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- EMDB-26388: Structure of porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26388
タイトルStructure of porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 3
マップデータMap used for model building.
試料
  • 複合体: Porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 3
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 1種
キーワードproton translocation / complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ROS and RNS production in phagocytes / RHOA GTPase cycle / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / Insulin receptor recycling / symbiont-mediated suppression of host phagosome acidification / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / eye pigmentation / central nervous system maturation ...ROS and RNS production in phagocytes / RHOA GTPase cycle / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / Insulin receptor recycling / symbiont-mediated suppression of host phagosome acidification / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / eye pigmentation / central nervous system maturation / rostrocaudal neural tube patterning / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / synaptic vesicle lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / cellular response to increased oxygen levels / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar transport / endosome to plasma membrane protein transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / clathrin-coated vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / dendritic spine membrane / vacuolar membrane / microvillus / ATPase activator activity / regulation of MAPK cascade / autophagosome membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / positive regulation of Wnt signaling pathway / transporter activator activity / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / transport vesicle / angiotensin maturation / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / small GTPase binding / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / melanosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / presynapse / signaling receptor activity / ATPase binding / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / apical plasma membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit A / : / V-type proton ATPase subunit f-like / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Ribonuclease kappa / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit D / Renin receptor / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit a / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit G / V-type proton ATPase proteolipid subunit / Vacuolar proton pump subunit B ...V-type proton ATPase subunit D / Renin receptor / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit a / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit G / V-type proton ATPase proteolipid subunit / Vacuolar proton pump subunit B / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit F / ATPase H+ transporting accessory protein 1 / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase catalytic subunit A / Type IV secretion protein Dot / V-type proton ATPase subunit H
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Legionella pneumophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Tan YZ
資金援助 カナダ, シンガポール, 4件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT166152 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-143202 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-143301 カナダ
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: CryoEM of endogenous mammalian V-ATPase interacting with the TLDc protein mEAK-7.
著者: Yong Zi Tan / Yazan M Abbas / Jing Ze Wu / Di Wu / Kristine A Keon / Geoffrey G Hesketh / Stephanie A Bueler / Anne-Claude Gingras / Carol V Robinson / Sergio Grinstein / John L Rubinstein /
要旨: V-ATPases are rotary proton pumps that serve as signaling hubs with numerous protein binding partners. CryoEM with exhaustive focused classification allowed detection of endogenous proteins ...V-ATPases are rotary proton pumps that serve as signaling hubs with numerous protein binding partners. CryoEM with exhaustive focused classification allowed detection of endogenous proteins associated with porcine kidney V-ATPase. An extra C subunit was found in ∼3% of complexes, whereas ∼1.6% of complexes bound mEAK-7, a protein with proposed roles in dauer formation in nematodes and mTOR signaling in mammals. High-resolution cryoEM of porcine kidney V-ATPase with recombinant mEAK-7 showed that mEAK-7's TLDc domain interacts with V-ATPase's stator, whereas its C-terminal α helix binds V-ATPase's rotor. This crosslink would be expected to inhibit rotary catalysis. However, unlike the yeast TLDc protein Oxr1p, exogenous mEAK-7 does not inhibit V-ATPase and mEAK-7 overexpression in cells does not alter lysosomal or phagosomal pH. Instead, cryoEM suggests that the mEAK-7:V-ATPase interaction is disrupted by ATP-induced rotation of the rotor. Comparison of Oxr1p and mEAK-7 binding explains this difference. These results show that V-ATPase binding by TLDc domain proteins can lead to effects ranging from strong inhibition to formation of labile interactions that are sensitive to the enzyme's activity.
履歴
登録2022年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26388.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map used for model building.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.53 Å/pix.
x 201 pix.
= 307.129 Å		1.53 Å/pix.
x 141 pix.
= 215.449 Å		1.53 Å/pix.
x 121 pix.
= 184.889 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.52801 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-0.38918403 - 2.798913
平均 (標準偏差)0.16040607 (±0.25359786)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ141121201
Spacing121141201
セルA: 184.88861 Å / B: 215.4487 Å / C: 307.129 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: V-ATPase with SidK, Rotary State 3

ファイルemd_26388_additional_1.map
注釈V-ATPase with SidK, Rotary State 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: V-ATPase with SidK, Rotary State 3

ファイルemd_26388_half_map_1.map
注釈V-ATPase with SidK, Rotary State 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: V-ATPase with SidK, Rotary State 3

ファイルemd_26388_half_map_2.map
注釈V-ATPase with SidK, Rotary State 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 3

全体名称: Porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 3
要素
  • 複合体: Porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 3
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar proton pump subunit B
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial effector protein SidK
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: ATPase H+ transporting accessory protein 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease kappa
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 3

超分子名称: Porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
分子 #1: V-type proton ATPase catalytic subunit A

分子名称: V-type proton ATPase catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 68.393844 KDa
配列文字列: MDFSKLPKIL DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DVKWEFTPSK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHRIML ...文字列:
MDFSKLPKIL DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DVKWEFTPSK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHRIML PPRNRGTVTY IAPPGNYDTS DVVLELEFEG VKEKFSMVQV WPVRQVRPVT EKLPANHPLL TGQRVLDALF PC VQGGTTA IPGAFGCGKT VISQSLSKYS NSDVIIYVGC GERVNEMSEV LRDFPELTME VDGKVESIMK RTALVANTSN MPV AAREAS IYTGITLSEY FRDMGYHVSM MANSTSRWAE ALREISGRLA EMPADSGYPA YLGARLASFY ERAGRVKCLG NPER EGSVT IVGAVSPPGG DFSDPVTSAT LGIVQVFWGL DKKLAQRKHF PSVNWLISYS KYMRALDEYY DKHFTEFVPL RTKAK EILQ EEEDLAEIVQ LVGKASLAET DKITLEVAKL IKDDFLQQNG YTPYDRFCPF YKTVGMLSNM IAFYDLARRA VETTAQ SDN KITWSIIREH MGEILYKLSS MKFKDPVKDG EAKIKADYAQ LLEDVQNAFR SLED

UniProtKB: V-type proton ATPase catalytic subunit A

+
分子 #2: Vacuolar proton pump subunit B

分子名称: Vacuolar proton pump subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 57.162859 KDa
配列文字列: MAMKVDSRPG GLPSSGSHLG TAREHVQAVT RNYITHPRVT YRTVCSVNGP LVVLDHVKFA QYAEIVNFTL PNGTQRSGQV LEVSGTKAI VQVFEGTSGI DAQKTTCEFT GDILRTPVSE DMLGRVFNGS GKPIDNGPVV MAEDFLDING QPINPHDRIY P EEMIQTGI ...文字列:
MAMKVDSRPG GLPSSGSHLG TAREHVQAVT RNYITHPRVT YRTVCSVNGP LVVLDHVKFA QYAEIVNFTL PNGTQRSGQV LEVSGTKAI VQVFEGTSGI DAQKTTCEFT GDILRTPVSE DMLGRVFNGS GKPIDNGPVV MAEDFLDING QPINPHDRIY P EEMIQTGI SPIDVMNSIA RGQKIPIFSA AGLPHNEIAA QICRQAGLVK KSKAVLDYDD DNFAIVFAAM GVNMETARFF KS DFEENGT MGNVCLFLNL ANDPTIERII TPRLALTTAE FLAYQCEKHV LVILTDMSSY AEALREVSAA REEVPGRRGF PGY MYTDLA TIYERAGRVE GRGGSITQIP ILTMPNDDIT HPIPDLTGFI TEGQIYVDRQ LHNRQIYPPI NVLPSLSRLM KSAI GEGMT RKDHGDVSNQ LYACYAIGKD VQAMKAVVGE EALTSEDLLY LEFLQKFERN FINQGPYEKR SVFESLDLGW KLLRI FPKE MLKRIPQSMI DEFYSREGAP QDPEPEPDTA L

UniProtKB: Vacuolar proton pump subunit B

+
分子 #3: V-type proton ATPase subunit C

分子名称: V-type proton ATPase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 44.066566 KDa
配列文字列: MTEFWLISAP GEKTCQQTWE KLHAATTKNN NLALTSKFNI PDLKVGTLDV LVGLSDELAK LDAFVEGVVK KVAQYMADVL EDSRDKVQE NLLANGVDLV TYITRFQWDM AKYPIKQSLK NISEIIAKGV TQIDNDLKSR ASAYNNLKGN LQNLERKNAG S LLTRSLAE ...文字列:
MTEFWLISAP GEKTCQQTWE KLHAATTKNN NLALTSKFNI PDLKVGTLDV LVGLSDELAK LDAFVEGVVK KVAQYMADVL EDSRDKVQE NLLANGVDLV TYITRFQWDM AKYPIKQSLK NISEIIAKGV TQIDNDLKSR ASAYNNLKGN LQNLERKNAG S LLTRSLAE IVKKDDFVLD SEYLVTLLVV VPKLNHNDWI KQYETLAEMV VPRSSNVLSE DQDSYLCNVT LFRKAVDDFR HK ARENKFI VRDFQYNEEE MKADKEEMNR LSTDKKKQFG PLVRWLKVNF SEAFIAWIHV KALRVFVESV LRYGLPVNFQ AML LQPNKK TMKKLREVLY ELYKHLDSSA AAIIDAPVDI PGLNLSQQEY YPYVYYKIDC NLLEFK

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit C

+
分子 #4: V-type proton ATPase subunit D

分子名称: V-type proton ATPase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 28.301902 KDa
配列文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR ...文字列:
MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR VNAIEHVIIP RIERTLAYII TELDEREREE FYRLKKIQEK KKILKEKSEK DLEQRRAAGE AMEPANLLAE EK DEDLLFE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D

+
分子 #5: V-type proton ATPase subunit E 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit E 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 26.162373 KDa
配列文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLGKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPVYKIAT K RDVDVQID ...文字列:
MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLGKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPVYKIAT K RDVDVQID QEAYLPEEIA GGVEIYNGDR KIKVSNTLES RLDLIAQQMM PEVRGALFGA NANRKFLD

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E 1

+
分子 #6: V-type proton ATPase subunit F

分子名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.403288 KDa
配列文字列:
MAGRGKLIAV IGDEDTVTGF LLGGIGELNK NRHPNFLVVE KDTTINEIED TFRQFLNRED IGIILINQYI AEMVRHALDA HQRSIPAVL EIPSKEHPYD AAKDSILRRA KGMFTAEDLR

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit F

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit G

分子名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.748474 KDa
配列文字列:
MASQSQGIQQ LLQAEKRAAE KVSEARKRKN RRLKQAKEEA QAEIEQYRLQ REKEFKAKEA AALGSHGSCS TEVEKDTQEK MTILQTYFR QNRDEVLDNL LAFVCDIRPE IHENYRING

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit G

+
分子 #8: Bacterial effector protein SidK

分子名称: Bacterial effector protein SidK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 38.539371 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSFIKVGIKM GGLTSEQYHS QVVGKIGYIA RCMQTIDPEN NLKKIREDYQ DVLIWAEKNY RFEEILEASK SGKCPNDLDA LSRRSLILQ ELLRLVSSIS PFKMKLDLIE SQYEKMKQHV NLWKSDYHVK LNQLNQLTDY LKNAAPTPKN NFLRAMTSVL Q MQIAQYGI ...文字列:
MSFIKVGIKM GGLTSEQYHS QVVGKIGYIA RCMQTIDPEN NLKKIREDYQ DVLIWAEKNY RFEEILEASK SGKCPNDLDA LSRRSLILQ ELLRLVSSIS PFKMKLDLIE SQYEKMKQHV NLWKSDYHVK LNQLNQLTDY LKNAAPTPKN NFLRAMTSVL Q MQIAQYGI TEDNEGINQL FKLGLHLLAM ANEKIDEQYH LFKGYVKDQP EESPFEGILP AEDQKILVKT MIDYAMPKLS SK VLQDKLS ALSSSDVLTK TLLDSIDRIV KENEKLNALS KVKLGKFGLD IREIEVIYSQ ALKISPQDAL QYTAQQCDAQ LLS MAFPDS QNYIIESISN K

UniProtKB: Type IV secretion protein Dot

+
分子 #9: V-type proton ATPase subunit H

分子名称: V-type proton ATPase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 55.917797 KDa
配列文字列: MTKMDIRGAV DAAVPTNIIA AKAAEVRANK VNWQSYLQGQ MISSEDCEFI QRFEMKRSPE EKQEMLQTEG SQCAKTFINL MTHISKEQT VQYILTMVDD TLQENHQRVS IFFDYAKRSK NTAWSYFLPM LNRQDLFTVH MAARIIAKLA AWGKELMEGS D LNYYFNWI ...文字列:
MTKMDIRGAV DAAVPTNIIA AKAAEVRANK VNWQSYLQGQ MISSEDCEFI QRFEMKRSPE EKQEMLQTEG SQCAKTFINL MTHISKEQT VQYILTMVDD TLQENHQRVS IFFDYAKRSK NTAWSYFLPM LNRQDLFTVH MAARIIAKLA AWGKELMEGS D LNYYFNWI KTQLASQKLR GSGVAVETGT VSSSDSSQYV QCVAGCLQLM LRVNEYRFAW VEADGVNCIM GVLSNKCGFQ LQ YQMIFSI WLLAFSPQMC EHLRRYNIIP VLSDILQESV KEKVTRIILA AFRNFLEKST ERETRQEYAL ALIQCKVLKQ LEN LEQQKY DDEDISEDIK FLLEKLGESV QDLSSFDEYS SELKSGRLEW SPVHKSEKFW RENAVRLNEK NYELLKILTK LLEV SDDPQ VLAVAAHDVG EYVRHYPRGK RVIEQLGGKQ LVMNHMHHED QQVRYNALLA VQKLMVHNWE YLGKQLQSEQ PQTAA ARS

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit H

+
分子 #10: V-type proton ATPase subunit a

分子名称: V-type proton ATPase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 96.365258 KDa
配列文字列: MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPNE M GRGTPLRL ...文字列:
MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPNE M GRGTPLRL GFVAGVINRE RIPTFERMLW RVCRGNVFLR QAEIENPLED PVTGDYVHKS VFIIFFQGDQ LKNRVKKICE GF RASLYPC PETPQERKEM ASGVNTRIDD LQMVLNQTED HRQRVLQAAA KNIRVWFIKV RKMKAIYHTL NLCNIDVTQK CLI AEVWCP VTDLDSIQFA LRRGTEHSGS TVPSILNRMQ TNQTPPTYNK TNKFTCGFQN IVDAYGIGTY REINPAPYTI ITFP FLFAV MFGDFGHGIL MTLFAVWMVL RESRILSQKN ENEMFSTVFS GRYIILLMGI FSIYTGLIYN DCFSKSLNIF GSSWS VRPM FDGYNWTEET LRGNPVLQLN PAVLGVFGGP YPFGIDPIWN IATNKLTFLN SFKMKMSVIL GIIHMMFGVS LSLFNH IYF KRPLNIYFGF IPEIIFMTSL FGYLVILIFY KWTAYDAQTS EKAPSLLIHF INMFLFSYGD SGNSMLYSGQ KGIQCFL VV VALLCVPWML LIKPLVLRHQ YLRRKHLGTL NFGGIRVGNG PTEEDAEIIQ HDQLSTHSED AEEPTEDEVF DFGDTMVH Q AIHTIEYCLG CISNTASYLR LWALSLAHAQ LSEVLWTMVI HIGLSVKSLA GGLALFFIFA AFATLTVAIL LIMEGLSAF LHALRLHWVE FQNKFYSGTG FKFLPFSFEH IREGKFDE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit a

+
分子 #11: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1

分子名称: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 21.530426 KDa
配列文字列: MTGLVLLYSG VFVAFWACLL VVGICYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ ...文字列:
MTGLVLLYSG VFVAFWACLL VVGICYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ NPSLFVKILI VEIFGSAIGL FGVIVAILQT SRVKMGD

UniProtKB: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''

+
分子 #12: ATPase H+ transporting accessory protein 1

分子名称: ATPase H+ transporting accessory protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 51.547465 KDa
配列文字列: MMAAAAAARV RAGTRRGPAL WQMPWLPLVA VAVVAAASAA EQQVPLVLWS SDRNLWAPAA NTHEGHITSD RQLSTYLDPA LELGPRNVL LFLQDKLSVE DFTAYGGVFG NKQDSAFSNL ENALDLAPSS LVLPAVDWYA VSTLTTYLQE KLGASPLHVD L ATLRELKL ...文字列:
MMAAAAAARV RAGTRRGPAL WQMPWLPLVA VAVVAAASAA EQQVPLVLWS SDRNLWAPAA NTHEGHITSD RQLSTYLDPA LELGPRNVL LFLQDKLSVE DFTAYGGVFG NKQDSAFSNL ENALDLAPSS LVLPAVDWYA VSTLTTYLQE KLGASPLHVD L ATLRELKL NASLPALLLI RLPYTASSGL MAPKEVLTAN DEVIGQVLST LKSEEVPYTA ALTAVRPSRV ARDVAMVAGG LG RQLLQRP SASAATHPPV SYNDTAPRIL FWAQNFSVAY GGRWEDLTSL TFGVQDLNLT GSFWNDSVAW LALTYDQLFG TMV TFKFIL ANRFYQVSAR HWFTLERLEI HSNGSIASFN ASQVTGPSIY SFHCEYVNSH NKNGDLLVPS TQPSLWQLTF QDFQ IQAFN VTGERFSYAS DCAGFFSPGI WMGLLTSLFM LFIFTYGLHM ILGLKTMDRF DDHKGPTIAL TQIV

UniProtKB: ATPase H+ transporting accessory protein 1

+
分子 #13: V-type proton ATPase subunit

分子名称: V-type proton ATPase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 40.369949 KDa
配列文字列: MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI ...文字列:
MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI SEQDLDEMNI EIIRNTLYKA YLESFYKFCT LLGGTTADAM CPILEFEADR RAFIITINSF GTELSKEDRA KL FPHCGRL YPEGLAQLAR ADDYEQVKNV ADYYPEYKLL FEGAGSNPGD KTLEDRFFEH EVKLNKLAFL NQFHFGVFYA FVK LKEQEC RNIVWIAECI AQRHRAKIDN YIPIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit

+
分子 #14: V-type proton ATPase subunit

分子名称: V-type proton ATPase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 9.343286 KDa
配列文字列:
MAYTGLTVPL IVMSVFWGFV GFLVPWFIPK GPNRGVIITM LVTCSVCCYL FWLIAILAQL NPLFGPQLKN ETIWYLKYHW P

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit

+
分子 #15: Ribonuclease kappa

分子名称: Ribonuclease kappa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 11.016065 KDa
配列文字列:
MASLLCCGPK LAACGIVLSA WGVIMLIMLG IFFNVHSAVL IEDVPFTEKD FENGPQDIYK LYEQVSYNCF IAAGLYLLLG GFSFCQVRL NKRKEYMVR

UniProtKB: Ribonuclease kappa

+
分子 #16: V-type proton ATPase proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 15.639677 KDa
配列文字列:
MSEAKSGPEY AAFFAVMGAS AAMVFSALGA AYGTAKSGTG IAAMSVMRPE LIMKSIIPVV MAGIIAIYGL VVAVLIANSL TEGISLYKS FLQLGAGLSV GLSGLAAGFA IGIVGDAGVR GTAQQPRLFV GMILILIFAE VLGLYGLIVA LILSTK

UniProtKB: V-type proton ATPase proteolipid subunit

+
分子 #17: ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2

分子名称: ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 39.200055 KDa
配列文字列: MAVLVALLSL VVAGVLGNEF SILRSPGSVV FRDGNWPIPG ERIPDVAALS MGFSVKEDLS WPGLAVGNLF HRPRATVMVM VKGVDKLAL PPGSVISYPL ENAVPFSLDS VANSIHSLFS EETPVVLQLA PSEERVYMVG KANSVFEDLS VTLRQLRSRL F QENSILSL ...文字列:
MAVLVALLSL VVAGVLGNEF SILRSPGSVV FRDGNWPIPG ERIPDVAALS MGFSVKEDLS WPGLAVGNLF HRPRATVMVM VKGVDKLAL PPGSVISYPL ENAVPFSLDS VANSIHSLFS EETPVVLQLA PSEERVYMVG KANSVFEDLS VTLRQLRSRL F QENSILSL LPLNSLSRNN EVDLLFLSEL QVLHDISSLL SRHKHLAKDH SPDLYSLELA GLDEIGKRYG EDSEQFRDAS KI LVDALQK FADDMYNLYG GNAVVELVTV RSFDTSLVRK TRTILEAKQV KDPPSPYNLA YKYNVDYPVV FNMILWIMIA LAL AVIITS YNIWNMDPGY DSIIYRMTNQ KIRMD

UniProtKB: Renin receptor

+
分子 #18: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.911445 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: mEAK7 + V-ATPase + SidK model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22866
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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