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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u19 | ||||||||||||
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タイトル | RFC:PCNA bound to nicked DNA | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION (DNA複製) / sliding clamp (DNAクランプ) / DNA replication&repair / AAA+ / clamp loader / BRCT domain | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Elg1 RFC-like complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / meiotic mismatch repair / DNA clamp loader activity / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate ...DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Elg1 RFC-like complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / meiotic mismatch repair / DNA clamp loader activity / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / SUMOylation of DNA replication proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / PCNA complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / lagging strand elongation / postreplication repair / sister chromatid cohesion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / error-free translesion synthesis / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / DNAミスマッチ修復 / DNA修復 / positive regulation of DNA repair / DNA複製 / positive regulation of DNA replication / DNA damage checkpoint signaling / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / 細胞分裂 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu, X. / Gaubitz, C. / Pajak, J. / Kelch, B.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: A second DNA binding site on RFC facilitates clamp loading at gapped or nicked DNA. 著者: Xingchen Liu / Christl Gaubitz / Joshua Pajak / Brian A Kelch / 要旨: Clamp loaders place circular sliding clamp proteins onto DNA so that clamp-binding partner proteins can synthesize, scan, and repair the genome. DNA with nicks or small single-stranded gaps are ...Clamp loaders place circular sliding clamp proteins onto DNA so that clamp-binding partner proteins can synthesize, scan, and repair the genome. DNA with nicks or small single-stranded gaps are common clamp-loading targets in DNA repair, yet these substrates would be sterically blocked given the known mechanism for binding of primer-template DNA. Here, we report the discovery of a second DNA binding site in the yeast clamp loader replication factor C (RFC) that aids in binding to nicked or gapped DNA. This DNA binding site is on the external surface and is only accessible in the open conformation of RFC. Initial DNA binding at this site thus provides access to the primary DNA binding site in the central chamber. Furthermore, we identify that this site can partially unwind DNA to create an extended single-stranded gap for DNA binding in RFC's central chamber and subsequent ATPase activation. Finally, we show that deletion of the BRCT domain, a major component of the external DNA binding site, results in defective yeast growth in the presence of DNA damage where nicked or gapped DNA intermediates occur. We propose that RFC's external DNA binding site acts to enhance DNA binding and clamp loading, particularly at DNA architectures typically found in DNA repair. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u19.cif.gz | 514.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u19.ent.gz | 409.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u19 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 26297MC 7u1aC 7u1pC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Replication factor C subunit ... , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 95048.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC1, CDC44, YOR217W, YOR50-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38630 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 36201.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40339 |
#3: タンパク質 | 分子量: 38254.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38629 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39794.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40348 |
#5: タンパク質 | 分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38251 |
-タンパク質 , 1種, 3分子 FGH
#6: タンパク質 | 分子量: 29525.713 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15873 |
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-DNA鎖 , 3種, 3分子 IJK
#7: DNA鎖 | 分子量: 6145.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 10400.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#9: DNA鎖 | 分子量: 3997.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 9分子
#10: 化合物 | ChemComp-AGS / #11: 化合物 | ChemComp-MG / #12: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RFC bound to PCNA and DNA with a nick / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.367 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / アライメント法: COMA FREE |
撮影 | 電子線照射量: 48.6664 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119631 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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