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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36808 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of KEOPS complex from Arabidopsis thaliana | |||||||||
マップデータ | Electron density map for KEOPS complex from Arabidopsis thaliana | |||||||||
試料 |
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キーワード | KEOPS complex / tRNA t6A synthase / RNA-binding protein / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA processing / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng XX / Zhu L / Duan L / Zhang WH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of A. thaliana KEOPS complex in biosynthesizing tRNA t6A. 著者: Xinxing Zheng / Chenchen Su / Lei Duan / Mengqi Jin / Yongtao Sun / Li Zhu / Wenhua Zhang / 要旨: In archaea and eukaryotes, the evolutionarily conserved KEOPS is composed of four core subunits-Kae1, Bud32, Cgi121 and Pcc1, and a fifth Gon7/Pcc2 that is found in fungi and metazoa. KEOPS ...In archaea and eukaryotes, the evolutionarily conserved KEOPS is composed of four core subunits-Kae1, Bud32, Cgi121 and Pcc1, and a fifth Gon7/Pcc2 that is found in fungi and metazoa. KEOPS cooperates with Sua5/YRDC to catalyze the biosynthesis of tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine (t6A), an essential modification needed for fitness of cellular organisms. Biochemical and structural characterizations of KEOPSs from archaea, yeast and humans have determined a t6A-catalytic role for Kae1 and auxiliary roles for other subunits. However, the precise molecular workings of KEOPSs still remain poorly understood. Here, we investigated the biochemical functions of A. thaliana KEOPS and determined a cryo-EM structure of A. thaliana KEOPS dimer. We show that A. thaliana KEOPS is composed of KAE1, BUD32, CGI121 and PCC1, which adopts a conserved overall arrangement. PCC1 dimerization leads to a KEOPS dimer that is needed for an active t6A-catalytic KEOPS-tRNA assembly. BUD32 participates in direct binding of tRNA to KEOPS and modulates the t6A-catalytic activity of KEOPS via its C-terminal tail and ATP to ADP hydrolysis. CGI121 promotes the binding of tRNA to KEOPS and potentiates the t6A-catalytic activity of KEOPS. These data and findings provide insights into mechanistic understanding of KEOPS machineries. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36808.map.gz | 254.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36808-v30.xml emd-36808.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36808_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36808.png | 62 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36808.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_36808_half_map_1.map.gz emd_36808_half_map_2.map.gz | 475.3 MB 475.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36808 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36808 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36808_validation.pdf.gz | 834.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36808_full_validation.pdf.gz | 834.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36808_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36808_validation.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36808 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36808 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k20MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Electron density map for KEOPS complex from Arabidopsis thaliana | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A for KEOPS complex from Arabidopsis thaliana
ファイル | emd_36808_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A for KEOPS complex from Arabidopsis thaliana | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B for KEOPS complex from Arabidopsis thaliana
ファイル | emd_36808_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B for KEOPS complex from Arabidopsis thaliana | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : KEOPS complex from Arabidopsis thaliana
全体 | 名称: KEOPS complex from Arabidopsis thaliana |
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要素 |
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-超分子 #1: KEOPS complex from Arabidopsis thaliana
超分子 | 名称: KEOPS complex from Arabidopsis thaliana / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: The sample contains KAE1, BUD32, CGI121 and PCC1, which form a KEOPS complex. |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
分子 | 名称: Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 38.81357 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKKMIAIGF EGSANKIGVG IVTLDGTILA NPRHTYITPP GHGFLPRETA HHHLDHVLPL VKSALETSQV TPEEIDCICY TKGPGMGAP LQVSAIVVRV LSQLWKKPIV AVNHCVAHIE MGRVVTGADD PVVLYVSGGN TQVIAYSEGR YRIFGETIDI A VGNCLDRF ...文字列: MKKKMIAIGF EGSANKIGVG IVTLDGTILA NPRHTYITPP GHGFLPRETA HHHLDHVLPL VKSALETSQV TPEEIDCICY TKGPGMGAP LQVSAIVVRV LSQLWKKPIV AVNHCVAHIE MGRVVTGADD PVVLYVSGGN TQVIAYSEGR YRIFGETIDI A VGNCLDRF ARVLKLSNDP SPGYNIEQLA KKGENFIDLP YAVKGMDVSF SGILSYIETT AEEKLKNNEC TPADLCYSLQ ET VFAMLVE ITERAMAHCD KKDVLIVGGV GCNERLQEMM RTMCSERDGK LFATDDRYCI DNGAMIAYTG LLAFVNGIET PIE DSTFTQ RFRTDEVHAV WREKEAVLLG DKKVAAN UniProtKB: Glycoprotease 2 |
-分子 #2: non-specific serine/threonine protein kinase
分子 | 名称: non-specific serine/threonine protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 25.170117 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDCEENVRDE SLVLIKQGAE ARVFESTFAG RRSIVKERFS KKYRHPILDA KLTLKRLNAE ARCMTKARKL GVCTPVLYAV DTLLHSLTL EYIEGVSVKD IFLEFGTNGV VEERLDDVAA QIGAAIAKLH DGGLAHGDLT TSNMLVRSGT NQLVLIDFGL S VTSTLPED ...文字列: MDCEENVRDE SLVLIKQGAE ARVFESTFAG RRSIVKERFS KKYRHPILDA KLTLKRLNAE ARCMTKARKL GVCTPVLYAV DTLLHSLTL EYIEGVSVKD IFLEFGTNGV VEERLDDVAA QIGAAIAKLH DGGLAHGDLT TSNMLVRSGT NQLVLIDFGL S VTSTLPED KAVDLYVLER ALLSMHSSCG NVMDRILTAY RKSSKQWSAT FNKLAQVRQR GRKRTMIG UniProtKB: non-specific serine/threonine protein kinase |
-分子 #3: At4g34412
分子 | 名称: At4g34412 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 19.678484 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKVFNLDRGN TLSVSLFSGV TNSKELLNSM LDGSLKLEVS FLNASLIPDI FPLLAAAQKA LISKSRDSLS TRTLHSELVY NYSGSKHIT ESLKRCGISE NTTYILAARF NASPVEMEEV AKLINGKEID LEELKTHANQ ANILKHYKIT SQELGISSLG D AIVCRIAA RDALHHHHHH UniProtKB: At4g34412 |
-分子 #4: At5g53043
分子 | 名称: At5g53043 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 11.592994 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAATVPATTR SDQTWDFSCN LDVSFESEEH ALIAYTSLAV DKELQPDKVR RVMSVSNNKL SVHFEAIEAR LLRASFSAFV DVLTLATRT IQEFGQKHHH HHH UniProtKB: At5g53043 |
-分子 #5: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 300 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.5,5 mM 2-mercaptoethanol |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | The sample was freshly purified by size exclusion chromatography. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.1 K / 最高: 89.8 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 3.6 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.27 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |