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- PDB-8hba: Crystal structure of NAD-II riboswitch (single strand) with NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hba
タイトルCrystal structure of NAD-II riboswitch (single strand) with NAD
要素RNA (55-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / Riboswitch (リボスイッチ) / NAD / NMN / Aptamer (アプタマー)
機能・相同性NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Peng, X. / Lilley, D.M.J. / Huang, L.
資金援助 中国, 英国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of the NAD+-II riboswitch reveal two distinct ligand-binding pockets.
著者: Peng, X. / Liao, W. / Lin, X. / Lilley, D.M.J. / Huang, L.
履歴
登録2022年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (55-MER)
B: RNA (55-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5916
ポリマ－36,2662
非ポリマー2,3264
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15120 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.756, 68.640, 114.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (55-MER)


分子量: 18132.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / ニコチンアミドモノヌクレオチド / ニコチンアミドモノヌクレオチド


分子量: 335.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.012 M Sodium chloride, 0.08 M Potassium chloride 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5 45% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol 0.02 M Hexammine cobalt(III) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→19.61 Å / Num. obs: 9135 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.99 % / CC1/2: 0.919 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.64→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.897 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 847 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.292 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8HB1

8hb1


解像度: 2.64→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 43.559 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27456 934 10.3 %RANDOM
Rwork0.2294 ---
obs0.2339 8168 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 103.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.64 Å20 Å20 Å2
2---4.23 Å20 Å2
3----6.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2111 154 0 2265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0112600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.2693935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6772.9092513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57.032600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.57.032601
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.04510.5613936
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.37410101
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.37410102
LS精密化 シェル解像度: 2.642→2.71 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.529 66 -
Rwork0.547 557 -
obs--92.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4776-1.96411.334211.9889-2.33797.193-0.2364-0.030.3217-0.7950.0432-0.0058-0.06020.00020.19320.2654-0.0748-0.11460.03630.04020.0924-2.180.244-41.634
22.38721.2511-1.530112.1638-2.60448.0228-0.1360.18710.11120.6163-0.1656-0.3599-0.11410.00920.30170.19290.00120.06240.02770.04210.10161.528-0.305-15.4
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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