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万見
- PDB-8be2: Crystal structure of SOS1-Nanobody77 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8be2
タイトルCrystal structure of SOS1-Nanobody77
要素
  • Nanobody 77ナノボディ
  • Son of sevenless homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / Stabilizer
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 / blood vessel morphogenesis / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / leukocyte migration / NRAGE signals death through JNK / regulation of T cell proliferation / roof of mouth development / eyelid development in camera-type eye / Fc-epsilon receptor signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / B cell homeostasis / SOS-mediated signalling / RET signaling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / hair follicle development / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Signal attenuation / Interleukin receptor SHC signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Schwann cell development / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / RAC1 GTPase cycle / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / 髄鞘 / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / GTPase activator activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / molecular condensate scaffold activity / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Insulin receptor signalling cascade / guanyl-nucleotide exchange factor activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / response to ischemia / 軸索誘導 / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / B cell receptor signaling pathway / multicellular organism growth / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / SH3 domain binding / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / G alpha (12/13) signalling events / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / DAP12 signaling / insulin receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / Potential therapeutics for SARS / protein heterodimerization activity / neuronal cell body
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89793505929 Å
データ登録者Fischer, B. / Wohlkonig, A. / Steyaert, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ChILL & DisCO to discover Nanobodies that modulate protein-protein interactions and tune the SOS-Ras nucleotide exchange rate
著者: Fischer, B. / Wohlkonig, A. / Steyaert, J.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Son of sevenless homolog 1
N: Nanobody 77
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7947
ポリマ－73,3132
非ポリマー4805
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area27900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.533, 102.933, 108.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Son of sevenless homolog 1 / SOS-1


分子量: 59348.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07889
#2: 抗体 Nanobody 77 / ナノボディ


分子量: 13964.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate 1.5 M, Tris 0.1 M pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.897935059→29.59 Å / Num. obs: 137616 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 37.2334274158 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル解像度: 1.897935059→2.01 Å / Num. unique obs: 22066 / CC1/2: 0.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BKD

1bkd


解像度: 1.89793505929→29.5898955693 Å / SU ML: 0.246840708845 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34309844329 / 位相誤差: 23.0727182879
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.210625047888 6876 5.00043633825 %
Rwork0.181392926296 130632 -
obs0.182832527744 137508 99.8257687952 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.683619883 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89793505929→29.5898955693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4612 0 25 409 5046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00749731409484830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.796068940416547
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0507537985234709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00483796997781848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.97568838791864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89793505929-1.91950.3861512291072200.3444014420014183X-RAY DIFFRACTION95.530483836
1.9195-1.94210.3144048536692280.3065225964614342X-RAY DIFFRACTION100
1.9421-1.96580.3229567596772340.2880570473794369X-RAY DIFFRACTION99.9782797567
1.9658-1.99060.3236116979692290.2731159564814326X-RAY DIFFRACTION99.9341816586
1.9906-2.01680.2964514634262360.2696814293854450X-RAY DIFFRACTION99.8721227621
2.0168-2.04440.2990891361682300.2457510269534315X-RAY DIFFRACTION99.9780026397
2.0444-2.07360.238517675662290.2376406615154368X-RAY DIFFRACTION99.9347826087
2.0736-2.10460.2861064526382280.2292198943324347X-RAY DIFFRACTION99.9563032554
2.1046-2.13750.246615729262280.224571150384358X-RAY DIFFRACTION99.9128540305
2.1375-2.17250.2392568319942290.2210353552234372X-RAY DIFFRACTION99.9782703173
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2.2099-2.25010.2166757992632270.2018708745734329X-RAY DIFFRACTION99.9561211057
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2.2934-2.34020.2667622252792300.2082042757324341X-RAY DIFFRACTION100
2.3402-2.3910.2377269200782320.2018413852834376X-RAY DIFFRACTION100
2.391-2.44660.2384163376562290.1992601576724346X-RAY DIFFRACTION100
2.4466-2.50780.2268761743612290.1958325571264365X-RAY DIFFRACTION99.9782372144
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2.5756-2.65130.220197942532290.1845437509484376X-RAY DIFFRACTION100
2.6513-2.73680.217824904332280.1853282650824336X-RAY DIFFRACTION100
2.7368-2.83460.2065924733422330.1784738328394375X-RAY DIFFRACTION100
2.8346-2.94790.2353027174352250.1872539842514376X-RAY DIFFRACTION100
2.9479-3.0820.2177478930032270.1898210838344377X-RAY DIFFRACTION100
3.082-3.24430.2020276613752270.193712156354334X-RAY DIFFRACTION100
3.2443-3.44730.2082643776312240.1737527568264376X-RAY DIFFRACTION100
3.4473-3.7130.2052587207422280.168498494324328X-RAY DIFFRACTION100
3.713-4.08570.1673480324182280.1469461185834394X-RAY DIFFRACTION100
4.0857-4.6750.1523599670852350.1322038682464378X-RAY DIFFRACTION100
4.675-5.88240.1754731014132310.1641098742974338X-RAY DIFFRACTION100
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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