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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gqc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the SARS-unique domain (SUD) of SARS-CoV-2 (1.35 angstrom resolution) | ||||||
要素 | Papain-like protease nsp3 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / NSP3 / SUD domain / G4-binding / virus replication (ウイルス複製) / drug target (生物学的標的) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / メチル化 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / メチル化 / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host gene expression / cysteine-type endopeptidase activity / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / タンパク質分解 / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Qin, B. / Li, Z. / Aumonier, S. / Wang, M. / Cui, S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Identification of the SARS-unique domain of SARS-CoV-2 as an antiviral target. 著者: Qin, B. / Li, Z. / Tang, K. / Wang, T. / Xie, Y. / Aumonier, S. / Wang, M. / Yuan, S. / Cui, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gqc.cif.gz | 167.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gqc.ent.gz | 132.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8hblC 2w2gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29022.396 Da / 分子数: 1 / 断片: SUD domain / 変異: L492C, Y623C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0DTC1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.20 M Lithium sulfate monohydrate, 0.10 M Tris pH= 8.50, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99995 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99995 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→37.85 Å / Num. obs: 55560 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.01 / Net I/av σ(I): 30.5 / Net I/σ(I): 1.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.351→1.485 Å / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 1.733 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 53798 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 0.403 / % possible all: 72.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2w2g 解像度: 1.35→37.85 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.18 Å2 / Biso mean: 33.8542 Å2 / Biso min: 15.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→37.85 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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