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万見
- PDB-8fbi: Improving the secretion of designed protein assemblies through ne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fbi
タイトルImproving the secretion of designed protein assemblies through negative design of cryptic transmembrane domains
要素KWOCA_39
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / designed protein (デザイン) / protein assemblies / negative design / cryptic transmembrane domains
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Wang, J.Y. / Khmelinskaia, A. / Bera, A.K. / King, N.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Improving the secretion of designed protein assemblies through negative design of cryptic transmembrane domains.
著者: Jing Yang John Wang / Alena Khmelinskaia / William Sheffler / Marcos C Miranda / Aleksandar Antanasijevic / Andrew J Borst / Susana V Torres / Chelsea Shu / Yang Hsia / Una Nattermann / ...著者: Jing Yang John Wang / Alena Khmelinskaia / William Sheffler / Marcos C Miranda / Aleksandar Antanasijevic / Andrew J Borst / Susana V Torres / Chelsea Shu / Yang Hsia / Una Nattermann / Daniel Ellis / Carl Walkey / Maggie Ahlrichs / Sidney Chan / Alex Kang / Hannah Nguyen / Claire Sydeman / Banumathi Sankaran / Mengyu Wu / Asim K Bera / Lauren Carter / Brooke Fiala / Michael Murphy / David Baker / Andrew B Ward / Neil P King /
要旨: Computationally designed protein nanoparticles have recently emerged as a promising platform for the development of new vaccines and biologics. For many applications, secretion of designed ...Computationally designed protein nanoparticles have recently emerged as a promising platform for the development of new vaccines and biologics. For many applications, secretion of designed nanoparticles from eukaryotic cells would be advantageous, but in practice, they often secrete poorly. Here we show that designed hydrophobic interfaces that drive nanoparticle assembly are often predicted to form cryptic transmembrane domains, suggesting that interaction with the membrane insertion machinery could limit efficient secretion. We develop a general computational protocol, the Degreaser, to design away cryptic transmembrane domains without sacrificing protein stability. The retroactive application of the Degreaser to previously designed nanoparticle components and nanoparticles considerably improves secretion, and modular integration of the Degreaser into design pipelines results in new nanoparticles that secrete as robustly as naturally occurring protein assemblies. Both the Degreaser protocol and the nanoparticles we describe may be broadly useful in biotechnological applications.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KWOCA_39


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3401
ポリマ－33,3401
非ポリマー00
水0
1
A: KWOCA_39

A: KWOCA_39

A: KWOCA_39


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0213
ポリマ－100,0213
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area36720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.661, 115.661, 72.079
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 KWOCA_39


分子量: 33340.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Na3C6H5O7, pH 5.6, 30% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.61→58.51 Å / Num. obs: 4127 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 185.19 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 3.61→3.96 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 983 / CC1/2: 0.665 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.61→58.51 Å / SU ML: 0.5199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 39.8896
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 517 12.53 %
Rwork0.2328 3609 -
obs0.2384 4126 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 183.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.61→58.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2141 0 0 0 2141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00112152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.32572891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0289347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4364857
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.61-3.970.37791490.3614882X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.550.28531410.29894X-RAY DIFFRACTION100
4.55-5.730.36281010.3265923X-RAY DIFFRACTION99.81
5.73-58.510.24391260.1841910X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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