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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zpb | ||||||
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タイトル | Structure of hemiacetylated human butyrylcholinesterase upon reaction with 8-(3-(4-(prop-2-yn-1-yl)piperazin-1-yl)propoxy)quinoline-2-carbaldehyde | ||||||
要素 | Cholinesteraseコリンエステラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Butyrylcholinesterase / Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / choline metabolic process / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / choline metabolic process / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / cholinesterase activity / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / hydrolase activity, acting on ester bonds / nuclear envelope lumen / Aspirin ADME / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / 学習 / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / 小胞体 / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Denic, M. / Chioua, M. / Knez, D. / Gobec, S. / Nachon, F. / Marco-Contelles, J.L. / Brazzolotto, X. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023 タイトル: 8-Hydroxyquinolylnitrones as multifunctional ligands for the therapy of neurodegenerative diseases. 著者: Knez, D. / Diez-Iriepa, D. / Chioua, M. / Gottinger, A. / Denic, M. / Chantegreil, F. / Nachon, F. / Brazzolotto, X. / Skrzypczak-Wiercioch, A. / Meden, A. / Pislar, A. / Kos, J. / Zakelj, S. ...著者: Knez, D. / Diez-Iriepa, D. / Chioua, M. / Gottinger, A. / Denic, M. / Chantegreil, F. / Nachon, F. / Brazzolotto, X. / Skrzypczak-Wiercioch, A. / Meden, A. / Pislar, A. / Kos, J. / Zakelj, S. / Stojan, J. / Salat, K. / Serrano, J. / Fernandez, A.P. / Sanchez-Garcia, A. / Martinez-Murillo, R. / Binda, C. / Lopez-Munoz, F. / Gobec, S. / Marco-Contelles, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zpb.cif.gz | 278.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zpb.ent.gz | 187.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zpb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE, CHE1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P06276, コリンエステラーゼ |
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-糖 , 4種, 7分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / | #7: 糖 | ChemComp-SIA / | |
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-非ポリマー , 6種, 123分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-JS0 / [ | #8: 化合物 | ChemComp-MES / | #9: 化合物 | ChemComp-PPI / | #10: 化合物 | ChemComp-SO4 / #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976253 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976253 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→109.1 Å / Num. obs: 34171 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 49.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07855 / Rpim(I) all: 0.02818 / Rrim(I) all: 0.0837 / Net I/σ(I): 15.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.393 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8594 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique obs: 3358 / CC1/2: 0.752 / Rpim(I) all: 0.3066 / Rrim(I) all: 0.9146 / % possible all: 99.94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6QAA 解像度: 2.31→109.07 Å / SU ML: 0.2492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.127 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→109.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.641344389 Å / Origin y: 32.0111963813 Å / Origin z: 39.07867261 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 4 through 529) |