[日本語] English
万見
- PDB-7zj7: X-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 4.8 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zj7
タイトルX-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 4.8
要素Hemagglutinin,Fibritin
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / virus envelope (エンベロープ (ウイルス)) / receptor binding (受容体) / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / virion component / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Tequatrovirus T4 (T4ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Garcia-Moro, E. / Rosenthal, P.B.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust219946/Z/19/Z 英国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Reversible structural changes in the influenza hemagglutinin precursor at membrane fusion pH.
著者: Eva Garcia-Moro / Jie Zhang / Lesley J Calder / Nick R Brown / Steven J Gamblin / John J Skehel / Peter B Rosenthal /
要旨: The subunits of the influenza hemagglutinin (HA) trimer are synthesized as single-chain precursors (HA0s) that are proteolytically cleaved into the disulfide-linked polypeptides HA1 and HA2. Cleavage ...The subunits of the influenza hemagglutinin (HA) trimer are synthesized as single-chain precursors (HA0s) that are proteolytically cleaved into the disulfide-linked polypeptides HA1 and HA2. Cleavage is required for activation of membrane fusion at low pH, which occurs at the beginning of infection following transfer of cell-surface-bound viruses into endosomes. Activation results in extensive changes in the conformation of cleaved HA. To establish the overall contribution of cleavage to the mechanism of HA-mediated membrane fusion, we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to directly image HA0 at neutral and low pH. We found extensive pH-induced structural changes, some of which were similar to those described for intermediates in the refolding of cleaved HA at low pH. They involve a partial extension of the long central coiled coil formed by melting of the preexisting secondary structure, threading it between the membrane-distal domains, and subsequent refolding as extended helices. The fusion peptide, covalently linked at its N terminus, adopts an amphipathic helical conformation over part of its length and is repositioned and packed against a complementary surface groove of conserved residues. Furthermore, and in contrast to cleaved HA, the changes in HA0 structure at low pH are reversible on reincubation at neutral pH. We discuss the implications of covalently restricted HA0 refolding for the cleaved HA conformational changes that mediate membrane fusion and for the action of antiviral drug candidates and cross-reactive anti-HA antibodies that can block influenza infectivity.
履歴
登録2022年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin,Fibritin
B: Hemagglutinin,Fibritin
C: Hemagglutinin,Fibritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,24918
ポリマ－186,0813
非ポリマー7,16815
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18610 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area78080 Å2

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin,Fibritin / Collar protein / Whisker antigen control protein


分子量: 62027.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a ...詳細: T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Aichi/2/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Tequatrovirus T4 (T4ファージ)
株: A/Aichi/2/1968 H3N2 / 遺伝子: HA, wac / 詳細 (発現宿主): C-terminal His8-tag / Cell (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03437, UniProt: P10104
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0) / タイプ: COMPLEX
詳細: Uncleaved precursor form of the X-31 influenza hemagglutinin with the T4 fibritin foldon attached to the C-terminus.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Influenza A virus (A/Aichi/2/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)387139
31Enterobacteria phage T4 (ファージ)10665
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
21Homo sapiens (ヒト)9606Expi293F
31Homo sapiens (ヒト)9606Expi293F
緩衝液pH: 4.8
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample protein tended to aggregate and bind to the carbon film. 0.1% b-octyl glucoside was added.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4s blot

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 41.15 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 33977
詳細: 15696 images on session 1, 18281 images on session 2.
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

-
解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.2/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.13CTF補正
5RELION3.1.1CTF補正
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10RELION3.1.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.1分類
13cryoSPARC3.1３次元再構成
14REFMAC5モデル精密化
画像処理詳細: Images were subject to whole-frame motion correction and dose weighting.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1235000 / 詳細: 646k from session 1, 589k from session 2.
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: CryoSPARC Non-uniform Refinement. / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 180 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 6Y5K

6y5k

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る