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- PDB-7xp1: Crystal structure of PmiR from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xp1
タイトルCrystal structure of PmiR from Pseudomonas aeruginosa
要素Probable transcriptional regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / PmiR / 2-methylcitrate cycle / bacterial virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ALPHA-METHYLISOCITRIC ACID / Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, Y.X. / Liang, H.H. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: PmiR senses 2-methylisocitrate levels to regulate bacterial virulence in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Cui, G. / Zhang, Y. / Xu, X. / Liu, Y. / Li, Z. / Wu, M. / Liu, J. / Gan, J. / Liang, H.
履歴
登録2022年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6797
ポリマ－25,0271
非ポリマー6526
水1086
1
A: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,35914
ポリマ－50,0552
非ポリマー1,30412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area18180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.021, 74.021, 186.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable transcriptional regulator / PmiR


分子量: 25027.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA0797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5E1

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非ポリマー , 5種, 12分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MIC / ALPHA-METHYLISOCITRIC ACID / (2R,3S)-2-メチルイソくえん酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: block
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: MES/Sodium hydroxide, Magnesium sulfate / PH範囲: 5.6-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 9006 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 30.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 159703
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.598.10.3936460.9250.1270.4160.89271.6
2.59-2.699.80.4178420.8440.1280.4380.84692.5
2.69-2.8213.30.3979130.9430.1090.4120.83299.2
2.82-2.9615.40.299120.9860.0740.30.902100
2.96-3.1515.80.1979210.9970.0490.2030.967100
3.15-3.3919.50.1599230.9990.0360.1631.045100
3.39-3.7321.60.0789310.9990.0170.081.10799.9
3.73-4.2722.30.0519360.9990.0110.0521.13399.9
4.27-5.3824.80.03895310.0080.039199.9
5.38-3022.30.03102910.0070.0310.78899.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XP0

7xp0


解像度: 2.5→29.22 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 26.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 360 4.65 %
Rwork0.2117 7387 -
obs0.2143 7747 82.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.71 Å2 / Biso mean: 47.4535 Å2 / Biso min: 10.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 35 6 1633
Biso mean--66.49 25.6 -
残基数----198
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.860.2972720.26431395146748
2.86-3.610.31821500.23912899304999
3.61-29.220.23141380.186230933231100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.5557 Å / Origin y: 10.8511 Å / Origin z: -23.2557 Å
111213212223313233
T0.1263 Å2-0.0627 Å20.0918 Å2-0.2793 Å20.1396 Å2--0.2588 Å2
L2.3228 °20.2164 °20.3664 °2-1.038 °20.2091 °2--3.1907 °2
S-0.1272 Å °0.5349 Å °0.5054 Å °-0.1453 Å °-0.0602 Å °0.1651 Å °-0.5992 Å °0.4355 Å °-0.1855 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA16 - 226
2X-RAY DIFFRACTION1allC1
3X-RAY DIFFRACTION1allD1
4X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 3
5X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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