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万見
- PDB-8k20: Cryo-EM structure of KEOPS complex from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k20
タイトルCryo-EM structure of KEOPS complex from Arabidopsis thaliana
要素
  • At4g34412
  • At5g53043
  • Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
  • non-specific serine/threonine protein kinaseSerine/threonine-specific protein kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / KEOPS complex / tRNA t6A synthase / RNA-binding protein (RNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA processing / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase ...tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glycoprotease 2 / At4g34412 / At5g53043 / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zheng, X.X. / Zhu, L. / Duan, L. / Zhang, W.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000847 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of A. thaliana KEOPS complex in biosynthesizing tRNA t6A.
著者: Xinxing Zheng / Chenchen Su / Lei Duan / Mengqi Jin / Yongtao Sun / Li Zhu / Wenhua Zhang /
要旨: In archaea and eukaryotes, the evolutionarily conserved KEOPS is composed of four core subunits-Kae1, Bud32, Cgi121 and Pcc1, and a fifth Gon7/Pcc2 that is found in fungi and metazoa. KEOPS ...In archaea and eukaryotes, the evolutionarily conserved KEOPS is composed of four core subunits-Kae1, Bud32, Cgi121 and Pcc1, and a fifth Gon7/Pcc2 that is found in fungi and metazoa. KEOPS cooperates with Sua5/YRDC to catalyze the biosynthesis of tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine (t6A), an essential modification needed for fitness of cellular organisms. Biochemical and structural characterizations of KEOPSs from archaea, yeast and humans have determined a t6A-catalytic role for Kae1 and auxiliary roles for other subunits. However, the precise molecular workings of KEOPSs still remain poorly understood. Here, we investigated the biochemical functions of A. thaliana KEOPS and determined a cryo-EM structure of A. thaliana KEOPS dimer. We show that A. thaliana KEOPS is composed of KAE1, BUD32, CGI121 and PCC1, which adopts a conserved overall arrangement. PCC1 dimerization leads to a KEOPS dimer that is needed for an active t6A-catalytic KEOPS-tRNA assembly. BUD32 participates in direct binding of tRNA to KEOPS and modulates the t6A-catalytic activity of KEOPS via its C-terminal tail and ATP to ADP hydrolysis. CGI121 promotes the binding of tRNA to KEOPS and potentiates the t6A-catalytic activity of KEOPS. These data and findings provide insights into mechanistic understanding of KEOPS machineries.
履歴
登録2023年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
B: non-specific serine/threonine protein kinase
C: At4g34412
D: At5g53043
F: At5g53043
E: Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,7187
ポリマ－145,6626
非ポリマー561
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / Glycoprotease 2 / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein GCP2 / tRNA ...Glycoprotease 2 / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein GCP2 / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein GCP2


分子量: 38813.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GCP2, At4g22720, T12H17.110, T12H17_110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O49653, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase
#2: タンパク質 non-specific serine/threonine protein kinase / Serine/threonine-specific protein kinase


分子量: 25170.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g26110, T1N24.12, T1N24_12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q94K14, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質 At4g34412 / EKC/KEOPS complex subunit tprkb-like protein


分子量: 19678.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g34412 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NMZ4
#4: タンパク質 At5g53043 / Transcription factor


分子量: 11592.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g53045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GWD7
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: KEOPS complex from Arabidopsis thaliana / タイプ: COMPLEX
詳細: The sample contains KAE1, BUD32, CGI121 and PCC1, which form a KEOPS complex.
Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 300 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.5,5 mM 2-mercaptoethanol
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample was freshly purified by size exclusion chromatography.
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 0.27 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 最高温度: 89.8 K / 最低温度: 77.1 K
撮影平均露光時間: 3.6 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 232232 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039509
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54912865
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2531302
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431508
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051652

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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