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万見
- PDB-7v5h: VcOrn native structure with N terminal tag -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v5h
タイトルVcOrn native structure with N terminal tag
要素OligoribonucleaseOligonucleotidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / VcOrn / Active pocket / N terminal tag.
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / DNA metabolic process / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Oligoribonuclease / エキソヌクレアーゼ / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhang, J. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of oligoribonuclease from Vibrio cholerae O1 El Tor with bound peptide.
著者: Zhang, J. / Sun, L. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2021年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligoribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7121
ポリマ－22,7121
非ポリマー00
水2,666148
1
A: Oligoribonuclease

A: Oligoribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4232
ポリマ－45,4232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area4680 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.522, 84.522, 55.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Oligoribonuclease / Oligonucleotidase


分子量: 22711.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
遺伝子: orn, VC_0341 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9KV17, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 2.0M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 25735 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 23.04 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Num. unique obs: 1259 / Rpim(I) all: 0.395 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6N6A

6n6a


解像度: 1.7→27.67 Å / SU ML: 0.1525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 20.3454
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 1917 7.71 %
Rwork0.1732 22946 -
obs0.1748 24863 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1524 0 0 148 1672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96712105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1826201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.29731230.22541508X-RAY DIFFRACTION89.52
1.74-1.790.22131290.19941529X-RAY DIFFRACTION91.4
1.79-1.840.23371270.20531551X-RAY DIFFRACTION91.95
1.84-1.90.23751280.1971555X-RAY DIFFRACTION93.6
1.9-1.970.22881340.1851611X-RAY DIFFRACTION95.72
1.97-2.050.20491400.17071628X-RAY DIFFRACTION97.57
2.05-2.140.18861300.16541651X-RAY DIFFRACTION98.29
2.14-2.250.19421440.1631666X-RAY DIFFRACTION98.53
2.25-2.390.19021410.17391655X-RAY DIFFRACTION98.63
2.39-2.580.20231410.17631678X-RAY DIFFRACTION98.91
2.58-2.840.22051390.19581688X-RAY DIFFRACTION99.46
2.84-3.250.1891450.16971720X-RAY DIFFRACTION99.89
3.25-4.090.16921460.16251710X-RAY DIFFRACTION100
4.09-27.670.17681500.16471796X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.3275569127 Å / Origin y: 35.3102681131 Å / Origin z: 8.50648304712 Å
111213212223313233
T0.140033589068 Å2-0.0210632476841 Å2-0.00897136378163 Å2-0.177413873276 Å20.00230860218918 Å2--0.159429222635 Å2
L0.965813045788 °2-0.063737947679 °20.0161922732766 °2-1.1433496665 °20.00163995294456 °2--1.48908405056 °2
S-0.0403472992183 Å °-0.0677815467609 Å °-0.0670391256364 Å °-0.0137690551093 Å °0.0210329010324 Å °-0.0605391913528 Å °0.0581966011081 Å °0.0129910274414 Å °0.02452284342 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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