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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fz8 | ||||||
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タイトル | Structure of cytochrome P450sky2 | ||||||
要素 | Cytochrome P450シトクロムP450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / P450sky2 / epoxidation (エポキシド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces nodosus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | ||||||
データ登録者 | Murarka, V.C. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2024 タイトル: Biosynthesis of a new skyllamycin in Streptomyces nodosus : a cytochrome P450 forms an epoxide in the cinnamoyl chain. 著者: Song, Y. / Amaya, J.A. / Murarka, V.C. / Mendez, H. / Hogan, M. / Muldoon, J. / Evans, P. / Ortin, Y. / Kelly, S.L. / Lamb, D.C. / Poulos, T.L. / Caffrey, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fz8.cif.gz | 192.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fz8.ent.gz | 150.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fz8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fz8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45184.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces nodosus (バクテリア) 遺伝子: CP978_29155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P2W9N6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-OCA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.62 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris:HCl buffer pH 8.5, 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→52.29 Å / Num. obs: 64363 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 253881 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.45 Å / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Num. measured all: 12781 / Num. unique obs: 3208 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.238 / Rrim(I) all: 0.483 / Χ2: 0.64 / Net I/σ(I) obs: 2.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.43→35.84 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→35.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.0878 Å / Origin y: 9.7804 Å / Origin z: 4.4395 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |