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- PDB-7u8p: Structure of porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u8p
タイトルStructure of porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 1
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 12
  • ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2
  • ATPase H+ transporting accessory protein 1
  • Bacterial effector protein SidKBacterial effector protein
  • Ribonuclease kappa
  • Vacuolar proton pump subunit B
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / proton translocation / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ROS and RNS production in phagocytes / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / transporter activator activity / RHOA GTPase cycle / Insulin receptor recycling / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification ...ROS and RNS production in phagocytes / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / transporter activator activity / RHOA GTPase cycle / Insulin receptor recycling / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / cell projection organization / transmembrane transporter complex / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / osteoclast development / vacuolar membrane / ATPase activator activity / autophagosome membrane / 微絨毛 / ATP metabolic process / ATP合成酵素 / RNA endonuclease activity / 小胞 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / 繊毛 / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / メラノソーム / presynapse / signaling receptor activity / ATPase binding / intracellular iron ion homeostasis / リソソーム / endosome membrane / エンドソーム / apical plasma membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / V-type proton ATPase subunit D / Renin receptor / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit a / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit G / V-type proton ATPase proteolipid subunit ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / V-type proton ATPase subunit D / Renin receptor / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit a / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit G / V-type proton ATPase proteolipid subunit / Vacuolar proton pump subunit B / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit F / ATPase H+ transporting accessory protein 1 / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase catalytic subunit A / Type IV secretion protein Dot / V-type proton ATPase subunit H
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Tan, Y.Z. / Keon, K.A.
資金援助 カナダ, シンガポール, 4件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT166152 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-143202 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-143301 カナダ
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: CryoEM of endogenous mammalian V-ATPase interacting with the TLDc protein mEAK-7.
著者: Yong Zi Tan / Yazan M Abbas / Jing Ze Wu / Di Wu / Kristine A Keon / Geoffrey G Hesketh / Stephanie A Bueler / Anne-Claude Gingras / Carol V Robinson / Sergio Grinstein / John L Rubinstein /
要旨: V-ATPases are rotary proton pumps that serve as signaling hubs with numerous protein binding partners. CryoEM with exhaustive focused classification allowed detection of endogenous proteins ...V-ATPases are rotary proton pumps that serve as signaling hubs with numerous protein binding partners. CryoEM with exhaustive focused classification allowed detection of endogenous proteins associated with porcine kidney V-ATPase. An extra C subunit was found in ∼3% of complexes, whereas ∼1.6% of complexes bound mEAK-7, a protein with proposed roles in dauer formation in nematodes and mTOR signaling in mammals. High-resolution cryoEM of porcine kidney V-ATPase with recombinant mEAK-7 showed that mEAK-7's TLDc domain interacts with V-ATPase's stator, whereas its C-terminal α helix binds V-ATPase's rotor. This crosslink would be expected to inhibit rotary catalysis. However, unlike the yeast TLDc protein Oxr1p, exogenous mEAK-7 does not inhibit V-ATPase and mEAK-7 overexpression in cells does not alter lysosomal or phagosomal pH. Instead, cryoEM suggests that the mEAK-7:V-ATPase interaction is disrupted by ATP-induced rotation of the rotor. Comparison of Oxr1p and mEAK-7 binding explains this difference. These results show that V-ATPase binding by TLDc domain proteins can lead to effects ranging from strong inhibition to formation of labile interactions that are sensitive to the enzyme's activity.
履歴
登録2022年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type proton ATPase catalytic subunit A
B: V-type proton ATPase catalytic subunit A
C: V-type proton ATPase catalytic subunit A
D: Vacuolar proton pump subunit B
E: Vacuolar proton pump subunit B
F: Vacuolar proton pump subunit B
G: V-type proton ATPase subunit C
H: V-type proton ATPase subunit D
I: V-type proton ATPase subunit E 1
J: V-type proton ATPase subunit E 1
K: V-type proton ATPase subunit E 1
L: V-type proton ATPase subunit F
M: V-type proton ATPase subunit G
N: V-type proton ATPase subunit G
O: V-type proton ATPase subunit G
Q: Bacterial effector protein SidK
R: Bacterial effector protein SidK
S: Bacterial effector protein SidK
T: V-type proton ATPase subunit H
a: V-type proton ATPase subunit a
b: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1
c: ATPase H+ transporting accessory protein 1
d: V-type proton ATPase subunit
e: V-type proton ATPase subunit
f: Ribonuclease kappa
g: V-type proton ATPase proteolipid subunit
h: V-type proton ATPase proteolipid subunit
i: V-type proton ATPase proteolipid subunit
j: V-type proton ATPase proteolipid subunit
k: V-type proton ATPase proteolipid subunit
l: V-type proton ATPase proteolipid subunit
m: V-type proton ATPase proteolipid subunit
n: V-type proton ATPase proteolipid subunit
o: V-type proton ATPase proteolipid subunit
p: ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,164,26736
ポリマ－1,163,84035
非ポリマー4271
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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V-type proton ATPase ... , 12種, 26分子 ABCGHIJKLMNOTabdeghijklmno

#1: タンパク質 V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit alpha


分子量: 68393.844 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q29048, ATP合成酵素
#3: タンパク質 V-type proton ATPase subunit C


分子量: 44066.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S0R4
#4: タンパク質 V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit d / Vacuolar proton pump subunit D


分子量: 28301.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJL5
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase subunit E 1 isoform a


分子量: 26162.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K9J4U3
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F


分子量: 13403.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SMN6
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G


分子量: 13748.474 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UZN2
#9: タンパク質 V-type proton ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / V-ATPase 50/57 kDa subunits / Vacuolar proton pump subunit H / Vacuolar proton ...V-ATPase subunit H / V-ATPase 50/57 kDa subunits / Vacuolar proton pump subunit H / Vacuolar proton pump subunit SFD


分子量: 55917.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q9TVC1
#10: タンパク質 V-type proton ATPase subunit a


分子量: 96365.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1U3K4
#11: タンパク質 V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1


分子量: 21530.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480L444
#13: タンパク質 V-type proton ATPase subunit


分子量: 40369.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UJS8
#14: タンパク質 V-type proton ATPase subunit


分子量: 9343.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1U843
#16: タンパク質
V-type proton ATPase proteolipid subunit


分子量: 15639.677 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VUN6

-
タンパク質 , 5種, 9分子 DEFQRScfp

#2: タンパク質 Vacuolar proton pump subunit B / V-ATPase subunit B / Vacuolar proton pump subunit B


分子量: 57162.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1W9K3
#8: タンパク質 Bacterial effector protein SidK / Bacterial effector protein


分子量: 38539.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZWW6
#12: タンパク質 ATPase H+ transporting accessory protein 1 / V-type proton ATPase subunit S1


分子量: 51547.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K9IWA3
#15: タンパク質 Ribonuclease kappa


分子量: 11016.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480L8C4
#17: タンパク質 ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / Renin receptor / Renin/prorenin receptor


分子量: 39200.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AJK1

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非ポリマー , 1種, 1分子

#18: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3911.445 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24327 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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