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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f5b | ||||||
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タイトル | Human ABCA4 structure in complex with AMP-PNP | ||||||
要素 | Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter / importer / membrane protein (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rod photoreceptor disc membrane / flippase activity / N-retinylidene-phosphatidylethanolamine flippase activity / all-trans retinal binding / phospholipid transfer to membrane / retinol transmembrane transporter activity / phospholipid transporter activity / 11-cis retinal binding / retinal metabolic process / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity ...rod photoreceptor disc membrane / flippase activity / N-retinylidene-phosphatidylethanolamine flippase activity / all-trans retinal binding / phospholipid transfer to membrane / retinol transmembrane transporter activity / phospholipid transporter activity / 11-cis retinal binding / retinal metabolic process / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / phototransduction, visible light / retinoid binding / P-type phospholipid transporter / photoreceptor cell maintenance / phospholipid translocation / retinoid metabolic process / lipid transport / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / photoreceptor outer segment / ABC-type transporter activity / 視覚 / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / photoreceptor disc membrane / cytoplasmic vesicle / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å | ||||||
データ登録者 | Scortecci, J.F. / Van Petegem, F. / Molday, R.S. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural and Functional Characterization of ABCA4 in its Nucleotide-Bound State 著者: Scortecci, J.F. / Garces, F.A. / Molday, L.L. / Van Petegem, F. / Molday, R.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f5b.cif.gz | 359.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f5b.ent.gz | 268.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 28864MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 256202.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCA4, ABCR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78363, P-type phospholipid transporter | ||||||||
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#2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ABCA4 structure in complex with AMP-PNP / タイプ: COMPLEX / 詳細: Recombinantly expressed human ABCA4 / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.25 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 825604 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149336 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 177.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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