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- PDB-7xpl: Crystal structure of a C/D-free RNA-guided RNA 2'-O-methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xpl
タイトルCrystal structure of a C/D-free RNA-guided RNA 2'-O-methyltransferase
要素
  • (BMG3 RNA strand ...) x 2
  • C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
  • Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
  • RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / 2'-O-methylation / guide RNA / RNP / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D methylation guide snoRNP complex / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / small-subunit processome / methyltransferase activity / rRNA processing / メチル化 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / NOSIC ...: / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / リボ核酸 / RNA (> 10) / C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit / Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
Saccharolobus solfataricus 98/2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.213 Å
データ登録者Wang, J. / Ye, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91940302 中国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2022
タイトル: Methylation guide RNAs without box C/D motifs.
著者: Wang, J. / Yang, Z. / Ye, K.
履歴
登録2022年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
B: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
E: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
F: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
G: BMG3 RNA strand A
H: BMG3 RNA strand B
I: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*U)-3')
J: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,57610
ポリマ－166,8078
非ポリマー7692
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24750 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area55350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.088, 76.185, 98.201
Angle α, β, γ (deg.)92.860, 94.080, 112.910
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit / Pre mRNA splicing ribonucleoprotein / binding domain protein


分子量: 44168.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3MJI1
#2: タンパク質 Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase


分子量: 26455.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus 98/2 (古細菌)
株: 98/2 / 遺伝子: flpA, Ssol_1916 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D0KTQ8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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BMG3 RNA strand ... , 2種, 2分子 GH

#3: RNA鎖 BMG3 RNA strand A


分子量: 9252.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
#4: RNA鎖 BMG3 RNA strand B


分子量: 9338.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharolobus solfataricus (古細菌)

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RNA鎖 , 1種, 2分子 IJ

#5: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*U)-3')


分子量: 3484.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Substrate / 由来: (合成) Saccharolobus solfataricus (古細菌)

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非ポリマー , 2種, 255分子

#6: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2M sodium citrate tribasic dehydrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 (pH 8.3)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 87481 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 11.73
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.136 / Num. unique obs: 4361 / CC1/2: 0.561 / CC star: 0.848 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PLA

3pla


解像度: 2.213→41.705 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 2000 2.29 %
Rwork0.1889 85431 -
obs0.19 87431 97.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.44 Å2 / Biso mean: 50.7864 Å2 / Biso min: 29.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.213→41.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9690 1523 52 253 11518
Biso mean--43.16 48.32 -
残基数----1283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0116033
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5016936
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.213-2.26840.34711360.2882578192
2.2684-2.32970.30941420.2671607797
2.3297-2.39820.31741430.2502614297
2.3982-2.47560.28391430.2444608897
2.4756-2.56410.2651450.234616198
2.5641-2.66670.32381440.2289617598
2.6667-2.78810.27121440.2191613398
2.7881-2.9350.26251450.2175620598
2.935-3.11890.25621420.2158611398
3.1189-3.35960.26711450.2026613598
3.3596-3.69750.21481430.1795611598
3.6975-4.23210.20721430.1625613897
4.2321-5.33020.18661400.1498600396
5.3302-41.7050.20641450.1584616598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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