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- PDB-8cu7: Crystal structure of A2AAR-StaR2-bRIL in complex with a novel A2a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cu7
タイトルCrystal structure of A2AAR-StaR2-bRIL in complex with a novel A2a antagonist, LJ-4517
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / A2a adenosine receptor / LCP / S277A mutant / nucleoside (ヌクレオシド) / antagonist (受容体拮抗薬) / molecular dynamics (分子動力学法)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic transmission, dopaminergic / synaptic transmission, cholinergic / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / 循環器 / 中間径フィラメント / response to caffeine / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / 脱分極 / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / response to inorganic substance / cellular defense response / prepulse inhibition / 食作用 / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to amphetamine / excitatory postsynaptic potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein secretion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / 凝固・線溶系 / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / electron transfer activity / ペリプラズム / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / 樹状突起 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / アデノシン受容体 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / TRIFLUOROETHANOL / Chem-LJX / オレイン酸 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Shiriaeva, A. / Park, D.-J. / Kim, G. / Lee, Y. / Hou, X. / Jarhad, D.B. / Kim, G. / Yu, J. / Hyun, Y.E. / Kim, W. ...Shiriaeva, A. / Park, D.-J. / Kim, G. / Lee, Y. / Hou, X. / Jarhad, D.B. / Kim, G. / Yu, J. / Hyun, Y.E. / Kim, W. / Gao, Z.-G. / Jacobson, K.A. / Han, G.W. / Stevens, R.C. / Jeong, L.S. / Choi, S. / Cherezov, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK31117 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: GPCR Agonist-to-Antagonist Conversion: Enabling the Design of Nucleoside Functional Switches for the A 2A Adenosine Receptor.
著者: Shiriaeva, A. / Park, D. / Kim, G. / Lee, Y. / Hou, X. / Jarhad, D.B. / Kim, G. / Yu, J. / Hyun, Y.E. / Kim, W. / Gao, Z.G. / Jacobson, K.A. / Han, G.W. / Stevens, R.C. / Jeong, L.S. / Choi, S. / Cherezov, V.
履歴
登録2022年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,77041
ポリマ－49,6711
非ポリマー11,09940
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14630 Å2
ΔGint77 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.456, 179.580, 140.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The authors state that the biological unit is unknown.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 49670.883 Da / 分子数: 1 / 変異: S277A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

-
非ポリマー , 8種, 217分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-LJX / (2R,3R,4R)-2-[(8P)-6-amino-2-(hex-1-yn-1-yl)-8-(thiophen-2-yl)-9H-purin-9-yl]oxolane-3,4-diol


分子量: 399.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物...
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 化合物 ChemComp-ETF / TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル / 2,2,2-トリフルオロエタノール


分子量: 100.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3F3O
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 5.3, 0.05 M sodium thiocyanate, 30% PEG400, 2% 2,2,2-trifluoroethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→44.9 Å / Num. obs: 28215 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1181 / % possible all: 64.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4EIY

4eiy


解像度: 2.05→44.89 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 1445 5.12 %
Rwork0.1774 26770 -
obs0.1791 28215 87.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.89 Å2 / Biso mean: 38.2732 Å2 / Biso min: 9.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→44.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3057 0 626 177 3860
Biso mean--51.13 40.01 -
残基数----396
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.120.2975540.25521127118137
2.12-2.20.25231160.22232132224870
2.2-2.30.25091370.20462589272685
2.3-2.420.21611470.18322739288691
2.42-2.580.20271680.16792814298293
2.58-2.780.21371560.16642954311097
2.78-3.050.20481530.16873035318899
3.05-3.50.20471680.172530353203100
3.5-4.40.20891780.156731113289100
4.41-44.890.19641680.1893234340299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44110.01210.00430.64480.38080.8872-0.0214-0.0907-0.0108-0.00220.0379-0.03840.0794-0.1609-0.05030.1079-0.0105-0.01240.13290.01990.0938-23.7803-5.020120.854
20.1937-0.061-0.10660.172-0.13690.18850.1805-0.2170.3488-0.3107-0.0735-0.13710.10180.05470.24610.35450.1078-0.07090.2097-0.03080.70080.0371-54.485519.9117
30.2287-0.02370.14510.4191-0.1750.6256-0.04860.0641-0.0602-0.26790.0919-0.11690.11630.0346-0.00730.1550.0004-0.00760.1458-0.00320.1218-18.1815-10.912210.7377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 208 )A-3 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1001 through 1106 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 308 )A219 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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