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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zv8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS Cov-2 main protease in complex with an inhibitor 58 | |||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / SARS Cov-2 (SARSコロナウイルス2) / 3CL / main protease (3C様プロテアーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / : / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.937 Å | |||||||||
データ登録者 | Rahimova, R. / Di Micco, S. / Marquez, J.A. | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Rational design of the zonulin inhibitor AT1001 derivatives as potential anti SARS-CoV-2. 著者: Di Micco, S. / Rahimova, R. / Sala, M. / Scala, M.C. / Vivenzio, G. / Musella, S. / Andrei, G. / Remans, K. / Mammri, L. / Snoeck, R. / Bifulco, G. / Di Matteo, F. / Vestuto, V. / Campiglia, ...著者: Di Micco, S. / Rahimova, R. / Sala, M. / Scala, M.C. / Vivenzio, G. / Musella, S. / Andrei, G. / Remans, K. / Mammri, L. / Snoeck, R. / Bifulco, G. / Di Matteo, F. / Vestuto, V. / Campiglia, P. / Marquez, J.A. / Fasano, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zv8.cif.gz | 244.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zv8.ent.gz | 194.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zv8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zv8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7zv5C 7zv7C 6wtmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33825.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, 3C様プロテアーゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 344.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12 %(w/v) PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96546 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.937→90.032 Å / Num. obs: 37441 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 28.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.937→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1854 / CC1/2: 0.826 / Rpim(I) all: 0.276 / Rrim(I) all: 0.441 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6wtm 解像度: 1.937→90.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164 詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso max: 75.32 Å2 / Biso mean: 29.38 Å2 / Biso min: 13.65 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.937→90.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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