S. / Narjes, F. / Spring, D.R.
履歴
登録2023年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
D: Stapled peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9974
ポリマ－34,6502
非ポリマー3472
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.44, 103.44, 55.675
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 33305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: タンパク質・ペプチド Stapled peptide /


分子量: 1344.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-IZS / ethyl 2-[(4,6-diethylpyrimidin-2-yl)-methyl-amino]ethanoate


分子量: 251.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H21N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9
詳細: 0.7-0.9M Lithium Sulfate, 0.5-0.7M Ammonium sulfate and 0.1M Sodium Citrate pH 5.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→89.6 Å / Num. obs: 53417 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.38→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 1.194 / Num. unique obs: 2671 / CC1/2: 0.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (8-JUN-2022)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.378→19.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU R Cruickshank DPI: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.066 / SU Rfree Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.062
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1852 2715 -RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1702 53385 76.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8716 Å20 Å20 Å2
2---0.8716 Å20 Å2
3---1.7432 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.378→19.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2213 0 116 280 2609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.143268HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d830SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes427HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2399HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion294SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2288SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.75
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.43 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 51 -
Rwork0.2596 --
obs0.2602 1068 15.1 %
精密化 TLSOrigin x: -90.5009 Å / Origin y: 101.2274 Å / Origin z: -3.3691 Å
111213212223313233
T-0.033 Å2-0.007 Å2-0.0043 Å2--0.0609 Å20.0225 Å2---0.0015 Å2
L1.7007 °20.6318 °2-0.1629 °2-1.6707 °20.1516 °2--0.6182 °2
S0.0706 Å °0.0161 Å °-0.0258 Å °0.0161 Å °-0.0367 Å °-0.0168 Å °-0.0258 Å °-0.0168 Å °-0.0339 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A325 - 612
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1103 - 1379
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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