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- PDB-8j2u: Glucosyl Transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j2u
タイトルGlucosyl Transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with UDP
要素Glycosyltransferaseグリコシルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Glucosyl transferase
機能・相同性UDP-glucosyltransferase activity / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / グリコシルトランスフェラーゼ
機能・相同性情報
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.
資金援助 サウジアラビア, 1件
組織認可番号国
Other privateKing Abdullah University of Science and Technology サウジアラビア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glucosyl Transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with UDP
著者: Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.
履歴
登録2023年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7004
ポリマ－107,8922
非ポリマー8082
水0
1
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3502
ポリマ－53,9461
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
2
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3502
ポリマ－53,9461
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.492, 112.559, 103.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase / グリコシルトランスフェラーゼ


分子量: 53945.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8K1ZRH3
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / ウリジン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 20% w/vPEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→45.96 Å / Num. obs: 16627 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 3.32→3.41 Å / Num. unique obs: 1133 / CC1/2: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACRefmac5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.32→45.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 54.784 / SU ML: 0.759 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.79 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33038 1040 6.3 %RANDOM
Rwork0.28937 ---
obs0.29196 15354 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 114.807 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.27 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7460 0 50 0 7510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0177658
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0731.84410404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3661.5616926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3875.193982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.433101406
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.21226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.12511.8093782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.12511.8093782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.70217.74724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.70217.7014725
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63711.8553876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.58811.8433869
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.04917.7655681
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.82333344
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.82433345
LS精密化 シェル解像度: 3.32→3.405 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 68 -
Rwork0.47 1059 -
obs--91.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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