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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ptn | |||||||||
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タイトル | Structure of the transcription termination factor Rho in complex with Rof | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription termination factor Rho Inhibition of termination Sm-like protein Rof Rho regulation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of termination of DNA-templated transcription / ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription antitermination / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 生体膜 ...regulation of termination of DNA-templated transcription / ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription antitermination / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Said, N. / Hilal, T. / Wahl, M.C. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Sm-like protein Rof inhibits transcription termination factor ρ by binding site obstruction and conformational insulation. 著者: Nelly Said / Mark Finazzo / Tarek Hilal / Bing Wang / Tim Luca Selinger / Daniela Gjorgjevikj / Irina Artsimovitch / Markus C Wahl / 要旨: Transcription termination factor ρ is a hexameric, RNA-dependent NTPase that can adopt active closed-ring and inactive open-ring conformations. The Sm-like protein Rof, a homolog of the RNA ...Transcription termination factor ρ is a hexameric, RNA-dependent NTPase that can adopt active closed-ring and inactive open-ring conformations. The Sm-like protein Rof, a homolog of the RNA chaperone Hfq, inhibits ρ-dependent termination in vivo but recapitulation of this activity in vitro has proven difficult and the precise mode of Rof action is presently unknown. Here, our cryo-EM structures of ρ-Rof and ρ-RNA complexes show that Rof undergoes pronounced conformational changes to bind ρ at the protomer interfaces, undercutting ρ conformational dynamics associated with ring closure and occluding extended primary RNA-binding sites that are also part of interfaces between ρ and RNA polymerase. Consistently, Rof impedes ρ ring closure, ρ-RNA interactions and ρ association with transcription elongation complexes. Structure-guided mutagenesis coupled with functional assays confirms that the observed ρ-Rof interface is required for Rof-mediated inhibition of cell growth and ρ-termination in vitro. Bioinformatic analyses reveal that Rof is restricted to Pseudomonadota and that the ρ-Rof interface is conserved. Genomic contexts of rof differ between Enterobacteriaceae and Vibrionaceae, suggesting distinct modes of Rof regulation. We hypothesize that Rof and other cellular anti-terminators silence ρ under diverse, but yet to be identified, stress conditions when unrestrained transcription termination by ρ may be detrimental. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ptn.cif.gz | 490.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ptn.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8ptn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/8ptn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/8ptn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17875MC 8ptgC 8ptmC 8ptoC 8ptpC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47070.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rho, nitA, psuA, rnsC, sbaA, tsu, b3783, JW3756 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AG30, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #2: タンパク質 | 分子量: 9618.758 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rof, yaeO, b0189, JW0184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFW8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rho-Rof complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Rho hexamer in complex with five Rof proteins / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1555 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 619090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108750 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 98 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Chain residue range: 1-419 / 詳細: own experimental data / Source name: Other / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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