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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ezj | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the S. cerevisiae Arf-like protein Arl1 bound to the Arf guanine nucleotide exchange factor Gea2 | ||||||
要素 |
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キーワード | LIPID TRANSPORT / small GTPase (低分子量GTPアーゼ) / guanine nucleotide exchange factor (グアニンヌクレオチド交換因子) / membrane trafficking / lipid flippase / trans-Golgi network (ゴルジ体) / protein transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / secretory granule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / trans-Golgi network membrane organization / Golgi cis cisterna / trans-Golgi Network Vesicle Budding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / regulation of ARF protein signal transduction / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / secretory granule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / trans-Golgi network membrane organization / Golgi cis cisterna / trans-Golgi Network Vesicle Budding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / regulation of ARF protein signal transduction / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein localization to Golgi apparatus / Golgi to plasma membrane protein transport / intra-Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to vacuole / protein-containing complex localization / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / オートファジー / intracellular protein transport / ゴルジ体 / エンドサイトーシス / actin cytoskeleton organization / endosome membrane / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Duan, H.D. / Li, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural insight into an Arl1-ArfGEF complex involved in Golgi recruitment of a GRIP-domain golgin. 著者: H Diessel Duan / Bhawik K Jain / Hua Li / Todd R Graham / Huilin Li / 要旨: Arl1 is an Arf-like (Arl) GTP-binding protein that interacts with the guanine nucleotide exchange factor Gea2 to recruit the golgin Imh1 to the Golgi. The Arl1-Gea2 complex also binds and activates ...Arl1 is an Arf-like (Arl) GTP-binding protein that interacts with the guanine nucleotide exchange factor Gea2 to recruit the golgin Imh1 to the Golgi. The Arl1-Gea2 complex also binds and activates the phosphatidylserine flippase Drs2 and these functions may be related, although the underlying molecular mechanism is unclear. Here we report high-resolution cryo-EM structures of the full-length Gea2 and the Arl1-Gea2 complex. Gea2 is a large protein with 1459 residues and is composed of six domains (DCB, HUS, SEC7, HDS1-3). We show that Gea2 assembles a stable dimer via an extensive interface involving hydrophobic and electrostatic interactions in the DCB and HUS region. Contrary to the previous report on a Gea2 homolog in which Arl1 binds to the dimerization surface of the DCB domain, implying a disrupted dimer upon Arl1 binding, we find that Arl1 binds to the outside surface of the Gea2 DCB domain, leaving the Gea2 dimer intact. The interaction between Arl1 and Gea2 involves the classic FWY aromatic residue triad as well as two Arl1-specific residues. We show that key mutations that disrupt the Arl1-Gea2 interaction abrogate Imh1 Golgi association. This work clarifies the Arl1-Gea2 interaction and improves our understanding of molecular events in the membrane trafficking. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ezj.cif.gz | 586.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ezj.ent.gz | 464.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ezj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 28743MC 8ezqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 168590.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: GEA2, YEL022W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39993 #2: タンパク質 | 分子量: 20460.168 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal 17 residues deleted / Mutation: Q72L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ARL1, ARF3, YBR164C, YBR1216 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38116 #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Gea2 homodimer in complex with two Arl1 monomers / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.379 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 69 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 712548 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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