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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x3p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human SIRT5 in complex with diazirine inhibitor 9 | ||||||
要素 | NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / hydrolase (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein deacetylation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / mitochondrion organization / response to nutrient levels / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / ミトコンドリア / transferase activity / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Li, G.-B. / Deng, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of human SIRT5 in complex with diazirine inhibitor 9 著者: Li, G.-B. / Deng, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x3p.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x3p.ent.gz | 56.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x3p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x3p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6eqsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30183.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT5, SIR2L5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NXA8, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-8VG / |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 23%-27% (v/v) PEG 3350, 0.1 M MES, pH 5.5-6.0, 0.1-0.2 M NaCl PH範囲: 5.5-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 198 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97919 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→55.55 Å / Num. obs: 41469 / % possible obs: 96.7052 % / 冗長度: 1.498 % / Biso Wilson estimate: 11.57 Å2 / Rrim(I) all: 0.676 / Net I/σ(I): 0.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.656 Å / Rrim(I) all: 0.676 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6EQS 解像度: 1.56→27.775 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 15.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.69 Å2 / Biso mean: 15.2122 Å2 / Biso min: 4.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.56→27.775 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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