[日本語] English
万見
- PDB-7xrz: Crystal structure of BRIL and SRP2070_Fab complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xrz
タイトルCrystal structure of BRIL and SRP2070_Fab complex
要素
  • IGG HEAVY CHAIN
  • IGG LIGHT CHAIN
  • Soluble cytochrome b562
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / BRIL / antibody (抗体) / complex
機能・相同性Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / electron transfer activity / ペリプラズム / iron ion binding / heme binding / Soluble cytochrome b562
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Suzuki, M. / Miyagi, H. / Yasunaga, M. / Asada, H. / Iwata, S. / Saito, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insight into an anti-BRIL Fab as a G-protein-coupled receptor crystallization chaperone.
著者: Miyagi, H. / Suzuki, M. / Yasunaga, M. / Asada, H. / Iwata, S. / Saito, J.I.
履歴
登録2022年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: IGG LIGHT CHAIN
H: IGG HEAVY CHAIN
X: Soluble cytochrome b562
A: IGG LIGHT CHAIN
B: IGG HEAVY CHAIN
Y: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6986
ポリマ－118,6986
非ポリマー00
水11,980665
1
L: IGG LIGHT CHAIN
H: IGG HEAVY CHAIN
X: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3493
ポリマ－59,3493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
2
A: IGG LIGHT CHAIN
B: IGG HEAVY CHAIN
Y: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3493
ポリマ－59,3493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.828, 75.239, 152.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-365-

HOH

21A-346-

HOH

-
要素

#1: 抗体 IGG LIGHT CHAIN


分子量: 23681.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 IGG HEAVY CHAIN


分子量: 23896.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11771.204 Da / 分子数: 2 / Mutation: M29W,H124I,R128L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 6000, Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.64 Å / Num. obs: 57858 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 134803 / Scaling rejects: 35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.162.30.6451014344890.5680.490.8151.594.7
9.15-48.642.50.01917877050.9970.0150.02444.290

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.31 Å48.63 Å
Translation6.31 Å48.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M6T, 1F58

1m6t

1f58


解像度: 2.1→42.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2684 2917 5 %RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.2164 54939 94.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 162.47 Å2 / Biso mean: 53.416 Å2 / Biso min: 19.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0 Å20.33 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→42.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8291 0 0 665 8956
Biso mean---40.6 -
残基数----1074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0138611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0177645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.64611736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3821.57517917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.41351099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.96223.731402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.075151425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5391533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021725
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 194 -
Rwork0.339 4064 -
all-4258 -
obs--94.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.93752.78180.89861.97470.68172.5289-0.01020.15420.0928-0.13290.1578-0.0422-0.04140.0422-0.14770.04880.00240.03760.08650.01310.0402-47.276-25.826212.1
22.2096-2.4325-1.54193.90522.60523.7380.17330.18490.0194-0.2716-0.16910.17790.0197-0.1531-0.00430.0880.0050.00620.19320.00250.0629-21.113-35.407190.111
32.6788-0.5468-1.70211.31651.48143.3043-0.127-0.0415-0.30060.14970.0398-0.10380.4472-0.03740.08730.0962-0.05070.00390.10070.02050.1382-51.397-47.947213.976
44.53471.0372-0.47936.1599-0.28011.5739-0.2017-0.1429-0.0022-0.13180.1871-0.082-0.07060.18920.01470.03550.04490.00040.1804-0.0030.0019-15.354-43.765202.156
52.7375-0.03532.25742.51970.42836.84090.0568-0.12970.1078-0.2725-0.00210.3318-0.0785-0.7712-0.05470.0873-0.0956-0.02830.30890.07750.2346-75.252-39.338213.536
63.6565-1.61740.10912.5843-0.07161.5817-0.0622-0.07310.21180.21590.05050.1805-0.0787-0.13130.01160.0329-0.00440.03270.0874-0.01330.0614-18.588-15.732163.945
72.09040.9072-1.0774.8675-3.07973.5009-0.0469-0.46450.07750.30020.0251-0.0380.09860.02910.02190.12430.00840.03020.4006-0.07420.0344-44.458-27.144182.994
83.05010.4278-1.40251.9763-1.06672.8689-0.0608-0.0037-0.11140.03570.00250.00150.1533-0.12230.05840.01810.00350.00760.0630.00260.012-14.296-37.288158.852
93.7408-1.8002-0.65474.98350.96372.4611-0.1186-0.4070.10480.12560.08290.19150.0898-0.16970.03560.0563-0.07420.01290.2282-0.01570.0359-51.776-34.383170.989
102.452-0.4740.75242.8906-0.73656.1408-0.0256-0.33740.24830.43840.0147-0.3932-0.38730.24780.01080.09610.012-0.00750.2065-0.01230.27719.164-29.535164.401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2L109 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4H120 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5X2 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6A1 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7A109 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8B1 - 119
9X-RAY DIFFRACTION9B120 - 221
10X-RAY DIFFRACTION10Y2 - 105

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る