PDB-7xe3: Crystal structure of LSD2 in complex with cis-4-Br-2,5-F2-PCPA (S1024)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xe3

タイトル

Crystal structure of LSD2 in complex with cis-4-Br-2,5-F2-PCPA (S1024)

要素

Lysine-specific histone demethylase 1B

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

DEMETHYLASE /

AMINE OXIDASE /

CHROMATIN (クロマチン) /

HISTONE (ヒストン) / FAD /

MECHANISM-BASED INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

epigenetic programing of female pronucleus / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity /

ゲノム刷り込み / histone demethylase activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / FAD binding / HDMs demethylate histones / UCH proteinases ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Niwa, H. / Sato, S. / Umehara, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Structure-Activity Relationship and In Silico Evaluation of cis- and trans-PCPA-Derived Inhibitors of LSD1 and LSD2
著者: Niwa, H. / Watanabe, C. / Sato, S. / Harada, T. / Watanabe, H. / Tabusa, R. / Fukasawa, S. / Shiobara, A. / Hashimoto, T. / Ohno, O. / Nakamura, K. / Tsuganezawa, K. / Tanaka, A. / Shirouzu, ...

履歴

登録	2022年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xe3.cif.gz	612.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xe3.ent.gz	504.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xe3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xe3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xe3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7w3lC 7xe1C 7xe2C 4fweS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific histone demethylase 1B

B: Lysine-specific histone demethylase 1B

ヘテロ分子

181 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine-specific histone demethylase 1B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
90.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysine-specific histone demethylase 1B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
90.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.372, 171.226, 201.918
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lysine-specific histone demethylase 1B / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 1 / Lysine-specific histone demethylase 2 分子量: 89014.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1B, AOF1, C6orf193, LSD2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8NB78, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase

#1: タンパク質

Lysine-specific histone demethylase 1B / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 1 / Lysine-specific histone demethylase 2

分子量: 89014.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1B, AOF1, C6orf193, LSD2
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NB78, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase

-
非ポリマー , 7種, 226分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-8A2 / 3-[4-bromanyl-2,5-bis(fluoranyl)phenyl]propanal 分子量: 249.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇BrF₂O
#5: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 330mM Ammonium citrate, 26% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.82→48.27 Å / Num. obs: 60041 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 59.05 Å² / R_sym value: 0.138 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.82→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 1.224

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158+SVN	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FWE

4fwe

解像度: 2.82→48.27 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 23.855
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	3004	5.03 %
R_work	0.177	-	-
obs	0.179	60026	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.82→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11758	0	172	212	12142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12223
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.849	16577
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.861	4552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1782
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.82-2.85	0.3929	210	0.3258	3645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.89	0.3648	191	0.3225	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.92	0.3479	219	0.2918	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.96	0.3394	184	0.2916	3676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3	0.3324	215	0.2894	3651	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.04	0.272	226	0.2799	3636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.08	0.3149	159	0.2593	3710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.13	0.3368	175	0.2464	3664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.18	0.2947	192	0.2391	3659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.23	0.2676	201	0.2292	3664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.28	0.2512	192	0.2241	3667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.34	0.2444	188	0.2311	3693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.41	0.3212	199	0.2281	3614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.48	0.2776	212	0.1982	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.55	0.2182	163	0.1902	3676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.64	0.2065	216	0.1703	3648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.73	0.1858	209	0.1643	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.83	0.2166	214	0.1534	3655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-3.94	0.1906	214	0.1531	3677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.07	0.1919	150	0.1499	3731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.21	0.1813	200	0.1399	3610	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.38	0.188	171	0.1321	3678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.58	0.1623	200	0.1306	3675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-4.82	0.1899	178	0.1296	3662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-5.12	0.1734	204	0.1312	3637	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-5.52	0.1908	198	0.1452	3672	X-RAY DIFFRACTION	100
5.52-6.07	0.2167	167	0.1534	3690	X-RAY DIFFRACTION	100
6.07-6.95	0.1822	184	0.1721	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
6.95-8.74	0.1702	209	0.1539	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
8.75-48.27	0.2258	172	0.1661	3681	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3665	-0.0236	0.2292	3.9597	0.2583	3.8594	-0.039	0.167	0.0309	0.0637	-0.0071	0.8837	0.1506	-0.5373	0.0613	0.3983	-0.072	0.0125	0.414	0.0993	0.6302	13.9967	49.6038	36.7679
2	4.4031	4.0452	0.7027	5.0762	1.453	0.6938	-0.0293	-0.0599	-0.3863	0.2414	0.1048	-0.2425	0.0752	-0.0139	-0.0725	0.4497	0.0492	0.0193	0.2984	0.0738	0.414	34.3139	67.4332	39.9381
3	1.9749	0.2313	-0.0628	3.2394	-0.0044	1.1316	-0.0053	0.2218	-0.2157	-0.2867	0.1244	-0.7186	0.0359	0.1502	-0.0917	0.3181	-0.0081	0.0796	0.3698	-0.087	0.3868	51.3206	94.0217	34.5731
4	3.2457	0.2662	-1.0341	2.5901	-0.5606	4.8882	0.1947	0.5639	0.297	-0.4117	0.112	0.549	-0.4075	-1.5212	-0.2931	0.8309	0.0771	-0.1133	0.9332	0.1704	0.4633	24.7512	53.8342	0.6975
5	5.1674	-2.7484	1.8644	5.8281	-1.3576	5.1789	0.053	0.0883	-0.2662	-0.3968	0.03	0.0505	0.3413	0.0466	-0.0829	0.5155	-0.1037	-0.0099	0.4022	-0.004	0.2534	40.9904	43.2072	16.0847
6	2.8244	-0.0043	0.0435	1.705	-0.6182	2.1026	-0.0047	-0.0259	-0.3912	-0.0902	-0.1123	-0.3589	0.1106	0.3037	0.1139	0.3043	0.0306	-0.0112	0.3966	-0.0103	0.6195	61.8952	30.1136	38.9775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 46 THROUGH 233 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 234 THROUGH 404 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 405 THROUGH 822 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 49 THROUGH 214 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 215 THROUGH 377 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 378 THROUGH 822 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 226分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 7種, 226分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 226分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)