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万見
- PDB-8b1d: DtpB-Nb132-APF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b1d
タイトルDtpB-Nb132-APF
要素
  • ALA-PRO-PHE
  • Dipeptide and tripeptide permease B
  • Nanobody 132
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MFS / Proton coupled Oligopeptide Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptide transmembrane transport / dipeptide transmembrane transport / tripeptide transmembrane transporter activity / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / protein transport / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Amino acid/peptide transporter family, dipeptide/tripeptide permease B / Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デカン / ドデカン / ヘキサン / オクタン / Dipeptide and tripeptide permease B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Killer, M. / Finocchio, G. / Lei, J. / Jungnickel, K. / Kotov, V. / Steinke, J. / Bartels, K. / Strauss, J. / Dupeux, F. / Humm, A.S. ...Killer, M. / Finocchio, G. / Lei, J. / Jungnickel, K. / Kotov, V. / Steinke, J. / Bartels, K. / Strauss, J. / Dupeux, F. / Humm, A.S. / Cornaciu, I. / Marquez, J. / Pardon, E. / Steyeart, J. / Loew, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Plasticity of the binding pocket in peptide transporters underpins promiscuous substrate recognition.
著者: Kotov, V. / Killer, M. / Jungnickel, K.E.J. / Lei, J. / Finocchio, G. / Steinke, J. / Bartels, K. / Strauss, J. / Dupeux, F. / Humm, A.S. / Cornaciu, I. / Marquez, J.A. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Low, C.
履歴
登録2022年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptide and tripeptide permease B
B: Nanobody 132
C: ALA-PRO-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,47118
ポリマ－67,7303
非ポリマー2,74215
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area24060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.759, 125.156, 169.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 抗体 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 4種, 4分子 ABC

#1: タンパク質 Dipeptide and tripeptide permease B


分子量: 53607.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dtpB, yhiP, b3496, JW3463 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36837
#2: 抗体 Nanobody 132


分子量: 13788.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド ALA-PRO-PHE


分子量: 333.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 8種, 140分子

#5: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.38 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 30-40 % PEG 400 100-300 mM NaCl, 200 mM Li2SO4 and 25 mM APF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.58 Å / Num. obs: 100170 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 57.56 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.91
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 5217 / CC1/2: 0.609

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6gs4

6gs4


解像度: 2.3→62.58 Å / SU ML: 0.3528 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.0142
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 5006 5 %
Rwork0.2299 95164 -
obs0.2313 100170 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4475 0 186 126 4787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31716425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742730
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.32771678
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.41671690.36363159X-RAY DIFFRACTION99.88
2.33-2.350.36171540.35363192X-RAY DIFFRACTION99.91
2.35-2.380.37841540.33633217X-RAY DIFFRACTION99.88
2.38-2.410.3151650.31463135X-RAY DIFFRACTION99.88
2.41-2.440.35161740.30033180X-RAY DIFFRACTION99.91
2.44-2.480.31091940.2933171X-RAY DIFFRACTION99.91
2.48-2.510.3181910.29133108X-RAY DIFFRACTION99.88
2.51-2.550.33541420.28363187X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.590.26861730.26673178X-RAY DIFFRACTION99.97
2.59-2.630.32451540.27713184X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.680.29551610.26443172X-RAY DIFFRACTION99.91
2.68-2.730.34561700.25633227X-RAY DIFFRACTION99.97
2.73-2.780.29641660.24723136X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.840.26441600.23443160X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.90.27961570.24013230X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.970.29391650.21483128X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.040.27831790.21463236X-RAY DIFFRACTION99.91
3.04-3.120.21921650.233089X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.210.27521730.2243216X-RAY DIFFRACTION99.97
3.21-3.320.29141640.23513139X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.440.26381870.24423183X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.570.28281910.23043136X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.740.22021250.21383193X-RAY DIFFRACTION100
3.74-3.930.27841750.20853184X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.180.23981700.21283175X-RAY DIFFRACTION99.94
4.18-4.50.23211470.21163193X-RAY DIFFRACTION99.94
4.5-4.950.2151450.18873203X-RAY DIFFRACTION100
4.95-5.670.21611700.21793153X-RAY DIFFRACTION99.91
5.67-7.140.24441880.23753153X-RAY DIFFRACTION99.97
7.14-62.580.24141780.23133147X-RAY DIFFRACTION99.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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