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- PDB-8iiy: Crystal structure of MBP fused GAS41 YEATS domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iiy
タイトルCrystal structure of MBP fused GAS41 YEATS domain in complex with H3K14ac peptide
要素
  • Histone H3.1ヒストンH3
  • Maltodextrin-binding protein,YEATS domain-containing protein 4
キーワードNUCLEAR PROTEIN / YEATS domain / Transcription (転写 (生物学)) / Complex / Histone modification (ヒストン)
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / regulation of double-strand break repair / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / carbohydrate transmembrane transporter activity / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening ...modification-dependent protein binding / regulation of double-strand break repair / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / carbohydrate transmembrane transporter activity / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / lysine-acetylated histone binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / structural constituent of cytoskeleton / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nuclear matrix / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / mitotic cell cycle / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / outer membrane-bounded periplasmic space / 遺伝子発現 / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of apoptotic process / 核膜 / Estrogen-dependent gene expression / regulation of cell cycle / クロマチンリモデリング / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
ウィリアム・バトラー・イェイツ / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Histone H3 signature 1. ...ウィリアム・バトラー・イェイツ / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotetraose / Maltodextrin-binding protein / YEATS domain-containing protein 4 / ヒストンH3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kikuchi, M. / Umehara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: GAS41 promotes H2A.Z deposition through recognition of the N terminus of histone H3 by the YEATS domain.
著者: Kikuchi, M. / Takase, S. / Konuma, T. / Noritsugu, K. / Sekine, S. / Ikegami, T. / Ito, A. / Umehara, T.
履歴
登録2023年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein,YEATS domain-containing protein 4
B: Histone H3.1
C: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3016
ポリマ－61,4503
非ポリマー8513
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.241, 66.241, 248.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein,YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI-1 / NuBI1


分子量: 57212.938 Da / 分子数: 1 / 変異: D108A, K109A, E198A, N199A, K265A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: YEATS4, GAS41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SHQ8, UniProt: O95619
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1 / ヒストンH3 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 2118.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris buffer (pH 8.5) containing 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 200 mM trimethylamine N-oxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 35680 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / Num. unique obs: 3067 / Rsym value: 1.433

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 14.555 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24671 1853 5.2 %RANDOM
Rwork0.16975 ---
obs0.17359 33750 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.21 Å20 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4088 0 57 145 4290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0134293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1741.6635839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1791.5959377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9715530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.18324.213197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.91215700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4731512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6595.6432117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6662116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9788.4542648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.98338.4212649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5952176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.5952176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7013192
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.6074758
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.6064759
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.50834232
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 126 -
Rwork0.275 2476 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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