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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e1t | ||||||
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タイトル | Asp1 kinase in complex with ADPNP Mg IP7 | ||||||
要素 | Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Inositol pyrophosphosphate IPP kinase Fission yeast | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 1-diphosphatase activity / regulation of mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / inositol heptakisphosphate kinase activity / diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity ...regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 1-diphosphatase activity / regulation of mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / inositol heptakisphosphate kinase activity / diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 5-kinase activity / inositol phosphate metabolic process / signaling / inositol phosphate biosynthetic process / inositol metabolic process / mitotic spindle assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 細胞骨格 / リン酸化 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å | ||||||
データ登録者 | Goldgur, Y. / Shuman, S. / Benjamin, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2022 タイトル: Structures of Fission Yeast Inositol Pyrophosphate Kinase Asp1 in Ligand-Free, Substrate-Bound, and Product-Bound States. 著者: Benjamin, B. / Goldgur, Y. / Jork, N. / Jessen, H.J. / Schwer, B. / Shuman, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e1t.cif.gz | 164.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e1t.ent.gz | 124 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e1t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/8e1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/8e1t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38357.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: asp1, vip1, SPCC1672.06c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O74429, diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase #2: 化合物 | ChemComp-ANP / | #3: 化合物 | ChemComp-I7P / ( | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M bis-tris propane (pH 8.1), 0.15 M NaF, and 20% PEG 3,350 Temp details: ambient |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 138213 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 20.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.471 / Net I/σ(I): 11.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8E1H 解像度: 1.71→47.44 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.91 Å2 / Biso mean: 25.6469 Å2 / Biso min: 9.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.71→47.44 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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