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- PDB-8ben: LRR domain Structure of the LRRC8C protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ben
タイトルLRR domain Structure of the LRRC8C protein
要素Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Ion channel (イオンチャネル) / Volume-regulated anion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / monoatomic ion channel complex / fat cell differentiation ...Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / monoatomic ion channel complex / fat cell differentiation / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / シグナル伝達 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sawicka, M. / Dutzler, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of a volume-regulated heteromeric LRRC8A/C channel.
著者: Sonja Rutz / Dawid Deneka / Antje Dittmann / Marta Sawicka / Raimund Dutzler /
要旨: Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions ...Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions determine permeation properties. Although structures of the obligatory LRRC8A, also referred to as SWELL1, have previously defined the architecture of VRACs, the organization of heteromeric channels has remained elusive. Here we have addressed this question by the structural characterization of murine LRRC8A/C channels. Like LRRC8A, these proteins assemble as hexamers. Despite 12 possible arrangements, we find a predominant organization with an A:C ratio of two. In this assembly, four LRRC8A subunits cluster in their preferred conformation observed in homomers, as pairs of closely interacting proteins that stabilize a closed state of the channel. In contrast, the two interacting LRRC8C subunits show a larger flexibility, underlining their role in the destabilization of the tightly packed A subunits, thereby enhancing the activation properties of the protein.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
B: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
C: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
D: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,7564
ポリマ－188,7564
非ポリマー00
水0
1
A: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1891
ポリマ－47,1891
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1891
ポリマ－47,1891
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1891
ポリマ－47,1891
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1891
ポリマ－47,1891
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.376, 104.726, 111.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 396 through 526 or resid 535 through 801))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 396 through 526 or resid 535 through 801))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 396 through 526 or resid 535 through 801))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 396 through 526 or resid 535 through 801))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERA1 - 131
d_12ens_1LEULYSA136 - 402
d_21ens_1SERSERB4 - 134
d_22ens_1LEULYSB139 - 405
d_31ens_1SERSERC2 - 132
d_32ens_1LEULYSC141 - 407
d_41ens_1SERSERD3 - 133
d_42ens_1LEULYSD135 - 401

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.366621852922, -0.905080694808, -0.215446867803), (0.928667042237, 0.370008388592, 0.0259097864718), (0.056266700841, -0.209577499407, 0.976171772855)21.9902248237, -23.8092640032, -25.0318662769
2given(-0.999985653993, -0.00523189312739, -0.00114852207021), (0.00524951204, -0.99985957381, -0.015914624864), (-0.00106509717118, -0.0159204257331, 0.999872694703)45.9089489024, -10.1057599132, -0.284182736637
3given(-0.373841427644, 0.902847882435, 0.212387118627), (-0.926529044967, -0.373965314741, -0.041156678723), (0.0422671954313, -0.212168905716, 0.976318513415)23.9281534204, 14.211493032, -24.2782493871

-
要素

#1: タンパク質
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C / / Factor for adipocyte differentiation 158 / Leucine-rich repeat-containing protein 8C


分子量: 47189.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8c, Ad158, Fad158 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8R502

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→49.19 Å / Num. obs: 30438 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 30.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.35 / Net I/σ(I): 5.53
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Num. unique obs: 2773 / CC1/2: 0.76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FNW

6fnw


解像度: 3.1→49.19 Å / SU ML: 0.4184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.7431
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 2006 6.59 %
Rwork0.2406 28432 -
obs0.2438 30438 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13038 0 0 0 13038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006613267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84117926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05642136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00592234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.70621699
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.64988432868
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.00426990668
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.87584203392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.180.39371470.30632043X-RAY DIFFRACTION99.46
3.18-3.260.38621350.29262038X-RAY DIFFRACTION99.54
3.26-3.360.34881580.28722003X-RAY DIFFRACTION99.45
3.36-3.470.32231500.28812058X-RAY DIFFRACTION99.46
3.47-3.590.30961260.2752002X-RAY DIFFRACTION99.25
3.59-3.740.33031570.24982021X-RAY DIFFRACTION99.27
3.74-3.910.2781390.2222036X-RAY DIFFRACTION99.63
3.91-4.110.26751490.22372038X-RAY DIFFRACTION99.41
4.11-4.370.25991340.21642057X-RAY DIFFRACTION99.68
4.37-4.710.27261430.20332024X-RAY DIFFRACTION99.54
4.71-5.180.24491390.20091995X-RAY DIFFRACTION96.52
5.18-5.930.29231330.23471933X-RAY DIFFRACTION93.78
5.93-7.460.25131400.25012090X-RAY DIFFRACTION100
7.46-49.190.22131560.21342094X-RAY DIFFRACTION99.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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