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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8out | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF DLK IN COMPLEX WITH COMPOUND 22 | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / DLK / KINASE (キナーゼ) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-INHIBITOR / M3K12 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / JUN kinase kinase kinase activity / negative regulation of motor neuron apoptotic process / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of JUN kinase activity / JNK cascade / protein serine/threonine kinase activator activity / post-translational protein modification / 成長円錐 / peptidyl-serine phosphorylation ...MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / JUN kinase kinase kinase activity / negative regulation of motor neuron apoptotic process / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of JUN kinase activity / JNK cascade / protein serine/threonine kinase activator activity / post-translational protein modification / 成長円錐 / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.935 Å | ||||||
データ登録者 | Zebisch, M. / Akkermans, O. / Barker, J.J. / Cross, J.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Discovery of IACS-52825, a Potent and Selective DLK Inhibitor for Treatment of Chemotherapy-Induced Peripheral Neuropathy. 著者: Le, K. / Soth, M.J. / Cross, J.B. / Liu, G. / Ray, W.J. / Ma, J. / Goodwani, S.G. / Acton, P.J. / Buggia-Prevot, V. / Akkermans, O. / Barker, J. / Conner, M.L. / Jiang, Y. / Liu, Z. / McEwan, ...著者: Le, K. / Soth, M.J. / Cross, J.B. / Liu, G. / Ray, W.J. / Ma, J. / Goodwani, S.G. / Acton, P.J. / Buggia-Prevot, V. / Akkermans, O. / Barker, J. / Conner, M.L. / Jiang, Y. / Liu, Z. / McEwan, P. / Warner-Schmidt, J. / Xu, A. / Zebisch, M. / Heijnen, C.J. / Abrahams, B. / Jones, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8out.cif.gz | 121.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8out.ent.gz | 95.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8out.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8out ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8out | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ourC 8ousC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34018.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K12, ZPK / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q12852, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-W3C / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.46 % / 解説: thin plates |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5-7.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.935→59.37 Å / Num. obs: 13835 / % possible obs: 70.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.935→2.106 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.838 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 692 / CC1/2: 0.561 / Rpim(I) all: 0.544 / Rrim(I) all: 1.003 / % possible all: 15.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.935→59.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.286 / SU Rfree Blow DPI: 0.198 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.201
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.44 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.935→59.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→2.07 Å / Total num. of bins used: 33
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.2569 Å / Origin y: 2.5382 Å / Origin z: 22.9871 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |