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- PDB-7wgd: X-ray structure of thermostabilized Drosophila dopamine transport... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wgd
タイトルX-ray structure of thermostabilized Drosophila dopamine transporter with GABA transporter1-like substitutions in the binding site, in substrate-free form.
要素
  • (Antibody fragment (9D5) ...) x 2
  • Sodium-dependent dopamine transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / neurotransmitter transporter (神経伝達物質輸送体) / antibody fragment / GABA transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / response to odorant / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / cocaine binding / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / 睡眠 ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / response to odorant / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / cocaine binding / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / 睡眠 / dopamine uptake involved in synaptic transmission / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / neuron projection / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Sodium-dependent dopamine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Joseph, D. / Penmatsa, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/15/2/502063 インド
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into GABA transport inhibition using an engineered neurotransmitter transporter.
著者: Joseph, D. / Nayak, S.R. / Penmatsa, A.
履歴
登録2021年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium-dependent dopamine transporter
L: Antibody fragment (9D5) Light Chain
H: Antibody fragment (9D5) heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0258
ポリマ－107,0713
非ポリマー9555
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer complexed with antibody fragment
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.388, 140.709, 168.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sodium-dependent dopamine transporter / Protein fumin


分子量: 60144.594 Da / 分子数: 1
変異: (thermostabilizing)V74A, V275A, V311A, L415A, G538L; (GAT1 like) F43Y, D46G, V120L, D121N, S422Q, G425T, S426V, A117S, F325L, V327S, E384S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DAT, fmn, CG8380 / プラスミド: pEG Bacmam / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7K4Y6

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 Antibody fragment (9D5) Light Chain


分子量: 23306.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pFastbac dual / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 Antibody fragment (9D5) heavy chain


分子量: 23619.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pFastbac dual / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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非ポリマー , 5種, 24分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 % / 解説: long rods
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1M MOPS pH 7.2, 36% PEG 600 / PH範囲: 7.0-7.5 / Temp details: cold room crystallization (4-6C)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo stream at 100K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.43 Å / Num. obs: 38565 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 95.67 Å2 / CC1/2: 0.914 / Rmerge(I) obs: 0.717 / Rpim(I) all: 0.219 / Rrim(I) all: 0.753 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 497543 / Scaling rejects: 14930
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.2-3.3413.65.5476271445990.4281.5475.7631.298.8
11.07-48.4312.10.0531248610350.9990.0160.05633.198.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.20rc4-4425精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XNU

4xnu


解像度: 3.2→48.43 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 1910 4.99 %
Rwork0.2436 36376 -
obs0.2456 38286 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.35 Å2 / Biso mean: 85.9383 Å2 / Biso min: 51.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→48.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7481 0 66 19 7566
Biso mean--93.44 77.43 -
残基数----969
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.280.33031270.33072550267798
3.28-3.360.34791160.313125942710100
3.36-3.460.29381310.289225822713100
3.46-3.570.34921490.290525652714100
3.57-3.70.31061440.26425652709100
3.7-3.850.26041290.240225942723100
3.85-4.030.27861380.22925772715100
4.03-4.240.26811350.22462552268799
4.24-4.50.26851460.22062544269098
4.5-4.850.2481270.20962583271098
4.85-5.340.29081390.21952602274199
5.34-6.110.25761490.23626082757100
6.11-7.690.2651330.245126742807100
7.69-48.430.32051470.2552786293399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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