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万見
- PDB-8asi: Four subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8asi
タイトルFour subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides in native nanodiscs - consensus refinement in the b-b conformation
要素
  • Cytochrome b-c1 subunit IV
  • Cytochrome bシトクロムb
  • Cytochrome c1
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cyt bc1 complex III membrane protein electron transport quinone cytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / 生体膜 / metal ion binding ...respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / シトクロムb / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / シトクロムb / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / UBIQUINONE-10 / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / シトクロムb / Cytochrome c1 / Cytochrome b-c1 subunit IV
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Swainsbury, D.J.K. / Hawkings, F.R. / Martin, E.C. / Musial, S. / Salisbury, J.H. / Jackson, P.J. / Farmer, D.A. / Johnson, M.P. / Siebert, C.A. / Hitchcock, A. / Hunter, C.N.
資金援助European Union, 英国, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)854126European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000265/1 英国
Wellcome Trustnr29785 英国
Royal SocietyURF/R1/19154 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V006630/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the four-subunit cytochrome complex in styrene maleic acid nanodiscs.
著者: David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Elizabeth C Martin / Sabina Musiał / Jack H Salisbury / Philip J Jackson / David A Farmer / Matthew P Johnson / C Alistair Siebert / Andrew ...著者: David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Elizabeth C Martin / Sabina Musiał / Jack H Salisbury / Philip J Jackson / David A Farmer / Matthew P Johnson / C Alistair Siebert / Andrew Hitchcock / C Neil Hunter /
要旨: Cytochrome complexes are ubiquinol:cytochrome oxidoreductases, and as such, they are centrally important components of respiratory and photosynthetic electron transfer chains in many species of ...Cytochrome complexes are ubiquinol:cytochrome oxidoreductases, and as such, they are centrally important components of respiratory and photosynthetic electron transfer chains in many species of bacteria and in mitochondria. The minimal complex has three catalytic components, which are cytochrome , cytochrome , and the Rieske iron-sulfur subunit, but the function of mitochondrial cytochrome complexes is modified by up to eight supernumerary subunits. The cytochrome complex from the purple phototrophic bacterium   has a single supernumerary subunit called subunit IV, which is absent from current structures of the complex. In this work we use the styrene-maleic acid copolymer to purify the cytochrome complex in native lipid nanodiscs, which retains the labile subunit IV, annular lipids, and natively bound quinones. The catalytic activity of the four-subunit cytochrome complex is threefold higher than that of the complex lacking subunit IV. To understand the role of subunit IV, we determined the structure of the four-subunit complex at 2.9 Å using single particle cryogenic electron microscopy. The structure shows the position of the transmembrane domain of subunit IV, which lies across the transmembrane helices of the Rieske and cytochrome subunits. We observe a quinone at the Q quinone-binding site and show that occupancy of this site is linked to conformational changes in the Rieske head domain during catalysis. Twelve lipids were structurally resolved, making contacts with the Rieske and cytochrome subunits, with some spanning both of the two monomers that make up the dimeric complex.
履歴
登録2022年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
B: Cytochrome b
C: Cytochrome c1
D: Cytochrome b-c1 subunit IV
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
F: Cytochrome b
G: Cytochrome c1
H: Cytochrome b-c1 subunit IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,03229
ポリマ－230,1868
非ポリマー13,84621
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Particle dimensions and high-resolution map consistent with a dimeric complex, native gel electrophoresis, Native PAGE shows the predominant species is a heterodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area43380 Å2
ΔGint-517 kcal/mol
Surface area73610 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 19928.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / CCUG 31486 / LMG 2827 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
参照: UniProt: Q3IY09, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Cytochrome b / シトクロムb


分子量: 50087.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / CCUG 31486 / LMG 2827 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
参照: UniProt: Q3IY10
#3: タンパク質 Cytochrome c1 /


分子量: 30661.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / CCUG 31486 / LMG 2827 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
参照: UniProt: Q3IY11
#4: タンパク質 Cytochrome b-c1 subunit IV


分子量: 14415.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / CCUG 31486 / LMG 2827 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
参照: UniProt: Q3J2Z2

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非ポリマー , 5種, 21分子

#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE / Discrete optimized protein energy


分子量: 744.034 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#7: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Four subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides
タイプ: COMPLEX
詳細: Four subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides purified in SMA copolymer lipid nanodiscs
Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 株: 2.4.1
緩衝液pH: 8
詳細: Solutions were freshly prepared from concentrated stock solutions.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol1
2200 mMNaCl塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Monodisperse particles consisting of four-subunit cyt b-c1 solubilised in styrene maleic acid nanodiscs
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298 K
詳細: 15 ul of sample was applied to the grid, incubated for 30 s, blotted for 4 s then plunged in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.13 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15867
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO1.7.5粒子像選択Model trained on this dataset
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正Run within RELION 3.1
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
画像処理詳細: Images were motion corrected using Motiocorr 2 within RELION using 5 x 5 patches.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4060135
詳細: Particles were picked using crYOLO 1.7.5 using a model trained on this dataset
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 282636 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 74.72 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00415206
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.07620746
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.9095327
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0562147
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.012597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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