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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b42 | ||||||
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タイトル | Structure of heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel. | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Ion channel (イオンチャネル) / Volume-regulated anion channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / cellular response to osmotic stress / monoatomic anion transport ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / cellular response to osmotic stress / monoatomic anion transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / 精子形成 / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / 小胞体 / シグナル伝達 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sawicka, M. / Dutzler, R. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structure of a volume-regulated heteromeric LRRC8A/C channel. 著者: Sonja Rutz / Dawid Deneka / Antje Dittmann / Marta Sawicka / Raimund Dutzler / 要旨: Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions ...Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions determine permeation properties. Although structures of the obligatory LRRC8A, also referred to as SWELL1, have previously defined the architecture of VRACs, the organization of heteromeric channels has remained elusive. Here we have addressed this question by the structural characterization of murine LRRC8A/C channels. Like LRRC8A, these proteins assemble as hexamers. Despite 12 possible arrangements, we find a predominant organization with an A:C ratio of two. In this assembly, four LRRC8A subunits cluster in their preferred conformation observed in homomers, as pairs of closely interacting proteins that stabilize a closed state of the channel. In contrast, the two interacting LRRC8C subunits show a larger flexibility, underlining their role in the destabilization of the tightly packed A subunits, thereby enhancing the activation properties of the protein. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b42.cif.gz | 688.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b42.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8b42.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b42 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 95056.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8a, Lrrc8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80WG5 #2: タンパク質 | 分子量: 93472.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8c, Ad158, Fad158 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8R502 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 67 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119006 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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