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万見
- PDB-7vtg: Pseudouridine bound structure of Pseudouridine kinase (PUKI) S30A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vtg
タイトルPseudouridine bound structure of Pseudouridine kinase (PUKI) S30A mutant from Escherichia coli strain B
要素Pseudouridine kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / pseudouridine kinase / pseudourdine / pfkb family
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudouridine kinase activity / pseudouridine kinase / リン酸化
類似検索 - 分子機能
pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FJF / Pseudouridine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89859128388 Å
データ登録者Kim, S.H. / Rhee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A2C2092118 韓国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Substrate-binding loop interactions with pseudouridine trigger conformational changes that promote catalytic efficiency of pseudouridine kinase PUKI.
著者: Kim, S.H. / Kim, M. / Park, D. / Byun, S. / Rhee, S.
履歴
登録2021年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudouridine kinase
B: Pseudouridine kinase
C: Pseudouridine kinase
D: Pseudouridine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,0378
ポリマ－135,0604
非ポリマー9774
水7,873437
1
A: Pseudouridine kinase
B: Pseudouridine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0194
ポリマ－67,5302
非ポリマー4882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
2
C: Pseudouridine kinase
D: Pseudouridine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0194
ポリマ－67,5302
非ポリマー4882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area24130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.092, 185.092, 51.747
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Space group name HallP3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLUGLUchain 'A'AA4 - 234 - 23
12ALAALALEULEUchain 'A'AA30 - 10130 - 101
13GLUGLUGLUGLUchain 'A'AA106 - 307106 - 307
21LYSLYSGLUGLUchain 'B'BB4 - 234 - 23
22ALAALALEULEUchain 'B'BB30 - 10130 - 101
23GLUGLUGLUGLUchain 'B'BB106 - 307106 - 307
31LYSLYSGLUGLUchain 'C'CC4 - 234 - 23
32ALAALALEULEUchain 'C'CC30 - 10130 - 101
33GLUGLUGLUGLUchain 'C'CC106 - 307106 - 307
41LYSLYSGLUGLUchain 'D'DD4 - 234 - 23
42ALAALALEULEUchain 'D'DD30 - 10130 - 101
43GLUGLUGLUGLUchain 'D'DD106 - 307106 - 307

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要素

#1: タンパク質
Pseudouridine kinase / / Putative pyrimidine kinase


分子量: 33765.094 Da / 分子数: 4 / 変異: S30A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: psuK, psuK_1, psuK_2, A8C65_16945, BMT91_00230, BON75_04205, BvCmsHHP019_05067, BvCmsSINP011_02211, D9H68_16155, D9J11_19520, E2127_01880, E2128_04080, E2134_03530, FORC82_1677, G9P50_ ...遺伝子: psuK, psuK_1, psuK_2, A8C65_16945, BMT91_00230, BON75_04205, BvCmsHHP019_05067, BvCmsSINP011_02211, D9H68_16155, D9J11_19520, E2127_01880, E2128_04080, E2134_03530, FORC82_1677, G9P50_07470, GQE64_02140, GQM28_02110, HVV70_14180, HVX33_21995, HVZ33_08660, NCTC11022_02147, NCTC13216_04879, NCTC9706_04998, SAMEA3752557_00486, WP4S18E08_16210
発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V3W5E1, pseudouridine kinase
#2: 化合物
ChemComp-FJF / 5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione / プソイドウリジン / シュードウリジン


分子量: 244.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium formate, 20%PEG 3350, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 155963 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 35.7442822235 Å2 / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 15713 / CC1/2: 0.427

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KZH

3kzh


解像度: 1.89859128388→33.7215555409 Å / SU ML: 0.350614009002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96083529693 / 位相誤差: 33.4736656216
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262219336397 2019 1.29627489503 %
Rwork0.219117325471 153735 -
obs0.219675766695 155754 99.444529574 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.4718698192 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89859128388→33.7215555409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9061 0 0 437 9498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01778413275659221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6616699318212541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08912976180151450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008661675114841618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.60672769173227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8986-1.94610.4428116404991460.37363544786510969X-RAY DIFFRACTION98.9407156845
1.9461-1.99870.4322292584471520.36546789624511044X-RAY DIFFRACTION99.8038866108
1.9987-2.05750.3874835394291390.34352232761811004X-RAY DIFFRACTION100
2.0575-2.12390.3711633073051500.32146418736311032X-RAY DIFFRACTION100
2.1239-2.19980.3637973959741400.29457884479410971X-RAY DIFFRACTION100
2.1998-2.28780.3098011036921440.27876012728311078X-RAY DIFFRACTION99.9554645052
2.2878-2.39190.301066468681440.26776790384211019X-RAY DIFFRACTION99.991042637
2.3919-2.5180.2513923561461420.24733971490411065X-RAY DIFFRACTION100
2.518-2.67570.2883906579821440.26056903135611041X-RAY DIFFRACTION99.8393287512
2.6757-2.88220.3714500354521480.25469639511711015X-RAY DIFFRACTION99.7052518757
2.8822-3.1720.4288661780251390.24550790962310996X-RAY DIFFRACTION99.7313031796
3.172-3.63060.303037767221460.20340051429911010X-RAY DIFFRACTION99.8567848192
3.6306-4.57230.1618398271761460.16140119448111014X-RAY DIFFRACTION99.6339612535
4.5723-33.7215550.1695980540991390.15794671250510477X-RAY DIFFRACTION94.7941780516
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 124.401001545 Å / Origin y: 104.985783146 Å / Origin z: 13.0000361752 Å
111213212223313233
T0.341016072668 Å2-0.0375899388256 Å2-0.0558057819177 Å2-0.392432529461 Å2-0.0338893047626 Å2--0.782515326618 Å2
L0.186682436917 °20.273898979954 °2-0.0255836711045 °2--0.0873086520914 °2-0.0184573331563 °2---0.0667330249574 °2
S0.0108760652476 Å °-0.0332092993921 Å °0.212889436518 Å °-0.0219198239923 Å °0.0362494295433 Å °0.118292882805 Å °-0.0934626025031 Å °-0.052286998872 Å °-0.0406847544981 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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