+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vr6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of MlaC from Escherichia coli in quasi-open state | ||||||
要素 | Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter / Periplasmic protein (ペリプラズム) / Membrane lipid asymmetry / Segmented domain movement / Mla transport system | ||||||
機能・相同性 | Tgt2/MlaC superfamily / Toluene tolerance Ttg2/phospholipid-binding protein MlaC / MlaC protein / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid transport / outer membrane-bounded periplasmic space / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Dutta, A. / Kanaujia, S.P. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022 タイトル: MlaC belongs to a unique class of non-canonical substrate-binding proteins and follows a novel phospholipid-binding mechanism. 著者: Dutta, A. / Prasad Kanaujia, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vr6.cif.gz | 90 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7vr6.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vr6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 5uwaS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22717.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: mlaC / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADV7 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-PEF / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.7 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年3月28日 / 詳細: VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→57.47 Å / Num. obs: 7857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 35454 / Scaling rejects: 26 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.5 %
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5UWA 解像度: 2.5→57.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 16.892 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.04 Å2 / Biso mean: 31.629 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→57.47 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.501→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 6.431 Å / Origin y: 19.088 Å / Origin z: 4.362 Å
|