+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ipi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The apo structure of human mitochondrial methyltransferase METTL15 | ||||||
要素 | 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / human mitochondrial methyltransferase METTL15 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lv, M.Q. / Zhou, W.W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural insights into the specific recognition of mitochondrial ribosome-binding factor hsRBFA and 12 S rRNA by methyltransferase METTL15. 著者: Lv, M. / Zhou, W. / Hao, Y. / Li, F. / Zhang, H. / Yao, X. / Shi, Y. / Zhang, L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ipi.cif.gz | 129.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ipi.ent.gz | 99.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ipi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipi | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8ipkC 8iplC 8ipmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37768.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL15, METT5D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A6NJ78, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10% PEG MME 2000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 5.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→31.34 Å / Num. obs: 23694 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1134 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→31.336 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.82 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.336 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 26.4696 Å / Origin y: -26.3576 Å / Origin z: -7.8066 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 8 through 338) |