PDB-8gho: GUCY2C-peptide bound to anti-GUCY2C-scFv antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gho

タイトル

GUCY2C-peptide bound to anti-GUCY2C-scFv antibody

要素

Guanylyl cyclase C peptide
anti-GUCY2C-scFv antibody heavy chain
anti-GUCY2C-scFv antibody light chain

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / bi-specific antibody GUCY2C antigen

機能・相同性

機能・相同性情報

Intestinal infectious diseases /

消化 / receptor guanylyl cyclase signaling pathway /

peptide receptor activity /

グアニル酸シクラーゼ / cGMP biosynthetic process /

guanylate cyclase activity /

adenylate cyclase activity /

toxic substance binding / response to toxic substance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Mosyak, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular insights into recognition of GUCY2C by T-cell engaging bispecific antibody anti-GUCY2CxCD3.
著者: Rampuria, P. / Mosyak, L. / Root, A.R. / Svenson, K. / Agostino, M.J. / LaVallie, E.R.

履歴

登録	2023年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gho.cif.gz	217.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gho.ent.gz	173.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8gho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8gho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ghpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (8) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (7) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (7)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (8)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (7)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (7)

登録構造単位

A: anti-GUCY2C-scFv antibody heavy chain

B: anti-GUCY2C-scFv antibody light chain

C: Guanylyl cyclase C peptide

G: Guanylyl cyclase C peptide

H: anti-GUCY2C-scFv antibody heavy chain

L: anti-GUCY2C-scFv antibody light chain

57.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: anti-GUCY2C-scFv antibody heavy chain

B: anti-GUCY2C-scFv antibody light chain

C: Guanylyl cyclase C peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
28.7 kDa, 3 ポリマー
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2

G: Guanylyl cyclase C peptide

H: anti-GUCY2C-scFv antibody heavy chain

L: anti-GUCY2C-scFv antibody light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.680, 80.570, 90.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	anti-GUCY2C-scFv antibody heavy chain 分子量: 13637.258 Da / 分子数: 2 / 断片: VH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	anti-GUCY2C-scFv antibody light chain 分子量: 13127.521 Da / 分子数: 2 / 断片: VL domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	Guanylyl cyclase C peptide / GC-C / Heat-stable enterotoxin receptor / STA receptor / hSTAR / Intestinal guanylate cyclase 分子量: 1956.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25092, グアニル酸シクラーゼ
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 200 mM Lithium Sulfate, bis-tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→60 Å / Num. obs: 49431 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.77 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2472 / % possible all: 61.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
STARANISO	データスケーリング
BUSTER	精密化
autoPROC	データ削減
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→31.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.145 / SU R_free Blow DPI: 0.122 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.116

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	2528	5.11 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.198	49431	71.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4365 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.0133 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4498 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→31.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3923	0	0	537	4460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	4013	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	5434	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1356	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		669	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4013	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.38
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.82
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		521	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4907	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2445	-	7.76 %
R_work	0.235	107	-
all	0.2358	116	-
obs	-	-	2.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0313	0.1525	-0.3251	0.4319	-0.3184	0.9365	0.0121	0.0196	-0.039	-0.0152	-0.0398	0.0066	-0.0605	-0.0065	0.0277	-0.0151	-0.0187	-0.0021	-0.0038	-0.0345	-0.0347	-27.9073	72.4596	27.062
2	0	0.1959	-0.2402	0.4099	0.3909	2.0853	-0.0021	0.034	-0.0312	0.0688	-0.0467	0.0427	0.0338	-0.0053	0.0489	-0.0438	0.0219	0.0094	0.0119	-0.0176	-0.0218	-36.0103	67.7139	48.0485
3	0	0.0952	0.0186	0	0.0532	0	-0.0005	-0.0008	0.0008	0.0006	0.0005	0.0024	0.0033	-0.0004	0	-0.012	-0.0046	-0.0254	0.0134	-0.0348	-0.0051	-47.4928	64.2695	23.9868
4	0.0775	0.2006	0.0946	0.0563	0.1468	0.0388	0.001	-0.0026	0.0009	0.0037	-0.0012	-0.0025	0.0036	0.0012	0.0002	0.0031	-0.0321	-0.0156	-0.0014	-0.0148	-0.0015	19.0742	95.9019	42.3393
5	0.5696	0.2302	-0.0479	0.3299	0.185	0.925	0.0144	-0.0408	-0.0065	0.0412	-0.0372	-0.0274	0.0565	-0.0377	0.0228	0.0615	-0.1064	0.0135	-0.003	0.0007	-0.0663	0.009	86.5966	44.802
6	0.5791	0.3624	0.1348	0.7462	0.1407	0.763	0.009	0.0462	-0.0303	0.0034	-0.0016	-0.0204	0.0158	-0.0059	-0.0074	-0.0087	-0.0147	-0.0031	-0.0117	-0.0131	-0.0148	7.0883	87.2592	24.2285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ G\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ H\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ L\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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