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- PDB-8ev7: Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ev7
タイトルCrystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with kanamycin, mRNA, and A-, P-, and E-site tRNAs
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S Ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S Ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5S Ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • A-site and E-site tRNAs
  • P-site tRNA
  • mRNA伝令RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Kanamycin / antibiotic (抗生物質) / aminoglycoside (アミノグリコシド系抗生物質) / 70S ribosome (リボソーム) / inhibitor (酵素阻害剤) / tRNA (転移RNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
KANAMYCIN A / 鉄・硫黄クラスター / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 ...KANAMYCIN A / 鉄・硫黄クラスター / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
Escherichia phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Seely, S.M. / Gagnon, M.G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Other governmentUniversity of Texas Medical Branch Startup Funds
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM136936 米国
Welch FoundationH-2032-20200401 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008280 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of the pleiotropic effects by the antibiotic amikacin on the ribosome.
著者: Savannah M Seely / Narayan P Parajuli / Arindam De Tarafder / Xueliang Ge / Suparna Sanyal / Matthieu G Gagnon /
要旨: Aminoglycosides are a class of antibiotics that bind to ribosomal RNA and exert pleiotropic effects on ribosome function. Amikacin, the semisynthetic derivative of kanamycin, is commonly used for ...Aminoglycosides are a class of antibiotics that bind to ribosomal RNA and exert pleiotropic effects on ribosome function. Amikacin, the semisynthetic derivative of kanamycin, is commonly used for treating severe infections with multidrug-resistant, aerobic Gram-negative bacteria. Amikacin carries the 4-amino-2-hydroxy butyrate (AHB) moiety at the N amino group of the central 2-deoxystreptamine (2-DOS) ring, which may confer amikacin a unique ribosome inhibition profile. Here we use in vitro fast kinetics combined with X-ray crystallography and cryo-EM to dissect the mechanisms of ribosome inhibition by amikacin and the parent compound, kanamycin. Amikacin interferes with tRNA translocation, release factor-mediated peptidyl-tRNA hydrolysis, and ribosome recycling, traits attributed to the additional interactions amikacin makes with the decoding center. The binding site in the large ribosomal subunit proximal to the 3'-end of tRNA in the peptidyl (P) site lays the groundwork for rational design of amikacin derivatives with improved antibacterial properties.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1A: 23S Ribosomal RNA
1B: 5S Ribosomal RNA
1D: 50S ribosomal protein L2
1E: 50S ribosomal protein L3
1F: 50S ribosomal protein L4
1G: 50S ribosomal protein L5
1H: 50S ribosomal protein L6
1I: 50S ribosomal protein L9
1N: 50S ribosomal protein L13
1O: 50S ribosomal protein L14
1P: 50S ribosomal protein L15
1Q: 50S ribosomal protein L16
1R: 50S ribosomal protein L17
1S: 50S ribosomal protein L18
1T: 50S ribosomal protein L19
1U: 50S ribosomal protein L20
1V: 50S ribosomal protein L21
1W: 50S ribosomal protein L22
1X: 50S ribosomal protein L23
1Y: 50S ribosomal protein L24
1Z: 50S ribosomal protein L25
10: 50S ribosomal protein L27
11: 50S ribosomal protein L28
12: 50S ribosomal protein L29
13: 50S ribosomal protein L30
14: 50S ribosomal protein L31
15: 50S ribosomal protein L32
16: 50S ribosomal protein L33
17: 50S ribosomal protein L34
18: 50S ribosomal protein L35
19: 50S ribosomal protein L36
1a: 16S Ribosomal RNA
1b: 30S ribosomal protein S2
1c: 30S ribosomal protein S3
1d: 30S ribosomal protein S4
1e: 30S ribosomal protein S5
1f: 30S ribosomal protein S6
1g: 30S ribosomal protein S7
1h: 30S ribosomal protein S8
1i: 30S ribosomal protein S9
1j: 30S ribosomal protein S10
1k: 30S ribosomal protein S11
1l: 30S ribosomal protein S12
1m: 30S ribosomal protein S13
1n: 30S ribosomal protein S14 type Z
1o: 30S ribosomal protein S15
1p: 30S ribosomal protein S16
1q: 30S ribosomal protein S17
1r: 30S ribosomal protein S18
1s: 30S ribosomal protein S19
1t: 30S ribosomal protein S20
1u: 30S ribosomal protein Thx
1v: mRNA
1w: A-site and E-site tRNAs
1x: P-site tRNA
1y: A-site and E-site tRNAs
2A: 23S Ribosomal RNA
2B: 5S Ribosomal RNA
2D: 50S ribosomal protein L2
2E: 50S ribosomal protein L3
2F: 50S ribosomal protein L4
2G: 50S ribosomal protein L5
2H: 50S ribosomal protein L6
2I: 50S ribosomal protein L9
2N: 50S ribosomal protein L13
2O: 50S ribosomal protein L14
2P: 50S ribosomal protein L15
2Q: 50S ribosomal protein L16
2R: 50S ribosomal protein L17
2S: 50S ribosomal protein L18
2T: 50S ribosomal protein L19
2U: 50S ribosomal protein L20
2V: 50S ribosomal protein L21
2W: 50S ribosomal protein L22
2X: 50S ribosomal protein L23
2Y: 50S ribosomal protein L24
2Z: 50S ribosomal protein L25
20: 50S ribosomal protein L27
21: 50S ribosomal protein L28
22: 50S ribosomal protein L29
23: 50S ribosomal protein L30
24: 50S ribosomal protein L31
25: 50S ribosomal protein L32
26: 50S ribosomal protein L33
27: 50S ribosomal protein L34
28: 50S ribosomal protein L35
29: 50S ribosomal protein L36
2a: 16S Ribosomal RNA
2b: 30S ribosomal protein S2
2c: 30S ribosomal protein S3
2d: 30S ribosomal protein S4
2e: 30S ribosomal protein S5
2f: 30S ribosomal protein S6
2g: 30S ribosomal protein S7
2h: 30S ribosomal protein S8
2i: 30S ribosomal protein S9
2j: 30S ribosomal protein S10
2k: 30S ribosomal protein S11
2l: 30S ribosomal protein S12
2m: 30S ribosomal protein S13
2n: 30S ribosomal protein S14 type Z
2o: 30S ribosomal protein S15
2p: 30S ribosomal protein S16
2q: 30S ribosomal protein S17
2r: 30S ribosomal protein S18
2s: 30S ribosomal protein S19
2t: 30S ribosomal protein S20
2u: 30S ribosomal protein Thx
2v: mRNA
2w: A-site and E-site tRNAs
2x: P-site tRNA
2y: A-site and E-site tRNAs
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,560,6602392
ポリマ－4,500,876112
非ポリマー59,7852280
水38,2822125
1
1A: 23S Ribosomal RNA
1B: 5S Ribosomal RNA
1D: 50S ribosomal protein L2
1E: 50S ribosomal protein L3
1F: 50S ribosomal protein L4
1G: 50S ribosomal protein L5
1H: 50S ribosomal protein L6
1I: 50S ribosomal protein L9
1N: 50S ribosomal protein L13
1O: 50S ribosomal protein L14
1P: 50S ribosomal protein L15
1Q: 50S ribosomal protein L16
1R: 50S ribosomal protein L17
1S: 50S ribosomal protein L18
1T: 50S ribosomal protein L19
1U: 50S ribosomal protein L20
1V: 50S ribosomal protein L21
1W: 50S ribosomal protein L22
1X: 50S ribosomal protein L23
1Y: 50S ribosomal protein L24
1Z: 50S ribosomal protein L25
10: 50S ribosomal protein L27
11: 50S ribosomal protein L28
12: 50S ribosomal protein L29
13: 50S ribosomal protein L30
14: 50S ribosomal protein L31
15: 50S ribosomal protein L32
16: 50S ribosomal protein L33
17: 50S ribosomal protein L34
18: 50S ribosomal protein L35
19: 50S ribosomal protein L36
1a: 16S Ribosomal RNA
1b: 30S ribosomal protein S2
1c: 30S ribosomal protein S3
1d: 30S ribosomal protein S4
1e: 30S ribosomal protein S5
1f: 30S ribosomal protein S6
1g: 30S ribosomal protein S7
1h: 30S ribosomal protein S8
1i: 30S ribosomal protein S9
1j: 30S ribosomal protein S10
1k: 30S ribosomal protein S11
1l: 30S ribosomal protein S12
1m: 30S ribosomal protein S13
1n: 30S ribosomal protein S14 type Z
1o: 30S ribosomal protein S15
1p: 30S ribosomal protein S16
1q: 30S ribosomal protein S17
1r: 30S ribosomal protein S18
1s: 30S ribosomal protein S19
1t: 30S ribosomal protein S20
1u: 30S ribosomal protein Thx
1v: mRNA
1w: A-site and E-site tRNAs
1x: P-site tRNA
1y: A-site and E-site tRNAs
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 2.29 MDa, 56 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,287,5361483
ポリマ－2,250,43856
非ポリマー37,0981427
水86548
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
2A: 23S Ribosomal RNA
2B: 5S Ribosomal RNA
2D: 50S ribosomal protein L2
2E: 50S ribosomal protein L3
2F: 50S ribosomal protein L4
2G: 50S ribosomal protein L5
2H: 50S ribosomal protein L6
2I: 50S ribosomal protein L9
2N: 50S ribosomal protein L13
2O: 50S ribosomal protein L14
2P: 50S ribosomal protein L15
2Q: 50S ribosomal protein L16
2R: 50S ribosomal protein L17
2S: 50S ribosomal protein L18
2T: 50S ribosomal protein L19
2U: 50S ribosomal protein L20
2V: 50S ribosomal protein L21
2W: 50S ribosomal protein L22
2X: 50S ribosomal protein L23
2Y: 50S ribosomal protein L24
2Z: 50S ribosomal protein L25
20: 50S ribosomal protein L27
21: 50S ribosomal protein L28
22: 50S ribosomal protein L29
23: 50S ribosomal protein L30
24: 50S ribosomal protein L31
25: 50S ribosomal protein L32
26: 50S ribosomal protein L33
27: 50S ribosomal protein L34
28: 50S ribosomal protein L35
29: 50S ribosomal protein L36
2a: 16S Ribosomal RNA
2b: 30S ribosomal protein S2
2c: 30S ribosomal protein S3
2d: 30S ribosomal protein S4
2e: 30S ribosomal protein S5
2f: 30S ribosomal protein S6
2g: 30S ribosomal protein S7
2h: 30S ribosomal protein S8
2i: 30S ribosomal protein S9
2j: 30S ribosomal protein S10
2k: 30S ribosomal protein S11
2l: 30S ribosomal protein S12
2m: 30S ribosomal protein S13
2n: 30S ribosomal protein S14 type Z
2o: 30S ribosomal protein S15
2p: 30S ribosomal protein S16
2q: 30S ribosomal protein S17
2r: 30S ribosomal protein S18
2s: 30S ribosomal protein S19
2t: 30S ribosomal protein S20
2u: 30S ribosomal protein Thx
2v: mRNA
2w: A-site and E-site tRNAs
2x: P-site tRNA
2y: A-site and E-site tRNAs
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 2.27 MDa, 56 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,273,125909
ポリマ－2,250,43856
非ポリマー22,687853
水50428
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.363, 447.526, 617.752
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 14分子 1A2A1B2B1a2a1v2v1w1y2w2y1x2x

#1: RNA鎖 23S Ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 948035.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: AP008226.1
#2: RNA鎖 5S Ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 39188.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: AP008226.1
#32: RNA鎖 16S Ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 493864.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: AP008226.1
#53: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 7804.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 24-nt M-F-Stop mRNA / 由来: (合成) Escherichia phage T4 (ファージ)
#54: RNA鎖
A-site and E-site tRNAs


分子量: 24645.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Deacylated Phenylalanyl-tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600 / 参照: GenBank: 1850831943
#55: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24846.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Deacylated Initiator Methionyl-tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600 / 参照: GenBank: 732678099

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 1D2D1E2E1F2F1G2G1H2H1I2I1N2N1O2O1P2P1Q2Q1R2R1S2S1T2T1U2U1V2V...

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60405
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / / L1e


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY8
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60488
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60489
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60490
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60491
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60492
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60493
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60494
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80339
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P35871
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80340
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / Ribosomal protein B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR2

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 1b2b1c2c1d2d1e2e1f2f1g2g1h2h1i2i1j2j1k2k1l2l1m2m1n2n1o2o1p2p...

#33: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY9
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY6
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY7
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#52: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / リボソーム / S31


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
非ポリマー , 5種, 4405分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2259 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物
ChemComp-KAN / KANAMYCIN A / カナマイシン / Kanamycin A


分子量: 484.499 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36N4O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#60: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.68 % / 解説: Long needles
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: 0.15 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.9% PEG-20K, 9-10.5% MPD, 0.5 mM BME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月18日 / 詳細: S/N E-32-0124
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→152.879 Å / Num. obs: 1264349 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.646 % / Biso Wilson estimate: 68.467 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Rrim(I) all: 0.297 / Χ2: 1.151 / Net I/σ(I): 6.81 / Num. measured all: 5874046
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.89-3.064.6872.0750.89163852062271955340.1872.33494.8
3.06-3.274.6791.1421.549034301939151930990.4351.28499.6
3.27-3.544.4660.7382.558011221806451793980.6510.83299.3
3.54-3.874.8670.5074.198091481663811662430.8430.56699.9
3.87-4.334.7470.3156.517139191506731504020.9320.35399.8
4.33-54.4390.1979.445849951332341317910.9680.22298.9
5-6.124.6970.13113.435285781129181125470.9860.14799.7
6.12-8.664.6540.08318.5240595187774872350.9940.09499.4
8.66-152.8794.3770.03234.4521051849294481000.9990.03697.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
Coot0.8.9.1モデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y4P

4y4p


解像度: 2.89→152.879 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 63205 5.01 %
Rwork0.2164 1197428 -
obs0.2188 1260633 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.8 Å2 / Biso mean: 68.0678 Å2 / Biso min: 14.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→152.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数90996 201989 2518 2125 297628
Biso mean--59.06 55.69 -
残基数----20959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004320040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83478361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04160676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00525478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.47169774
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.89-2.92240.412915420.39372864771
2.9224-2.95680.395220670.35994012699
2.9568-2.99280.374221200.34440129100
2.9928-3.03070.364321320.325840200100
3.0307-3.07060.360120940.323340192100
3.0706-3.11270.349121470.305240179100
3.1127-3.15710.336321030.293140206100
3.1571-3.20430.342420860.293340146100
3.2043-3.25430.337221120.29214009099
3.2543-3.30770.317520600.26863998499
3.3077-3.36470.308220860.2563987999
3.3647-3.42590.30521100.25284004299
3.4259-3.49180.293621210.237240301100
3.4918-3.56310.286321740.236440286100
3.5631-3.64060.28621010.226540406100
3.6406-3.72530.271121460.215640331100
3.7253-3.81840.265921390.213540392100
3.8184-3.92170.251120440.202540411100
3.9217-4.03710.251221400.200840438100
4.0371-4.16740.249921850.195740330100
4.1674-4.31640.238321310.19240410100
4.3164-4.48920.244121660.192640311100
4.4892-4.69350.238521210.18694033799
4.6935-4.9410.235321270.18143984098
4.941-5.25060.221121140.17644018199
5.2506-5.6560.225621780.17640656100
5.656-6.22520.23621980.180240598100
6.2252-7.1260.232821140.183140782100
7.126-8.97790.223522150.18624066099
8.9779-152.8790.228321320.20594093897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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