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- PDB-8oni: Human insulin in complex with the analytical antibody S1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oni
タイトルHuman insulin in complex with the analytical antibody S1 Fab
要素
  • Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
  • Light chain of analytical antibody S1 Fab
キーワードHORMONE (ホルモン) / insulin (インスリン) / analytical antibody / S1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / Insulin processing / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / Insulin processing / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of protein secretion / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / fatty acid homeostasis / regulation of protein localization to plasma membrane / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / 小胞 / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / positive regulation of brown fat cell differentiation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycolytic process / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / Regulation of insulin secretion / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / regulation of synaptic plasticity / wound healing / insulin receptor binding / hormone activity / negative regulation of protein catabolic process / 認識 / positive regulation of neuron projection development / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / vasodilation / glucose metabolic process / regulation of protein localization / glucose homeostasis / cell-cell signaling / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / 小胞体 / ゴルジ体 / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Johansson, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Not funded デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Macromolecular structure of insulin and IgE clonality impacts IgE-mediated activation of sensitized basophils
著者: Christoffersen, S. / Baumann, K. / Millner, A.H. / Toft-Hansen, H. / Johansson, E. / Thorlaksen, C. / Skov, P.S.
履歴
登録2023年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
L: Light chain of analytical antibody S1 Fab
C: Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
D: Light chain of analytical antibody S1 Fab
I: Insulin A chain
B: Insulin B chain
A: Insulin A chain
F: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,68012
ポリマ－106,7958
非ポリマー8854
水11,259625
1
H: Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
L: Light chain of analytical antibody S1 Fab
I: Insulin A chain
B: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8406
ポリマ－53,3974
非ポリマー4422
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21660 Å2
2
C: Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
D: Light chain of analytical antibody S1 Fab
A: Insulin A chain
F: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8406
ポリマ－53,3974
非ポリマー4422
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.307, 71.896, 99.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 IABF

#3: タンパク質・ペプチド Insulin A chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#4: タンパク質・ペプチド Insulin B chain


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308

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抗体 , 2種, 4分子 HCLD

#1: 抗体 Heavy chain of analytical antibody S1 Fab


分子量: 24219.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of analytical antibody S1 Fab


分子量: 23360.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 / 非ポリマー , 2種, 629分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25%(w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→41.62 Å / Num. obs: 48254 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.05 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06218 / Rpim(I) all: 0.03995 / Rrim(I) all: 0.07416 / Net I/σ(I): 19.81
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 6.41 / Num. unique obs: 13829 / CC1/2: 0.944 / CC star: 0.985 / Rpim(I) all: 0.1362 / Rrim(I) all: 0.2438 / % possible all: 95.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→41.62 Å / SU ML: 0.2587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.592
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 4639 5 %
Rwork0.1974 88158 -
obs0.1995 48229 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7301 0 56 625 7982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01097548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.732310277
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00551302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.27871050
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.32721270.23392409X-RAY DIFFRACTION78.56
2.33-2.350.2951320.24442807X-RAY DIFFRACTION95.33
2.35-2.380.3211500.24372969X-RAY DIFFRACTION96.47
2.38-2.410.29331680.2262955X-RAY DIFFRACTION98.05
2.41-2.440.32251690.22832962X-RAY DIFFRACTION99.55
2.44-2.480.25071380.22222966X-RAY DIFFRACTION99.36
2.48-2.510.28671670.21483030X-RAY DIFFRACTION99.56
2.51-2.550.29211460.2182996X-RAY DIFFRACTION99.62
2.55-2.590.25161490.21993002X-RAY DIFFRACTION99.46
2.59-2.630.31421700.22042997X-RAY DIFFRACTION99.62
2.63-2.680.26761490.21533038X-RAY DIFFRACTION99.53
2.68-2.730.26481710.20752933X-RAY DIFFRACTION99.68
2.73-2.780.27961430.2193049X-RAY DIFFRACTION99.53
2.78-2.840.3021680.21412935X-RAY DIFFRACTION99.58
2.84-2.90.26521580.21013022X-RAY DIFFRACTION99.34
2.9-2.960.27781470.21072988X-RAY DIFFRACTION99.49
2.96-3.040.25441710.20682956X-RAY DIFFRACTION99.27
3.04-3.120.27791480.2093036X-RAY DIFFRACTION99
3.12-3.210.23961530.20312996X-RAY DIFFRACTION99.18
3.21-3.320.2221660.20692966X-RAY DIFFRACTION99.02
3.32-3.430.24931490.19482982X-RAY DIFFRACTION98.65
3.43-3.570.22861590.18642942X-RAY DIFFRACTION98.44
3.57-3.730.18691560.18112947X-RAY DIFFRACTION98.2
3.73-3.930.2161460.17822971X-RAY DIFFRACTION98.05
3.93-4.180.20351630.16832916X-RAY DIFFRACTION97.59
4.18-4.50.17321460.15962914X-RAY DIFFRACTION96.44
4.5-4.950.18421590.162855X-RAY DIFFRACTION95.02
4.95-5.670.19411670.17572877X-RAY DIFFRACTION96.24
5.67-7.130.2191520.2112901X-RAY DIFFRACTION96.89
7.13-41.620.22891520.20442841X-RAY DIFFRACTION93.8
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.5053070492 Å / Origin y: 19.9207785494 Å / Origin z: 22.0888920002 Å
111213212223313233
T0.303476338336 Å20.00045171380102 Å2-0.0307422189667 Å2-0.19983392257 Å2-0.0236880626975 Å2--0.248938420742 Å2
L0.397728677567 °2-0.000740685536364 °20.0702622234892 °2-0.0738084230937 °2-0.0619825734504 °2--0.207717366265 °2
S0.0180306448491 Å °-0.0903254198116 Å °0.0422865900453 Å °0.0473682050751 Å °-0.0197537499407 Å °-0.0108740870416 Å °-0.0225286625183 Å °0.0067027270741 Å °0.00376698430679 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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