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- PDB-8onk: Human insulin in complex with the analytical antibody S1 Fab and ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8onk
タイトルHuman insulin in complex with the analytical antibody S1 Fab and the analytical antibody HUI-001 Fab
要素
  • (Heavy chain of analytical antibody ...) x 2
  • (Light chain of analytical antibody ...) x 2
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE / insulin / analytical antibody / HUI-001
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of gluconeogenesis / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / Regulation of insulin secretion / acute-phase response / endosome lumen / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of proteolysis / regulation of transmembrane transporter activity / insulin-like growth factor receptor binding / wound healing / insulin receptor binding / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / cognition / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / glucose metabolic process / regulation of protein localization / insulin receptor signaling pathway / cell-cell signaling / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.403 Å
データ登録者Johansson, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Not funded デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Macromolecular structure of insulin and IgE clonality impacts IgE-mediated activation of sensitized basophils
著者: Christoffersen, S. / Baumann, K. / Millner, A.H. / Toft-Hansen, H. / Johansson, E. / Thorlaksen, C. / Skov, P.S.
履歴
登録2023年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
L: Light chain of analytical antibody S1 Fab
I: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
E: Light chain of analytical antibody S1 Fab
D: Insulin A chain
A: Insulin B chain
F: Light chain of analytical antibody HUI-001 Fab
G: Heavy chain of analytical antibody HUI-001 Fab
J: Light chain of analytical antibody HUI-001 Fab
K: Heavy chain of analytical antibody HUI-001 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,88012
ポリマ－200,88012
非ポリマー00
水00
1
H: Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
L: Light chain of analytical antibody S1 Fab
I: Insulin A chain
B: Insulin B chain
F: Light chain of analytical antibody HUI-001 Fab
G: Heavy chain of analytical antibody HUI-001 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4406
ポリマ－100,4406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
E: Light chain of analytical antibody S1 Fab
D: Insulin A chain
A: Insulin B chain
J: Light chain of analytical antibody HUI-001 Fab
K: Heavy chain of analytical antibody HUI-001 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4406
ポリマ－100,4406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)278.900, 52.326, 179.504
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2(chain "C" and (resid 1 through 133 or resid 141 through 221))
d_2ens_2chain "H"
d_1ens_3chain "D"
d_2ens_3chain "I"
d_1ens_4(chain "E" and (resid 1 through 14 or resid 16...
d_2ens_4(chain "F" and (resid 1 through 14 or resid 16...
d_3ens_4(chain "J" and (resid 1 through 14 or resid 16...
d_4ens_4(chain "L" and (resid 1 through 14 or resid 16...
d_1ens_5chain "G"
d_2ens_5chain "K"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PHEPHEPROPROAH1 - 281 - 28
d_21ens_1PHEPHEPROPROBD1 - 281 - 28
d_11ens_2GLUGLUPROPROCE1 - 1331 - 133
d_12ens_2SERSERASPASPCE141 - 221141 - 221
d_21ens_2GLUGLUASPASPHA1 - 2141 - 214
d_11ens_3GLYGLYASNASNDG1 - 211 - 21
d_21ens_3GLYGLYASNASNIC1 - 211 - 21
d_11ens_4GLNGLNSERSEREF1 - 141 - 14
d_12ens_4GLYGLYGLUGLUEF16 - 1716 - 17
d_13ens_4VALVALCYSCYSEF19 - 2319 - 23
d_14ens_4ALAALAALAALAEF2525
d_15ens_4SERSERVALVALEF27 - 2927 - 29
d_16ens_4TYRTYRTRPTRPEF33 - 3433 - 34
d_17ens_4GLNGLNPROPROEF36 - 4336 - 43
d_18ens_4LEULEULEULEUEF4545
d_19ens_4ILEILETYRTYREF47 - 4847 - 48
d_110ens_4THRTHRPROPROEF50 - 5850 - 58
d_111ens_4ARGARGSERSEREF60 - 6960 - 69
d_112ens_4SERSERSERSEREF71 - 7571 - 75
d_113ens_4METMETTYRTYREF77 - 8577 - 85
d_114ens_4CYSCYSCYSCYSEF8787
d_115ens_4GLNGLNGLNGLNEF8989
d_116ens_4PROPROPROPROEF9494
d_117ens_4THRTHRTHRTHREF96 - 10196 - 101
d_118ens_4LEULEUASNASNEF103 - 211103 - 211
d_21ens_4GLNGLNSERSERFI1 - 141 - 14
d_22ens_4GLYGLYGLUGLUFI16 - 1716 - 17
d_23ens_4VALVALCYSCYSFI19 - 2319 - 23
d_24ens_4ALAALAALAALAFI2525
d_25ens_4SERSERVALVALFI27 - 2927 - 29
d_26ens_4TYRTYRTYRTYRFI3333
d_27ens_4TRPTRPTRPTRPFI3636
d_28ens_4GLNGLNPROPROFI38 - 4538 - 45
d_29ens_4LEULEULEULEUFI4747
d_210ens_4ILEILETYRTYRFI49 - 5049 - 50
d_211ens_4THRTHRPROPROFI52 - 6052 - 60
d_212ens_4ARGARGSERSERFI62 - 7162 - 71
d_213ens_4SERSERSERSERFI73 - 7773 - 77
d_214ens_4METMETTYRTYRFI79 - 8779 - 87
d_215ens_4CYSCYSCYSCYSFI8989
d_216ens_4GLNGLNGLNGLNFI9191
d_217ens_4PROPROPROPROFI9696
d_218ens_4THRTHRTHRTHRFI98 - 10398 - 103
d_219ens_4LEULEUASNASNFI105 - 213105 - 213
d_31ens_4GLNGLNSERSERJK1 - 141 - 14
d_32ens_4GLYGLYGLUGLUJK16 - 1716 - 17
d_33ens_4VALVALCYSCYSJK19 - 2319 - 23
d_34ens_4ALAALAALAALAJK2525
d_35ens_4SERSERVALVALJK27 - 2927 - 29
d_36ens_4TYRTYRTYRTYRJK3333
d_37ens_4TRPTRPTRPTRPJK3636
d_38ens_4GLNGLNPROPROJK38 - 4538 - 45
d_39ens_4LEULEULEULEUJK4747
d_310ens_4ILEILETYRTYRJK49 - 5049 - 50
d_311ens_4THRTHRPROPROJK52 - 6052 - 60
d_312ens_4ARGARGSERSERJK62 - 7162 - 71
d_313ens_4SERSERSERSERJK73 - 7773 - 77
d_314ens_4METMETTYRTYRJK79 - 8779 - 87
d_315ens_4CYSCYSCYSCYSJK8989
d_316ens_4GLNGLNGLNGLNJK9191
d_317ens_4PROPROPROPROJK9696
d_318ens_4THRTHRTHRTHRJK98 - 10398 - 103
d_319ens_4LEULEUASNASNJK105 - 213105 - 213
d_41ens_4GLNGLNSERSERLB1 - 141 - 14
d_42ens_4GLYGLYGLUGLULB16 - 1716 - 17
d_43ens_4VALVALCYSCYSLB19 - 2319 - 23
d_44ens_4ALAALAALAALALB2525
d_45ens_4SERSERVALVALLB27 - 2927 - 29
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d_47ens_4GLNGLNPROPROLB36 - 4336 - 43
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d_410ens_4THRTHRPROPROLB50 - 5850 - 58
d_411ens_4ARGARGSERSERLB60 - 6960 - 69
d_412ens_4SERSERSERSERLB71 - 7571 - 75
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d_417ens_4THRTHRTHRTHRLB96 - 10196 - 101
d_418ens_4LEULEUASNASNLB103 - 211103 - 211
d_11ens_5GLNGLNARGARGGJ1 - 2131 - 217
d_21ens_5GLNGLNARGARGKL1 - 2131 - 217

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
ens_5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.576094457863, 0.674259030791, -0.462049710547), (0.576032370545, -0.0661525531921, -0.814745695165), (-0.579915410818, -0.735526069628, -0.3502849086)-4.17390816772, 76.4080325836, 84.3082441338
2given(-0.534197169748, 0.663488457121, -0.523847736561), (0.651997410575, -0.0710622635129, -0.754883786624), (-0.538082484789, -0.744804150077, -0.394631495945)1.08849447493, 70.1747859585, 87.8937479766
3given(-0.67094972524, 0.623037182527, -0.402058621831), (0.486357656692, -0.039518728509, -0.872865682608), (-0.559716621137, -0.781193279084, -0.276503824091)-6.5146299389, 82.9005264227, 78.1645002406
4given(0.338249274822, -0.394680772628, 0.854291821218), (0.853605316446, 0.51084264589, -0.101969382051), (-0.396163339821, 0.76371910992, 0.509693760335)-106.080108397, -9.38728428879, -61.8609780439
5given(0.379767421142, 0.0926345906896, -0.920432256305), (0.487706082823, -0.865517080154, 0.114118187595), (-0.786078547358, -0.492238780035, -0.373873642843)101.98339737, 51.7761375457, 159.522652568
6given(-0.536985472173, 0.661462439745, -0.523559016237), (0.661768447748, -0.0545975885639, -0.74771761039), (-0.523172174566, -0.747988331547, -0.408416860119)1.10216446794, 69.2710239405, 88.7592930313
7given(-0.669581916739, 0.493308357419, -0.555253925044), (0.621540971634, -0.037125666303, -0.782501441201), (-0.406628672572, -0.869061878926, -0.281752680982)-0.72114365887, 67.7019020396, 91.7788928201

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 IDBA

#3: タンパク質・ペプチド Insulin A chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#4: タンパク質・ペプチド Insulin B chain


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308

-
抗体 , 4種, 8分子 HCLEFJGK

#1: 抗体 Heavy chain of analytical antibody S1 Fab


分子量: 24219.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of analytical antibody S1 Fab


分子量: 23360.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Light chain of analytical antibody HUI-001 Fab


分子量: 23536.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 Heavy chain of analytical antibody HUI-001 Fab


分子量: 23505.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 7.5, 15%(w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.403→45.61 Å / Num. obs: 35523 / % possible obs: 98.96 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 92.02 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2022 / Rpim(I) all: 0.1293 / Rrim(I) all: 0.2407 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.403→3.525 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.041 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 3330 / CC1/2: 0.594 / CC star: 0.863 / Rpim(I) all: 0.6749 / Rrim(I) all: 1.245 / % possible all: 93.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.403→45.61 Å / SU ML: 0.5596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.9323
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3109 1769 4.99 %
Rwork0.2575 33679 -
obs0.2602 35448 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.403→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13896 0 0 0 13896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001614249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.413919412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03912178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.17051946
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.598482356166
ens_2d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.595201608107
ens_3d_2GX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.4141622078
ens_4d_2FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.27601913327
ens_4d_3FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.37341548612
ens_4d_4FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.440447621237
ens_5d_2JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.32812903386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.403-3.50.461260.46472394X-RAY DIFFRACTION91.7
3.5-3.60.40471320.37672515X-RAY DIFFRACTION99.44
3.6-3.710.371400.32712635X-RAY DIFFRACTION99.57
3.71-3.850.44341290.33212502X-RAY DIFFRACTION99.58
3.85-40.37071390.31822635X-RAY DIFFRACTION99.64
4-4.180.3691340.30132547X-RAY DIFFRACTION99.48
4.18-4.40.31941370.25632597X-RAY DIFFRACTION99.71
4.4-4.680.28421360.22872594X-RAY DIFFRACTION99.64
4.68-5.040.28021370.23212595X-RAY DIFFRACTION99.71
5.04-5.550.26621370.21712599X-RAY DIFFRACTION99.74
5.55-6.350.27641380.23572641X-RAY DIFFRACTION99.68
6.35-7.990.30761400.24842658X-RAY DIFFRACTION99.82
7.99-45.610.24821440.19422767X-RAY DIFFRACTION99.52

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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