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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fik | ||||||
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タイトル | APOBEC3A E72A inactive mutant in complex with ATTC-hairpin DNA substrate | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / APOBEC / APOBEC3A / A3A / cancer (悪性腫瘍) / DNA (デオキシリボ核酸) / mutation (突然変異) / cytidine deaminase / hairpin DNA / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / retrotransposon silencing ...mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / retrotransposon silencing / : / negative regulation of viral genome replication / P-body / defense response to virus / 自然免疫系 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.912 Å | ||||||
データ登録者 | Harjes, S. / Jameson, G.B. / Harjes, E. / Filichev, V.V. / Kurup, H.M. | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: DNA-based inhibitors restrict mutagenic activity of APOBEC3 in cells 著者: Harjes, S. / Kurup, H.M. / Filichev, V. / Harjes, E. / Jameson, G.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fik.cif.gz | 194 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fik.ent.gz | 146 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/8fik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/8fik | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8fiiC 8fijC 8filC 8fimC 5kegS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.1002/cbic.201900505 / データの種類: other data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABDH
#1: タンパク質 | 分子量: 22982.979 Da / 分子数: 2 / 変異: E72A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3A / プラスミド: pETite / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P31941, 活性化誘導シチジンデアミナーゼ #2: DNA鎖 | 分子量: 4874.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 5種, 165分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-IHP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 % / 解説: Flattened needle |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: A3A-E72A (50 mM MES pH 6.0, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA) was mixed with oligonucleotides (10 mM Tris/HCl pH 7.9, 1 mM EDTA) at 0.85 mM and 1.7 mM respectively. Dilution was done with ...詳細: A3A-E72A (50 mM MES pH 6.0, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA) was mixed with oligonucleotides (10 mM Tris/HCl pH 7.9, 1 mM EDTA) at 0.85 mM and 1.7 mM respectively. Dilution was done with protein buffer. The mixture was added to crystallization liquid 1 to 1 and the mixture was pipetted on siliconized glass disks and sealed on top of a reservoir of crystallization liquid for hanging drop crystallization at 12 degrees Celsius. The crystallization liquid has the following composition: 100 mM Bicine at pH 6.6, 200 mM NaCl, 20 mM putrescine, 1 mM TCEP, 1 mM inositol hex phosphate (phytic acid) and 45 % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953739 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月28日 / 詳細: 1 vertical and 2 horizontal focussing mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953739 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→48.173 Å / Num. obs: 42309 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.913 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2706 / CC1/2: 0.471 / Rpim(I) all: 0.589 / % possible all: 94.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5KEG 解像度: 1.912→48.173 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.19 / SU B: 9.215 / SU ML: 0.128 / Average fsc free: 0.867 / Average fsc work: 0.876 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.801 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.912→48.173 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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